Dataset - GEND000273 - Gene Expression Nebulas

基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

多物种转录图谱整合数据库

项目编号: PRJNA280872 原始系列编号: GSE67779 样本数: 3

测序方法:	Bulk RNA-seq
物种:	Glycine max
组织:	Leaf
分离条件:	Collected in a 2 ml tube and were immediately frozen in liquid nitrogen. Once the last step of the manufacturer’s instructions was reached for RNA isolation RNA were further purified by adding 0.1 vol of sodium acetate (3M) and 1 vol of chloroform. After a centrifugation at 10000 g for 10 min at 4ºC RNA present into the aqueous phase were retrieved and precipitated overnight at -20 ºC with 2.5 vol ethanol. The RNA were then washed with 75% ethanol centrifuged and resuspended in DEPC water. Quantity and integrity of RNA were estimated for each extraction using a NanoDrop (NanoDrop Technologies Wilmington DE) and by visual examination after electrophoresis in a 1.2% agarose gel respectively.
健康状况:	Normal
发育阶段:	48 h after aphid infestation 8 h after aphid infestation
生物学场景:	基准参考: No 遗传: Isogenic population 表型: - 环境: Biotic stress 空间: Tissue 时间: Time series
质量和数量:	RNA类型: poly(A)+ RNA 比对率中位数: 0.8226 覆盖度中位数: 1.50 最大测序读段长度: 90 最大重复数: 2
元数据下载:
AI可用语料数据下载:

或

Note:

GENDX:

基因表达图谱

GENDE:

RNA编辑图谱

GENDS:

可变剪接图谱

GENDC:

环形RNA表达图谱

ID: GENDX000273 下载

参考基因组: GCF_000004515.5_Glycine_max_v2.1.103

基因组注释: GCF_000004515.5_Glycine_max_v2.1.103

数据处理:

	GEN样本编号	GEN样本名称	样本编号	样本名称	生物样本编号	样本访问号	实验访问号	释放日期	提交日期	更新日期	物种	种族	族裔	年龄	年龄单位	性别	来源名称	组织	细胞类型	细胞亚型	细胞系	疾病	疾病状态	发育阶段	突变/变异	表型	组别描述	生长方案	处理方案	提取方案	建库方案	分子类型	库的片段类型	链特异性	库的链类型	加标（Spike-In）	测序方法	测序平台	测序仪型号	细胞数	测序片段数	碱基数	平均测序片段长度_1	平均测序片段长度_2	唯一比对率	多重比对率	覆盖度