Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJCA000484: The Establishment of Chromatin Accessibility Landscape during Human Early Embryogenesis

来源: NGDC / CRA000297
提交时间: Jul 05 2017
释放时间: Mar 9 2018
最后更新时间: Mar 9 2018

概要: Chromatin accessibility landscape by characterizing DNase I hypersensitive sites (DHSs) in human embryos

GEN 数据集:
GEND000185
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: The embryos were lysed directly and used for cDNA synthesis using SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing (Takara, 634888).
建库方案: The cDNA samples were fragmented to 200-400bp by Covaris sonicator (Covaris). Sequencing libraries were prepared with NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina (NEB, E7645S).
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq X Ten
链特异性: Unspecific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Chromatin Accessibility Landscape in Human Early Embryos and Its Association with Evolution.
Cell . 2018-03-08 [PMID: 29526463]