Gene Expression Nebulas
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多物种转录图谱整合数据库

PRJCA000776: Gene expression profile of Zika virus infected HT-29 cells

来源: NGDC / CRA000783
提交时间: Mar 02 2018
释放时间: Aug 7 2018
最后更新时间: Aug 7 2018

概要: 1, detect the gene expresion profile of Zika virus infected human colonal epithelial cells (HT-29); 2, detect the azithromycin upregulated genes in HT-29 cells after Zika virus infection

GEN 数据集:
GEND000186
测序方法:
物种:
健康状况:
细胞类型:
细胞系:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: -
建库方案: RNA was used to remove ribosomal RNA with the Ribo-Zero Magnetic Gold Kit followed by a cleanup with Agencourt RNAClean XP beads and elution by RNA Fragmentation and Priming mix from the NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina.
测序信息
分子类型: rRNA- RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: Forward
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq X Ten
链特异性: Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Zika virus shedding in the stool and infection through the anorectal mucosa in mice.
Emerging microbes & infections . 2018-10-17 [PMID: 30333476]
Azithromycin Protects against Zika virus Infection by Upregulating virus-induced Type I and III Interferon Responses.
Antimicrobial agents and chemotherapy . 2019-09-16 [PMID: 31527024]