Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

Gene Expression Nebulas

多物种转录图谱整合数据库

PRJNA513348: The study of the role of POU3F2 in response to UVB treatment

来源: NCBI / GSE124761
提交时间: Jan 07 2019
释放时间: Jan 08 2019
最后更新时间: Jan 09 2019

概要: siRNA KD of POU3F2 directly effect DNA-damage repair and apoptosis genes

项目整体设计: 501mel melanoma cell line was treated with either siCTR or siPOU3F2 prior to UVB treatment. The samples were collected at the indicated time

GEN 数据集:
GEND000027
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
细胞系:
方案
生长方案: All cell lines were grown at 37°C with 10% CO2 in RPMI-1640 (Gibco BRL, Invitrogen) supplemented with penicillin and streptomycin, 10% fetal bovine serum (FBS, Biosera).
处理方案: 501mel melanoma cell line was treated with either siCTR prior to UVB treatment; 501mel melanoma cell line was treated with either siPOU3F2 prior to UVB treatment
提取方案: RNA-samples were extracted using QIAGEN RNeasy kit
建库方案: Library prep using QuantSeq Forward kit (LEXOGEN #015.96), using 500 ng starting material
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: SINGLE
库的链类型: Reverse
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 4000
链特异性: Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
BRN2 suppresses apoptosis, reprograms DNA damage repair, and is associated with a high somatic mutation burden in melanoma.
Genes & development . 2019-02-25 [PMID: 30804224]