PRJNA565928: Single-cell Transcriptomic Atlas of the Human Retina Identifies Cell Types Associated with Age-Related Macular Degeneration [Microfluidics]
概要: Here we perform massively parallel single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) of human retinas using two independent platforms, and report the single-cell transcriptomic atlas of the human retina. Using a multi-resolution network-based analysis, we identify all major retinal cell types, and their corresponding gene expression signatures.
项目整体设计: Three replicates of macula and peripheral retinas.
Trephine punches (6mm) were used to isolate samples from (1) the macula in the central retina and (2) a region of mid-peripheral retina. Retinal samples were processed using a single-use papain dissociation system (Worthington, Catalog No. LK003150).
建库方案:
Libraries were constructed using the protocol from 10X Genomics (Chromium Single Cel 3' kit).
测序信息
分子类型:
poly(A)+ RNA
库的片段类型:
PAIRED
库的链类型:
Forward
测序平台:
ILLUMINA
测序仪型号:
Illumina NextSeq 500
链特异性:
Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源
GEN样本编号
GEN数据集编号
系列编号
项目编号
样本编号
样本名称
生物样本编号
样本访问号
实验访问号
释放时间
提交时间
最后更新时间
物种
种族
族裔
年龄
年龄单位
性别
来源名称
组织
细胞类型
细胞亚型
细胞系
疾病
疾病状态
发育阶段
突变/变异
表型
Condition Detail
生长方案
处理方案
提取方案
建库方案
分子类型
库的片段类型
链特异性
库的链类型
加标（Spike-In）
测序方法
测序平台
测序仪型号
细胞数
测序片段数
碱基数
平均测序片段长度_1
平均测序片段长度_2
唯一比对率
多重比对率
覆盖度
文章
Single-cell transcriptomic atlas of the human retina identifies cell types associated with age-related macular degeneration.
