Gene Expression Nebulas
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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA431798: RNA Sequencing analysis of different genetically characterized lung cancer cell lines

来源: NCBI / GSE109720
提交时间: Jan 26 2018
释放时间: Jul 25 2018
最后更新时间: Jul 25 2018

概要: We performed RNA sequencing to assess changes in gene expression in lung cancer cell lines with MET genetic alterations with or without co-occurrence of JAK2 inactivating mutations. Different treatments have been administrated to activate or inhibit selected pathways in order to define MET signature and IFNg (or JAK/STAT) signature.

项目整体设计: Differential expression analysis of RNA sequencing of 4 different lung cancer cell lines with MET genetic alterations treated with different treatements to activate or inhibit selected pathways

GEN 数据集:
GEND000010
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
细胞类型:
细胞系:
方案
生长方案: -
处理方案: NT; Crizotinib; Interferon γ; Crizotinib + Hepatocyte growth factor (HGF); Crizotinib +HGF; Hepatocyte growth factor (HGF)
提取方案: Maxell® RSC SimplyRNA Tissue, TruSeq Stranded mRNA (polyA)
建库方案: NA
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: Forward
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 2000
链特异性: Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
MET-Oncogenic and JAK2-Inactivating Alterations Are Independent Factors That Affect Regulation of PD-L1 Expression in Lung Cancer.
Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research . 2018-06-13 [PMID: 29898990]