Difference between revisions of "NONHSAT034597"
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Latest revision as of 21:27, 16 October 2014
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Contents
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Function
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Regulation
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Expression
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Allelic Information and Variation
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Evolution
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Labs working on this lncRNA
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References
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Basic Information
Transcript ID |
NONHSAT034597 |
Source |
NONCODE4.0 |
Same with |
, |
Classification |
intergenic |
Length |
2025 nt |
Genomic location |
chr13+:88346528..88348552 |
Exon number |
1 |
Exons |
88346528..88348552 |
Genome context |
|
Sequence |
000001 GTTTTGTGAA AGCCGTGTTC TAATGAACAA GTAATTCTTT CTTTTAAAAT ATTCCTTTTA ATTCTAATTT AAAGTTTCTT 000080
000081 AAGTAAAAAT ATAGCTCTTC AATAATAATA TTATAATGTG TTTCTCTTCT AAAATAAACA GATTTTATAC TCATTATTTT 000160 000161 AAAATGTGAT CAAAACCACA TAATTGTTTT TAGTCTTCTG ATTGGGATTT TTAAAAAGAA AATTCAAAGT TTGGCATTAA 000240 000241 ATATATTTTC TGTAAGATAA TATAACTACA TATGATAAAA TGATTAAGTA CTCTGATAGT GTCACTATTT CAATACCATT 000320 000321 ATTATCTTTA ACATATGTTA AAACACTCCA GTACATAACT AATAAAGAGG AATTCACATG GCCAGCAATT TTAAACTGGT 000400 000401 GCAGCAAACT TATCTTTTGT GTTTGCAAAC ATAAGAGAAC TGAAGAAGCA AGATGCAAAC AATGTCTCCG TTGTTCAGCA 000480 000481 TGTGTTTTAT GATATAATAC ATTCGTTCAT GTTGTGTTAT ACAAATTTTG CAGGGAGGGT TGCTCGTTTT ATCAATTTGT 000560 000561 GTATTTTTTA TTTCATATTT TGTACGCAAT CATGAGCATT TTTCTTATAA ATTGTACACA ACAAGAACCT GTTGAAGATT 000640 000641 AGAAGGAAGG AGCAGCACAT ACTTTTAGCA ATCCTTTTAT CTTACCAATC ACTGGAAGAA AATGATGCCA AGAAGCCATG 000720 000721 TGAGATATCA TCTCTGTCTG TCATGTTTTC AGAACAGAGT GTGGCTTACT AATGTTGCCA TTGCAGGCTA TGCTTTGTCA 000800 000801 AGTGAATACG GTTTTCATCT TAAGGGGATA GTAAGCAAGA TGTTAGCAAT ACTCACTCAT CTTCAGATTT CATTGTCAAA 000880 000881 TATACTAATA TTTCAAAAAT ATGGTTTTCA TCTAGAAAAA AATGGAGATT TTGAGTGTAC AAATATAGCC AATGCAGGTT 000960 000961 AAATTTAAAC AGAGATTTTT TTTTAATCTC TCCCtttttt atactttttt tttttttttt tgagacagag tcttgccctg 001040 001041 tcacccaggc ttcagtgcaa tggtgcaatc tcgactcact gcaacctccg cctcccaggt tctagtgatt ctcctgcctc 001120 001121 agcctcccaa gtagctggga ttacaggcac gcgctaccac acctggctaa tttttgtatc tttagtagag acaggtttca 001200 001201 ccatgttggt caggctggta tcgaactcct gacctcatga tccacccgcc tcggactccc gaagtgctgg gattacaggc 001280 001281 ataagccacc acacctggcc CCCTTTTTTA TACTTTTTAC AAGTAATCTG ACACTAGGTG CCACATAATT AAGATAAAGA 001360 001361 CAAAAGTGCA AAACCATGTA AAATATTGAC TTCTAATTGT GAATTAGTTT CCCTTTTCTA CTTGTTTTGC CTTGTTGGAT 001440 001441 ATGAAACATT TCAAGTATGT CATTGTAGGA TTATTTTTGA CATTTTATTC TTAGAATGGT GATTTAGTTG CATAATTCTC 001520 001521 ATTTGCTATA CCACTTTTCT AAAAAATAAA TGTTTGAATT ATTGAAATAT CCCAAGATAC TCCTTGTTAT ATAATTGTAG 001600 001601 ATCATTACTT TATTTTCAGA CAAATTATGC TATTGTGGAT AAATATTCAA TGTATAAAAT ACAGGACTTC TTTTTTCCTG 001680 001681 TTTTACAAAA CTCCAGTGCC CTTTCTTATC TACTATTTTA ATATTCCTTT GCTATAGTAT ATTGCATAAT GTGGAGTCAA 001760 001761 CTATTTTTTA CAATATGTAC GTGTTGATCT GAAAGTTCCT ATTGAGTTAA ATAATGAAAA ATAATTTGGT GGACCATGAA 001840 001841 TTTTAAATTT GTTAAAAATT GTTTTATTTG TGTATGTGTA TAAAATTAAA TTTTGCAAAT TGGTAAATTT ATTCTTCATT 001920 001921 TAACCTTGTT GCTTTGAGTA CTCCTAAAGC TTGTAATAAT TCTTTGGGGA GTAATATAAA ATATATCATT CATAAGTGAA 002000 002001 TTTTGCCTTA CCATTATTCA AGAAT |
Predicted Small Protein
Name | NONHSAT034597_smProtein_701:961 |
Length | 87 |
Molecular weight | 9746.2831 |
Aromaticity | 0.116279069767 |
Instability index | 52.2953488372 |
Isoelectric point | 8.93255615234 |
Runs | 12 |
Runs residual | 8.67754251998e-05 |
Runs probability | 0.0291099923453 |
Amino acid sequence | MMPRSHVRYHLCLSCFQNRVWLTNVAIAGYALSSEYGFHLKGIVSKMLAILTHLQISLSN ILIFQKYGFHLEKNGDFECTNIANAG |
Secondary structure | LLLLLLEEEEEEHHHHHLLLHHHHHHHHHHHHHHHLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHLLEEEELLLEEEELLLLLL |
PRMN | LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHH HHHLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL |
PiMo | ooooooooooooooooooooTTTTTTTTTTTTTTTTTTiiiiiiiTTTTTTTTTTTTTTT TTTooooooooooooooooooooooo |