Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA340947: Characterize novel lncRNAs responding to stresses in Oryza sativa at transcriptional and post-transcriptional levels

来源: NCBI / GSE86215
提交时间: Aug 30 2016
释放时间: Jun 13 2018
最后更新时间: May 15 2019

概要: We performed poly(A)+, poly(A)-, nuclear, small RNA-seq analysis on Oryza sativa japonica WT plants.

项目整体设计: We treated the seedlings under the stress conditions, including cold, drought, heat, high-salt, and high-light. Also, we choose two tissues, roots and panicles for RNA sequencing.

GEN 数据集:
GEND000258
测序方法:
物种:
组织:
发育阶段:
方案
生长方案: We plant the Oryza sativa japonica on the ½ MS medium in a growth chamber under conditions of 12 hours light at 28℃ and 12 hours dark at 22℃ for 2 weeks.
处理方案: Drought, high-salt, cold, heat, highlight stress treatment.
提取方案: The total RNAs were extracted with the Trizol reagent (Invitrogen). After total RNA extraction, ribosomal RNAs were removed using RiboMinus™ Plant Kit repeated two times. The poly(A)+ and poly(A)- constituent were separated with oligo(dT) magnetic beads (Oligotex mRNA Mini Kit, QIAGEN).
建库方案: dUTP based strand-specific library construction protocol
测序信息
分子类型: poly(A)- RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: Forward
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 2000; Illumina HiSeq 2500
链特异性: Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Stress-responsive regulation of long non-coding RNA polyadenylation in Oryza sativa.
The Plant journal : for cell and molecular biology . 2018-01-16 [PMID: 29265542]