本目录下的所有程序均可在Linux系统下使用。分块重构软件经过数次更新，目前最新版已经整合在自主改编的relion。使用本目录下的“relion-3.1.2_BBR.zip”, 解压后比照原始版RELION安装. 该修改版可以完全替代原始版RELION3.1.2. 打开后可以在主界面看到"Block-based Recons"。

Input particles: 输入文件.

Symmetry of particles: 任何RELION支持的对称性都可以使用.

X/Y/Z position of reconstruction: 如同下文所述的Point_X, Point_Y, Point_Z.

Correct/Inverted handerness: 选择颗粒手性，如果都选NO，那么sub-particle的defocus不会改变，适用于较小的颗粒。

X/Y-size of the micrograph: micrograph的尺寸，必须是particle extraction里使用的. 程序会把中心落在micrograph外的sub-particle扔掉.

Rounded translation: OriginX/Y变为整数，只在测试时使用（防止插值误差）.

生成的star文件放到relion -> Particle extraction -> I/O -> OR re-extract refined particles = yes -> "Refined particles STAR file"这里,同时选中OR: re-center refined coordinates = yes.接下来就重新选择Particle box size为block大小就行了.

判断手性,用'relion_reconstruct --i OUTPUT.STAR --ctf --sym c1 --subset 1/2 --o half1/half2.mrc'重构组合好/生成好的star文件. 如果不想判断手性也行，可忽略下面的测试.用relion_postprocess计算FSC.用'relion_star_handler --i OUTPUT.STAR --o out.star --do_invert_BBR_handerness'来生成相反手性的star,重构后比较FSC.保留FSC较高的那个.对于C/D对称的样品,建议前面的手性部分选"2",即不改变block defocus.因为一般来说C/D对称的解不到接近Ewald Sphere极限的分辨率.

使用正常的单颗粒分析流程,最好总是进行局域refine (Initial angular sampling <= Local searches from auto-sampling in 3D auto-refine)

本修改版还包含了一些额外功能，例如在relion_star_handler里更新了--do_rotation功能，使用如下命令："relion_star_handler --i input.star --o output.star --do_rotation --rOt rotangle --tIlt tiltangle --pSi psiangle". 该命令能把input.star所对应的重构按照RELION使用的ZYZ欧拉角体系旋转rotangle-tiltangle-psiangle，适用于relion_align_symmetry的输出结果. 这样就不需要重新跑class3D.

关于分块使用的坐标：A=(点X, 点Y, 点Z) 是属于3D重构的坐标. 点A的原点是(PARTICLE_BOXSIZE/2, PARTICLE_BOXSIZE/2, PARTICLE_BOXSIZE/2) . 对于一个I3对称的正二十面体重构，它5次轴上的点是（NX/2，NY/2，Z），2次轴是（NX/2，Y，NZ/2）.

具体如何选点请查看https://github.com/homurachan/Block-based-recontruction/wiki 。拼合分块的方法请查看“exe文件使用方法.jpeg”。