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PRJNA649786: Whole blood transcriptome analysis reveals SARS-CoV-2 ORF8 as a potential therapeutic and vaccine target

来源: NCBI / GSE155454
提交时间: Jul 30 2020
释放时间: Apr 25 2021
最后更新时间: Apr 24 2021

概要: Whole blood transcriptome analysis reveals SARS-CoV-2 ORF8 as a potential therapeutic and vaccine target

项目整体设计: The open reading frame (ORF) 8 in severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs), associated with host adaptation and viral replication, is a hotspot for mutation. However, mutation effects on host immune responses remain unknown. Here, whole blood transcriptomics performed on patients infected with mutant SARS-CoV-2 (Δ382; 382-nt deletion in ORF8) show differing profiles from wildtype SARS-CoV-2. Understanding the Δ382 mechanism and effects would allow for a focused approach in vaccine and antiviral development.

GEN 数据集:
GEND000445
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
细胞类型:
细胞系:
发育阶段:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: Total RNA was extracted using MagMax™ for Stabilized Blood Tubes RNA Isolation Kit (Invitrogen).
建库方案: Smart-Seq V2 RNA-Seq Library Preparation Protocol.
测序信息
分子类型: total RNA
库的片段类型: PAIRED
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 4000
链特异性: Unspecific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Drug repurposing screens identify chemical entities for the development of COVID-19 interventions.
Nature communications . 2021-06-03 [PMID: 34083527]