Project - PRJNA504827 - Gene Expression Nebulas

基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

多物种转录图谱整合数据库

PRJNA504827: Tuberculous Meningitis in Pediatric Patients [CSF]

提交时间: Nov 09 2018

释放时间: Aug 06 2019

最后更新时间: Aug 06 2019

概要: Cerebrospinal fluid transcriptional profiles in children with tuberculous meningitis (TBM) or other infections were compared using RNA-Seq and a biomarker signature driven by NMDA-receptor activation was identified

项目整体设计: A total of 31 CSF samples were sequenced, which include 24 TBM cases (ventricular and lumbar puncture CSF) and 7 other infections (ventricular CSF only)

GEN 数据集:

GEND000012

测序方法:	Bulk RNA-seq
物种:	Homo sapiens
组织:	Lumbar Puncture Cerebrospinal Fluid Ventricular Cerebrospinal Fluid
健康状况:	Non-TB Infection Meningitis or Ventriculitis Pediatric TB Meningitis

方案

生长方案:	-
处理方案:	All patients received standard antimycobacterial and adjunctive corticosteroid treatment
提取方案:	Total RNA was extracted from patient whole blood collected in PAXgene tubes
建库方案:	RNA-Seq libraries were constructed using NuGen Ovation Human FFPE Library Kit

测序信息

分子类型:	rRNA- RNA
库的片段类型:	PAIRED
库的链类型:	Reverse; -
测序平台:	ILLUMINA
测序仪型号:	Illumina HiSeq 4000
链特异性:	Specific; Unspecific

样本

生物条件:

疾病

疾病状态

发育阶段

突变/变异

表型

实验变量:

Condition Detail

方案:

生长方案

处理方案

提取方案

建库方案

分子类型

库的片段类型

链特异性

库的链类型

加标（Spike-In）

测序信息:

测序方法

测序平台

测序仪型号

质量评估:

细胞数

测序片段数

碱基数

平均测序片段长度_1

平均测序片段长度_2

唯一比对率

多重比对率

覆盖度

数据来源	GEN样本编号	GEN数据集编号	系列编号	项目编号	样本编号	样本名称	生物样本编号	样本访问号	实验访问号	释放时间	提交时间	最后更新时间	物种	种族	族裔	年龄	年龄单位	性别	来源名称	组织	细胞类型	细胞亚型	细胞系	疾病	疾病状态	发育阶段	突变/变异	表型	Condition Detail	生长方案	处理方案	提取方案	建库方案	分子类型	库的片段类型	链特异性	库的链类型	加标（Spike-In）	测序方法	测序平台	测序仪型号	细胞数	测序片段数	碱基数	平均测序片段长度_1	平均测序片段长度_2	唯一比对率	多重比对率	覆盖度

文章

Tuberculous meningitis in children is characterized by compartmentalized immune responses and neural excitotoxicity.

Nature communications . 2019-08-21 [PMID: 31434901]