概要: Head and neck cancer arise through either exposure to environmental carcinogens, or through malignant transformation following infection with high-risk human papillomavirus. The goal of this project was to use single-cell RNAseq to assess similarities and differences in immune populations between these two types of head and neck cancer.
Single-cell suspensions were generated fromtumor or tonsil tissue by either mechanical disruption or mechanical disruption followed by enzymatic digestion with 50 mg/mL ofLiberase DL (Roche) in 5 mL of serum-free RPMI for 15 minutes at 37 degree centigrade
建库方案:
Single-cell libraries were generated from sorted live CD45+cells using the Chromium Single Cell 30Reagent (V2 Chemistry) as pre-viously described
测序信息
分子类型:
poly(A)+ RNA
库的片段类型:
PAIRED
库的链类型:
Forward
测序平台:
ILLUMINA
测序仪型号:
Illumina NextSeq 500
链特异性:
Specific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源
GEN样本编号
GEN数据集编号
系列编号
项目编号
样本编号
样本名称
生物样本编号
样本访问号
实验访问号
释放时间
提交时间
最后更新时间
物种
种族
族裔
年龄
年龄单位
性别
来源名称
组织
细胞类型
细胞亚型
细胞系
疾病
疾病状态
发育阶段
突变/变异
表型
Condition Detail
生长方案
处理方案
提取方案
建库方案
分子类型
库的片段类型
链特异性
库的链类型
加标（Spike-In）
测序方法
测序平台
测序仪型号
细胞数
测序片段数
碱基数
平均测序片段长度_1
平均测序片段长度_2
唯一比对率
多重比对率
覆盖度
文章
Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck Cancer.
