Gene Expression Nebulas
基于标准化流程分析的转录图谱综合数据库

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多物种转录图谱整合数据库

PRJNA771040: Transcriptomic profiles revealed down regulation of low-density lipoprotein particle receptor activity pathway in survived from severe COVID-19-19.

来源: NCBI / GSE185863
提交时间: Oct 13 2021
释放时间: Jan 10 2022
最后更新时间: Jan 11 2022

概要: This submission contains a result of a study of transcriptiomic profiles of blood of COVID-19 patients.

项目整体设计: Examination of transcriptiomic profiles of the blood, derived from surviving and deceased COVID-19 patients.

GEN 数据集:
GEND000397
测序方法:
物种:
组织:
健康状况:
发育阶段:
方案
生长方案: -
处理方案: -
提取方案: Total RNA isolation was conducted using a Direct-Zol RNA Mini-Prep Kit (ZymoResearch) according to the manufacturer's recommendations. The concentration of total RNA isolated was measured using a Quant-iT RNA BR Assay Kit and a Qubit fluorimeter (Invitrogen). RNA quality was monitored using an Experion automated electrophoresis system (Bio-Rad Laboratories).
建库方案: Poly-a fraction of RNA was extracted from total RNA for RNA-seq. Sequencing libraries were prepared using NEBNext® mRNA Library Perp Reagent Set (NEB, USA). Sequencing was performed using HiSeq1500 (Illumina, USA), obtaining no less then 15 mln. reads of 50 length per library.
测序信息
分子类型: polyA(+) RNA
库的片段类型: SINGLE
库的链类型: -
测序平台: ILLUMINA
测序仪型号: Illumina HiSeq 1500
链特异性: Unspecific
样本
基本信息:
样本描述:
生物条件:
实验变量:
方案:
测序信息:
质量评估:
数据来源 GEN样本编号 GEN数据集编号 系列编号 项目编号 样本编号 样本名称 生物样本编号 样本访问号 实验访问号 释放时间 提交时间 最后更新时间 物种 种族 族裔 年龄 年龄单位 性别 来源名称 组织 细胞类型 细胞亚型 细胞系 疾病 疾病状态 发育阶段 突变/变异 表型 Condition Detail 生长方案 处理方案 提取方案 建库方案 分子类型 库的片段类型 链特异性 库的链类型 加标(Spike-In) 测序方法 测序平台 测序仪型号 细胞数 测序片段数 碱基数 平均测序片段长度_1 平均测序片段长度_2 唯一比对率 多重比对率 覆盖度
文章
Transcriptomic Profiles Reveal Downregulation of Low-Density Lipoprotein Particle Receptor Pathway Activity in Patients Surviving Severe COVID-19.
Cells . 2021-12-10 [PMID: 34944005]