Dataset - GEND000434 - Gene Expression Nebulas

基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

多物种转录图谱整合数据库

项目编号: PRJNA659996 原始系列编号: GSE157058 样本数: 8

测序方法:	Bulk RNA-seq
物种:	Mesocricetus auratus
组织:	Lung
健康状况:	Normal SARS-CoV-2 infection
细胞类型:	-
细胞系:	-
发育阶段:	-
生物学场景:	基准参考: No 遗传: - 表型: Disease; Infection 环境: - 空间: Tissue 时间: -
质量和数量:	RNA类型: Total RNA 比对率中位数: 0.71085 覆盖度中位数: 2.69 最大测序读段长度: 99 最大重复数: 3
元数据下载:
AI可用语料数据下载:

或

Note:

GENDX:

基因表达图谱

GENDE:

RNA编辑图谱

GENDS:

可变剪接图谱

GENDC:

环形RNA表达图谱

ID: GENDX000434 下载

参考基因组: GCF_017639785.1_BCM_Maur_2.0

基因组注释: GCF_017639785.1_BCM_Maur_2.0

数据处理:

Fastp v0.20.0; fastp -q 20 -u 40 -l 50 -g -x -r -W 4 -M 20
RseQC v2.6.4; python infer_experiment.py -r $index -I $Projectid/$SRXid/${SRXid}_Alignment-unsorted.bam > $Projectid/$SRXid/${SRXid}_RseQC.txt
STAR v2.7.1a, RSEM v1.3.1; rsem-calculate-expression --keep-intermediate-files --temporary-folder $Projectid/$SRXid/${SRXid}_STAR_rsem --paired-end --forward-prob=$value -p $thread --time --star --star-path /software/biosoft/software/STAR-2.7/STAR/bin/Linux_x86_64/ --append-names --output-genome-bam --sort-bam-by-coordinate --star-gzipped-read-file $Projectid/$SRXid/${SRXid}_clean_1.fastq.gz $Projectid/$SRXid/${SRXid}_clean_2.fastq.gz $index $Projectid/$SRXid/${SRXid}_star_RSEM

	GEN样本编号	GEN样本名称	样本编号	样本名称	生物样本编号	样本访问号	实验访问号	释放日期	提交日期	更新日期	物种	种族	族裔	年龄	年龄单位	性别	来源名称	组织	细胞类型	细胞亚型	细胞系	疾病	疾病状态	发育阶段	突变/变异	表型	组别描述	生长方案	处理方案	提取方案	建库方案	分子类型	库的片段类型	链特异性	库的链类型	加标（Spike-In）	测序方法	测序平台	测序仪型号	细胞数	测序片段数	碱基数	平均测序片段长度_1	平均测序片段长度_2	唯一比对率	多重比对率	覆盖度