Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

Gene Expression Nebulas

多物种转录图谱整合数据库

GEND000261: mRNA sequencing of whole 15 d old Oryza sativa shoots

项目编号:    PRJNA397883     原始系列编号:    GSE102494     样本数:    36    

测序方法:
物种:
组织:
分离条件:
健康状况:
生物学场景:
基准参考:
No
遗传:
Isogenic population
表型:
-
环境:
Abiotic stress
空间:
Tissue
时间:
Circadian
质量和数量:
RNA类型:
poly(A)+ RNA
比对率中位数:
0.9479
覆盖度中位数:
10.68
最大测序读段长度:
166
最大重复数:
3
元数据下载:
AI可用语料数据下载:

基因表达模式

转录图谱

Note:
GENDX:
基因表达图谱
GENDE:
RNA编辑图谱
GENDS:
可变剪接图谱
GENDC:
环形RNA表达图谱
ID: GENDX000261 下载
参考基因组: IRGSP-1.0.47
基因组注释: IRGSP-1.0.47
数据处理:
  1. Read filtering: Fastp v0.20.0
  2. Strandness of RNA-seq library: RseQC v2.6.4
  3. Read mapping: STAR v2.7.1a

样本

显示条目
基本信息
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:Protocol:
测序信息:
质量评估:
GEN样本编号 GEN样本名称 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放日期 提交日期 更新日期 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 组别描述 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度