Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

Gene Expression Nebulas

多物种转录图谱整合数据库

PRJNA336240: inDrop single cell RNA-seq of hematopoietic cells derived from human pluripotent stem cells

来源: NCBI / GSE85111
提交时间: Aug 02 2016
释放时间: May 17 2017
最后更新时间: May 15 2019

概要: We performed morphogen-directed differentiation of human PSCs into HE followed by combinatorial screening of 26 candidate HSC-specifying TFs for the potential to promote hematopoietic engraftment in irradiated immune deficient murine hosts. We recovered seven TFs (ERG, HOXA5, HOXA9, HOXA10, LCOR, RUNX1, SPI1) that together were sufficient to convert HE into hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) that engraft primary and secondary murine recipients

项目整体设计: Examination of expression pattern in hematopoietic cells.

GEN 数据集:
GEND000105
测序方法:
物种:
健康状况:
细胞类型:
方案
生长方案: Human iPSCs were differentiated with morphogens and hematopoietic cytokines according to Detadi 2015.
处理方案: Hemogenic endothelium was induced with lentiviral vectors encoding transcription factors, followed by transplantation to mouse models.
提取方案: RNA was purified and proccessed for indrop according to the protocol from Klein et al (Cell, 2015, doi:10.1016/j.cell.2015.04.044)
建库方案: -
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: Forward
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina NextSeq 500
链特异性: Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Haematopoietic stem and progenitor cells from human pluripotent stem cells.
Nature . 2017-05-17 [PMID: 28514439]