Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJCA000470: dynamic RNA-Seq of rice shoot gravitropism

来源: NGDC / CRA000335
提交时间: May 17 2017
释放时间: Jul 16 2018
最后更新时间: -

概要: Exploring regulatory mechanism of rice tiller angle through dynamic transcriptome of shoot gravitropism

GEN 数据集:
GEND000311
测序方法:
物种:
组织:
高度/长度/重量:
分离条件:
方案
生长方案: For RNA-seq and time-lapse photography, germinated ZH11 seeds were grown on 0.4% (w/v) agar plates at 28°C for 3 d under a 16-h-light/8-h-dark photoperiod, and then seedlings with uniform growth were transferred into soil and grown under controlled greenhouse conditions (16 h light and 8 h dark at 28°C, 150-200 μmol photons m-2 s-1) for 11 d prior to the gravistimulation treatments.
处理方案: Shoot bases (1.5 cm in length) were harvested at 12 time points (0, 0.25, 0.5, 1, 1.5, 2, 3, 4, 5, 6, 7, and 8 h) after the start of gravistimulation and were frozen immediately in liquid nitrogen.
提取方案: RNA was extracted using a TRIzol kit according to the user manual (Invitrogen).
建库方案: Illumina Part #15026495 Rev.D
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: Single
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 2000
链特异性: Unspecific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
A Core Regulatory Pathway Controlling Rice Tiller Angle Mediated by the LAZY1-Dependent Asymmetric Distribution of Auxin.
The Plant cell . 2018-06-18 [PMID: 29915152]