Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA640389: Single-cell RNA-seq data of Arabidopsis root

来源: NCBI / GSE152766
提交时间: Jul 04 2020
释放时间: Jun 18 2020
最后更新时间: -

概要: We report both raw and processed scRNA-seq data that are used to build transcriptomic atlas of Arabidopsis root.

项目整体设计: scRNA-seq of 18 wild-type, 2 scr-4 and 2 shr-2 mutant Arabidopsis root samples. Three wild-type samples are from published data (two from Denyer et al. 2019 [PMID: 30913408] and one from Ryu et al. 2019 [PMID: 30718350]).

GEN 数据集:
GEND000306
测序方法:
物种:
组织:
方案
生长方案: Seeds from wildtype Arabidopsis thaliana ecotype Columbia (Col-0), shortroot-2 (Col-0 background), and scarecrow-4 (Landsberg background backcrossed to Col-0 at least 5 times) were surface sterilized with a 50% (v/v) bleach, 0.05% (v/v) Tween-20 solution for 10 minutes and subsequently stratified for 48 hours at 4°C. Seeds were sown at a density of ~150-300 seeds/row on 1X Linsmaier and Skoog (LSP03-1LT, Caisson Labs; pH 5.7), 1% sucrose media covered by 100/ 47 µm mesh. Plates were placed vertically in a Percival chamber programmed to 16h light, 8h dark conditions at 22°C.
处理方案: -
提取方案: Chromium Single Cell 3ʹ GEM Kit v3
建库方案: Libraries were prepared for sequencing using 10X Genomics protocols.
测序信息
分子类型: poly(A)+ RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina NovaSeq 6000
链特异性: -
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Single-cell analysis of cell identity in the Arabidopsis root apical meristem: insights and opportunities.
Journal of experimental botany . 2021-05-21 [PMID: 34018001]