Gene Expression Nebulas
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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA637143: Two distinct immunopathological profiles in lungs of lethal COVID-19

来源: NCBI / GSE151764
提交时间: Jun 03 2020
释放时间: Sep 02 2020
最后更新时间: May 26 2021

概要: Immune responses in lungs of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) are poorly characterized. We conducted transcriptomic, histologic and cellular profiling of post mortem COVID-19 and normal lung tissues. Two distinct immunopathological reaction patterns were identified. One pattern showed high expression of interferon stimulated genes (ISGs) and cytokines, high viral loads and limited pulmonary damage, the other pattern showed severely damaged lungs, low ISGs, low viral loads and abundant immune infiltrates. Distinct patterns of pulmonary COVID-19 immune responses correlated to hospitalization time and may guide treatment and vaccination approaches.

项目整体设计: Here we analyzed 34 post mortem lung samples from 16 deceased COVID-19 patients and 9 post mortem lung samples from 6 patients who died from non-infectious causes.

GEN 数据集:
GEND000483
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: RecoverAll Total Nucleic Acid Isolation Kit (Cat No. AM1975, Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA)
建库方案: -
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: SINGLE
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Ion Torrent S5 XL
链特异性: Unspecific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Two distinct immunopathological profiles in autopsy lungs of COVID-19.
Nature communications . 2020-10-08 [PMID: 33033248]