Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

Gene Expression Nebulas

多物种转录图谱整合数据库

PRJNA389558: Transcriptomes of 102 soybean accessions

来源: NCBI / GSE99758
提交时间: Jun 07 2017
释放时间: Jun 08 2017
最后更新时间: May 15 2019

概要: A comparison of RNA expression profiles across a diverse set of soybean genotypes

项目整体设计: RNA-seq of 41 soyNAM parental lines and 61 milestone cultivars

GEN 数据集:
GEND000264
测序方法:
物种:
组织:
发育阶段:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: Tissue was flash frozen in liquid nitrogen and RNA was isolated using TRIzol (Thermo Scientific, Waltham, MA) following the manufacturer’s instructions.
建库方案: RNA-seq libraries were constructed using Illumina TruSeq Stranded RNA LT Kit (Illumina, San Diego, CA) following the manufacturer’s instructions with limited modifications. The starting quantity of total RNA was adjusted to 1.3 µg, and all volumes were reduced to a third of the described quantity.
测序信息
分子类型: rRNA- RNA
库的片段类型: PAIRED; SINGLE
库的链类型: Forward
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 2500
链特异性: Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度