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Regulation
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Expression
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Evolution
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Labs working on this lncRNA
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References
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Basic Information
Transcript ID |
ENST00000607810.1 |
Source |
Gencode19 |
Same with |
lnc-MBOAT1-2:1,NONHSAT108009 |
Classification |
intergenic |
Length |
1930 nt |
Genomic location |
chr6-:19802395..19804981 |
Exon number |
3 |
Exons |
19802395..19804141,19804402..19804508,19804906..19804981 |
Genome context |
|
Sequence |
000001 AATGACTTCC AGCTGGAGCA GCCCAGCCAG CCTGCGCGCT CACTCGCTTG CTTGCGCTGG GCTTCAGGGC GCCCGGAATT 000080
000081 TGCACTGTCT GTTAAAACGC GGTCATTGTT TTGCTTTCAA ATCGAACTTC ACGACAGTTA GCAACTTCAA GAACGCTTCC 000160 000161 AAATGGATAA ATCTTTCCAG AAGATTTCTT GCTTCAAAAC AGCTGCATTT TTGGAAGAAA GTCCACAACT GACAACTAAG 000240 000241 CAAAACCCTC CTGGTGGATA GCATAAATCT GCTTTGTTGA AGCTGCTCAT TTGTCTGATC TATGAGTCCA GAAGATGCAA 000320 000321 ACTCCCTTCC CAGCTTATGC AAAAATACTT CCAGTAAAAA CAAGCCCTTT GGCCCTTTTC TTTTGTCAGT CCAGATTTCA 000400 000401 GCATGTTCTT CGCTTTGTTA TTCATCATTT TATGTATTTG GACCCATCCT CAAACAGACT TTAAACCGTT TAAAGGCAAG 000480 000481 GAGGGACTCT TTCGTAAACC TTTAATCCCC TGGCCCAGCT GAGTAGATGC ACAGTGTCTT TTGATGATGG TGATATGGAA 000560 000561 TGATTAATAA CCACACAAGG CATTCGGTTG GTCAAGTCAC TGTTTATTGG CTCAAAATAA TCCTTGGTTT CTGTATGTCT 000640 000641 ACAGCTCACT TCCTAAACAG TTAAATCCGG AGAAGTCTAA TAGATAATAG TTGGTGATCA TAAATATAAA TAACCAATAC 000720 000721 ATTAGAATGT GTAGTCAAAA TAGGAATACT TGCTTTTCAC TTACTTCCCA CGGGTCGCTG CTGGTGGTAG TCAACACAAA 000800 000801 TAAAAATTTG AACTCATTTT GTTATTCATC TAAAATGAGA AACTCGGTGA AACATTGATT TTCTAAAATT GCTGCATATT 000880 000881 TAAATGTGAT TATAATTGCT TTTTAGCATT TTAAAATTGT AACATCGATA CCAAATGCTT AAGAATCTAA AGAATAGTCT 000960 000961 ATTGGGGCTG GCCTATTTTG TGTAAAATGG TCTGTATCAT AATGGATGAC TGATTATCCC ATCCACATTA TTTGGATTCA 001040 001041 CTTAATACTA GGTTTTAACG TTAGGAGAAT AAAACCCTCA AGAAACCTAA CATAGATTTG TATATTTAGT TTTCTCCTTC 001120 001121 CTTATCATCT TCCACCAGAC TTACAGGTGT TCCACCTGCT TGTAGTTTCG GTAATAATAC CAGCTGGCGG TGGTTCCTAA 001200 001201 CTCTAGCTAC ACTTTAAAAT TACCTCGTGC ATTTAAAAAA AAAATGCAGT TGTTTAGGTT CTTCCCCTAG ATATTTTAAT 001280 001281 TTACAAGGTT TGGGATGTGG CCTGGGCACC GATTTTTTTA ACTTTTTATT TGAATGTAGA CTTACAGGAA GTTGCAAAGA 001360 001361 TAGTACAGAG AGGTCTGATA GAGCCTCCAC TGTTGGTTAC ATCCCGCATA GCTAGAGCAC AATAATAAAG CCAGGACATT 001440 001441 GACACTGAGA TAAAATGTGC CTGTGATTCT GTGTCACCTT ATCCCTGAAG ACTCTTGTAA TCATTACCAC AATCAAAATA 001520 001521 CAAACTATTT CAACACCACG AAGATCTCTC TCATACAGTC CCTTTATGGT CGTCCCTTTC TTTCCCCCAC ACCATCCCTA 001600 001601 ACCCTTTGCA ACCATCAGTC TGTTCTCCAT TTCTATAATT TTGTCGTTTG GGGAATGTTT TATAAATTGG TCCTCACAGC 001680 001681 TTGTGACCTT CTAAGATTAG CTCACCATCC CCCCCACCCC CCCACCCCAC CCAACTCAGC AGAATGCCCT AGAGATTTAT 001760 001761 CCAAGTTATT GCAGGTATTT CTAGTTTGTT CCTTTCTGTT ACTGAGTTCT ACACTATGGG TGTAACACAG TTTGTTTAAT 001840 001841 CATTCAGCAT TCACCTATCA TACATTTTGG TTCCTTCTTT TTTTGGGCGG GGGGAGTGCC TATTACAAAT AAAACTGTCT 001920 001921 TGAAAAATTG |
Predicted Small Protein
Name | ENST00000607810.1_smProtein_314:463 |
Length | 50 |
Molecular weight | 5794.8171 |
Aromaticity | 0.163265306122 |
Instability index | 71.706122449 |
Isoelectric point | 10.0243530273 |
Runs | 6 |
Runs residual | 0.0396028681743 |
Runs probability | 0.0649473002414 |
Amino acid sequence | MQTPFPAYAKILPVKTSPLALFFCQSRFQHVLRFVIHHFMYLDPSSNRL |
Secondary structure | LLLLLHHHHLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEELLLLLLL |
PRMN | LLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLLL |
PiMo | iiiiiiiiiiiiiiiiiTTTTTTTTTTTTTTTTTTTooooooooooooo |