Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA396588: Transcriptomics profiles of patient-matched normal kidney and ccRCC pairs

来源: NCBI / GSE102101
提交时间: Jul 31 2017
释放时间: Aug 22 2017
最后更新时间: May 15 2019

概要: VHL loss is the most common genetic alteration event in ccRCC, but its effect on epigenetic landscape has not been elucidated previously. We describe the genome-wide cis-regulatory landscapes of VHL-deficient ccRCC tumors by comparing the epigenetic changes in terms of histone modifications (H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3) with the transcriptomics profiles in 10 pairs of normal kidney and ccRCC tissues.

项目整体设计: RNA-seq profiles of 10 patient-matched normal kidney and ccRCC pairs

GEN 数据集:
GEND000023
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
细胞类型:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: Total RNA was extracted using the Qiagen RNeasy Mini kit.
建库方案: RNAseq libraries were prepared using Illumina Tru-Seq RNA Sample Preparation v2 protocol, according to the manufacturer’s instructions.
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 2000
链特异性: Unspecific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
VHL Deficiency Drives Enhancer Activation of Oncogenes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma.
Cancer discovery . 2017-09-11 [PMID: 28893800]