Dataset - GEND000268 - Gene Expression Nebulas

基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

多物种转录图谱整合数据库

项目编号: PRJNA184365 原始系列编号: GSE42871 样本数: 16

测序方法:	Bulk RNA-seq
物种:	Glycine max
组织:	Cotyledon Seed
高度/长度/重量:	100-200mg fresh weight 400-500mg fresh weight 5-6mg fresh weight
分离条件:	Immature soybean seeds (Glycine max cv. Williams maturity group III) were harvested from greenhouse-grown plants. The three earliest stages were harvested at the stated Days After Flowering (DAF) and the whole seeds were removed from the early pods under an Olympus SZ61 microscope (Melville NY) and fresh-frozen in liquid nitrogen. For the next three stages (5–6 mg 100–200 mg 400–500 mg) whole seeds were sorted by the stated fresh weight ranges. 5–6 mg seeds were removed from the early pods and either the whole seeds or separated seed coats and cotyledons were fresh-frozen in liquid nitrogen. For 100–200 mg and 400–500 mg seeds the separated seed coats and cotyledons were lyophilized. Dry seeds were harvested at maturity (approximately 100–200 mg) and stored whole at room temperature.
健康状况:	Normal
发育阶段:	100-200mg fresh weight 12-14 days after flowering 22-24 days after flowering 4 days after flowering 400-500mg fresh weight 5-6mg fresh weight dry mature seed
生物学场景:	基准参考: Yes 遗传: - 表型: - 环境: - 空间: Tissue 时间: Development
质量和数量:	RNA类型: poly(A)+ RNA 比对率中位数: 0.9132 覆盖度中位数: 3.14 最大测序读段长度: 141 最大重复数: 2
元数据下载:
AI可用语料数据下载:

或

Note:

GENDX:

基因表达图谱

GENDE:

RNA编辑图谱

GENDS:

可变剪接图谱

GENDC:

环形RNA表达图谱

ID: GENDX000268 下载

参考基因组: GCF_000004515.5_Glycine_max_v2.1.103

基因组注释: GCF_000004515.5_Glycine_max_v2.1.103

数据处理:

	GEN样本编号	GEN样本名称	样本编号	样本名称	生物样本编号	样本访问号	实验访问号	释放日期	提交日期	更新日期	物种	种族	族裔	年龄	年龄单位	性别	来源名称	组织	细胞类型	细胞亚型	细胞系	疾病	疾病状态	发育阶段	突变/变异	表型	组别描述	生长方案	处理方案	提取方案	建库方案	分子类型	库的片段类型	链特异性	库的链类型	加标（Spike-In）	测序方法	测序平台	测序仪型号	细胞数	测序片段数	碱基数	平均测序片段长度_1	平均测序片段长度_2	唯一比对率	多重比对率	覆盖度