Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA415913: Transcriptomic data of MDA-MB-231 cells adapted to culture in media containing different sugars (glucose or fructose) and cultured as mammospheres

来源: NCBI / GSE106202
提交时间: Oct 26 2017
释放时间: May 22 2018
最后更新时间: May 15 2019

概要: We report the single-cell RNA sequencing data obtained from MDA-MB-231 breast cancer cells cultured in standard DMEM with 25 mM glucose, or adapted to culture in DMEM with 10 mM fructose to reduce glycolysis, and then cultured as mammospheres

项目整体设计: Examination of transcriptomic changes in MDA-MB-231 breast cancer cells mammospheres in response to restriction of glycolysis

GEN 数据集:
GEND000099
测序方法:
物种:
健康状况:
细胞类型:
细胞系:
方案
生长方案: MDA-MB-231 cells were adapted to culture in 2D in DMEM containing either 25 mM glucose or 10 mM fructose, for 30 days.
处理方案: Adapted cell cultures were plated on low attachment plates in conditioned media from their respective 2D cultures. Resultant mammospheres were cultured for 10 days
提取方案: Trypsin/ EDTA disaggregated mammospheres.PCR on bead then Nextera XT
建库方案: -
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: Forward
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina NextSeq 550
链特异性: Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
The effects of restricted glycolysis on stem-cell like characteristics of breast cancer cells.
Oncotarget . 2018-05-01 [PMID: 29796188]