Dataset - GEND000287 - Gene Expression Nebulas

基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

多物种转录图谱整合数据库

项目编号: PRJNA262032 原始系列编号: SRP047482 样本数: 4

测序方法:	Bulk RNA-seq
物种:	Oryza sativa
组织:	Anther Pistil Seed Shoot
健康状况:	Normal
发育阶段:	14 days after germination 5 days after pollination Before flowering
生物学场景:	基准参考: Yes 遗传: - 表型: - 环境: - 空间: Tissue 时间: -
质量和数量:	RNA类型: rRNA- RNA 比对率中位数: 0.9542 覆盖度中位数: 23.95 最大测序读段长度: 195 最大重复数: 1
元数据下载:
AI可用语料数据下载:

或

Note:

GENDX:

基因表达图谱

GENDE:

RNA编辑图谱

GENDS:

可变剪接图谱

GENDC:

环形RNA表达图谱

ID: GENDX000287 下载

参考基因组: IRGSP-1.0.47

基因组注释: IRGSP-1.0.47

数据处理:

ID: GENDE000287 下载

参考基因组: IRGSP-1.0.47

基因组注释: IRGSP-1.0.47

数据处理:

python2.7 REDItoolDenovo.py -i ./$project/$samlpe/${sample}_Alignment-sorted.bam -f ./rice_IRGSP.fa -o ./$project/$sample -t 20 -c 10 -q 25 -e -d -m 20 -p -u -T 6-0 -v 3 -n 0.0 -s $value
REDItools 1.2.1

	GEN样本编号	GEN样本名称	样本编号	样本名称	生物样本编号	样本访问号	实验访问号	释放日期	提交日期	更新日期	物种	种族	族裔	年龄	年龄单位	性别	来源名称	组织	细胞类型	细胞亚型	细胞系	疾病	疾病状态	发育阶段	突变/变异	表型	组别描述	生长方案	处理方案	提取方案	建库方案	分子类型	库的片段类型	链特异性	库的链类型	加标（Spike-In）	测序方法	测序平台	测序仪型号	细胞数	测序片段数	碱基数	平均测序片段长度_1	平均测序片段长度_2	唯一比对率	多重比对率	覆盖度