概要: We performed poly(A)+, poly(A)-, nuclear, small RNA-seq analysis on Oryza sativa japonica WT plants.
项目整体设计: We treated the seedlings under the stress conditions, including cold, drought, heat, high-salt, and high-light. Also, we choose two tissues, roots and panicles for RNA sequencing.
We plant the Oryza sativa japonica on the ½ MS medium in a growth chamber under conditions of 12 hours light at 28℃ and 12 hours dark at 22℃ for 2 weeks.
The total RNAs were extracted with the Trizol reagent (Invitrogen). After total RNA extraction, ribosomal RNAs were removed using RiboMinus™ Plant Kit repeated two times. The poly(A)+ and poly(A)- constituent were separated with oligo(dT) magnetic beads (Oligotex mRNA Mini Kit, QIAGEN).
建库方案:
dUTP based strand-specific library construction protocol
测序信息
分子类型:
poly(A)- RNA
库的片段类型:
PAIRED
库的链类型:
Forward
测序平台:
ILLUMINA
测序仪型号:
Illumina HiSeq 2000; Illumina HiSeq 2500
链特异性:
Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源
GEN样本编号
GEN数据集编号
系列编号
项目编号
样本编号
样本名称
生物样本编号
样本访问号
实验访问号
释放时间
提交时间
最后更新时间
物种
种族
族裔
年龄
年龄单位
性别
来源名称
组织
细胞类型
细胞亚型
细胞系
疾病
疾病状态
发育阶段
突变/变异
表型
Condition Detail
生长方案
处理方案
提取方案
建库方案
分子类型
库的片段类型
链特异性
库的链类型
加标(Spike-In)
测序方法
测序平台
测序仪型号
细胞数
测序片段数
碱基数
平均测序片段长度_1
平均测序片段长度_2
唯一比对率
多重比对率
覆盖度
文章
Stress-responsive regulation of long non-coding RNA polyadenylation in Oryza sativa.
The Plant journal : for cell and molecular biology . 2018-01-16 [PMID:
29265542]