Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA431401: Inflammatory Response and Host-Donor Chimerism Defined by Single Cell RNA-Seq of Allograft Biopsy

来源: NCBI / GSE109564
提交时间: Jan 24 2018
释放时间: Jun 19 2018
最后更新时间: Mar 27 2019

概要: Kidney transplantation offers the best survival and quality of life for patients’ with end-stage kidney disease. The major barrier to successful long-term transplantation is the host’s immune response to alloantigens’ causing rejection of the transplant. The complexity of this immune response in kidney transplantation is still not fully understood and effective treatment strategies are needed. To better understand rejection at the molecular and cellular level we characterized 4,487 cells from a single biopsy core from a kidney transplant undergoing mixed rejection using single cell RNA sequencing.

项目整体设计: InDrop was used to generate single cell profiles from a allograft kidney biopsy

GEN 数据集:
GEND000106
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: RNA libraries were prepared for sequencing using standard inDrops procedure.Single cell RNA-seq
建库方案: -
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: Forward
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 2500; Illumina NextSeq 500
链特异性: Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Single-Cell Transcriptomics of a Human Kidney Allograft Biopsy Specimen Defines a Diverse Inflammatory Response.
Journal of the American Society of Nephrology : JASN . 2018-07-06 [PMID: 29980650]