Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJCA001496: LUH activates JA signaling

来源: NGDC / CRA001682
提交时间: Jun 11 2019
释放时间: Jul 31 2019
最后更新时间: -

概要: LUH activates JA signaling

GEN 数据集:
GEND000313
测序方法:
物种:
组织:
方案
生长方案: Arabidopsis plants used for protoplast preparation, insect feeding, and the pathogen infection assays were grown in soil (vermiculite:nutrition soil ratio of 1:1) at 22°C with a short-day (10-h light/14-h dark) photoperiod for 4 weeks. Other Arabidopsis plants were grown at 22°C under a long-day (16 h light/8 h dark) photoperiod (light intensity of 120 μmol photons m-2 s-1).
处理方案: The 10-d-old wild-type and luh-4 seedlings were treated with 100 μM MeJA for 1, 6, or 24 h. The untreated wild-type and luh-4 seedlings were used as controls.
提取方案: Total RNA of each sample was extracted using an RNeasy plant Mini Kit (Qiagen) and treated with DNase I. The quality of the total RNA was assessed using a NanoDrop spectrophotometer and an Agilent 2100 Bioanalyzer.
建库方案: For each sample, 3 μg of total RNA was used to construct the Illumina sequencing libraries according to the manufacturer’s instructions.
测序信息
分子类型: -
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 2500
链特异性: Unspecific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
LEUNIG_HOMOLOG Mediates MYC2-Dependent Transcriptional Activation in Cooperation with the Coactivators HAC1 and MED25.
The Plant cell . 2019-07-18 [PMID: 31320481]