Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA281204: A survey of human brain transcriptome diversity at the single cell level

来源: NCBI / GSE67835
提交时间: Apr 15 2015
释放时间: May 20 2015
最后更新时间: May 15 2019

概要: We used single cell RNA sequencing on 466 cells to capture the cellular complexity of the adult and fetal human brain at a whole transcriptome level. Healthy adult temporal lobe tissue was obtained from epileptic patients during temporal lobectomy for medically refractory seizures. We were able to classify individual cells into all of the major neuronal; glial; and vascular cell types in the brain.

项目整体设计: Examination of cell types in healthy human brain samples.

GEN 数据集:
GEND000193
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
细胞类型:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: C1 autoprep standard protocol, followed by clontech single cell RNA-seq for Fluidigm C1 protocol
建库方案: Nextera tagmentation according to Fluidigms standard protocol for single cell RNA-seq on the C1 autoprep system.
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina NextSeq 500; Illumina MiSeq
链特异性: Unspecific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
A survey of human brain transcriptome diversity at the single cell level.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 2015-05-18 [PMID: 26060301]