PRJNA705374: RNA-seq analysis of TP309, rod1 and ROD1-OE leaves at tillering stage and inflorescence meristem at filling stage
概要 : We observed that genes related to ROS homeostasis and cell wall reinforcement were enriched ,genes related to calcium binding and MADS-box genes were downregulated in rod1
项目整体设计 : mRNA profiles of leaves and inflorescence meristem were sequenced
测序方法:
物种:
Oryza sativa Japonica Group
组织:
inflorescence meristem
leaves
健康状况:
细胞类型:
细胞系:
发育阶段:
生长方案:
Plants were normally grown in paddy field.
处理方案:
null
提取方案:
Total RNA were extracted using RNeasy Plant Mini Kit (Cat 74904, Qiagen).; Total RNA were extracted using RNeasy Plant Mini Kit (Cat 74905, Qiagen).
建库方案:
RNA libraries were prepared for sequencing using standard Illumina protocols
分子类型:
Poly(A)+ RNA
库的片段类型:
PAIRED
库的链类型:
-
测序平台:
ILLUMINA
测序仪型号:
Illumina NovaSeq 6061; Illumina NovaSeq 6062; Illumina NovaSeq 6063; Illumina NovaSeq 6064; Illumina NovaSeq 6065; Illumina NovaSeq 6066; Illumina NovaSeq 6067; Illumina NovaSeq 6068; Illumina NovaSeq 6069; Illumina NovaSeq 6070; Illumina NovaSeq 6071; Illumina NovaSeq 6072; Illumina NovaSeq 6073; Illumina NovaSeq 6074; Illumina NovaSeq 6075; Illumina NovaSeq 6076; Illumina NovaSeq 6077; Illumina NovaSeq 6078; Illumina NovaSeq 6079; Illumina NovaSeq 6080; Illumina NovaSeq 6081; Illumina NovaSeq 6082; Illumina NovaSeq 6083; Illumina NovaSeq 6084
链特异性:
Unspecific
数据来源
GEN样本编号
GEN数据集编号
系列编号
项目编号
样本编号
样本名称
生物样本编号
样本访问号
实验访问号
释放时间
提交时间
最后更新时间
物种
种族
族裔
年龄
年龄单位
性别
来源名称
组织
细胞类型
细胞亚型
细胞系
疾病
疾病状态
发育阶段
突变/变异
表型
Condition Detail
生长方案
处理方案
提取方案
建库方案
分子类型
库的片段类型
链特异性
库的链类型
加标（Spike-In）
测序方法
测序平台
测序仪型号
细胞数
测序片段数
碱基数
平均测序片段长度_1
平均测序片段长度_2
唯一比对率
多重比对率
覆盖度
