Difference between revisions of "NONHSAT037763"
| Line 42: | Line 42: | ||
sequence = <dnaseq>TTTATACCAACTGCCTTCCTCAAAATGCTTATAATGAAATAACAGAATCTTGAGTTGGAAACAGCCCAAAGAAATAATCCAATGTTGTACTCAGTGCAGAATTCCCTAGAATTTCTAACAGGTTGTCATTCAGCTTCTGCTAAGCCATGTTCAAACAGCTTATTCCATTTGGAACTGCACTGATATTAAAAAAAATTCCTTATATTGAGCTGAAATCTACCTATCTTCTAAGTGGTCTTAGTTCTGCTCTAATCTCTCCTTCCAAAATCTTTGGATCTTTTGAAAAAAGTTCCTCCCAAGTTCTTTTATAAGTGACATGACTTTTAGACCTCTTCCCATCTTTGTCAACAAAAGTAGGGTGCCAGACCAGTCACAGAACACTAAATGTCATCCATGTTTCCTTCAGTAGAAACCAGCAGTTTTAAAAGAGGTAAGCTGTGTTCACTAAAGACTGTTCCAGCTTGACAAATGCAGAGATATAAGTCTCTGGTCTTTAATCACTGTGGGGGCCATTTTGTAAAACACACATACTGTCCAGCAGACTCCTTTGGTCATCCCAAATACCTCTGAACTCCAGGGAAGATGCATTCTAACTCCACGAACTTACCTATTTTGTTAACCTTGATTAGACCTTCTGGAGAAGTAACCAATTTGTCCATCTTAGGAGCAATTTGGAATGAGAGTTTTTATTTTTTTCTGTAACGCCCATCCTGCCTGCAGTAGACCCTTTGGGCTTAAGAGGTCCTACAGATTCTAATAGTTTCCTCTTTGTAGATGTGTTAACATATTTAAAATACTTAGGACATGGCCTGGTACGTGACAGATGGTGTTTAACATCATTGTCATATGAAGAACACTCTCTGTGGGCCAATGGAGGTGTGCCTTAAAATTCTTCATCTTGCCTGATTTTGTTTGCATAACTTCTGGAGAGTCTGTGTCCTCCTCATCTAGGCCACCTTTCCACTTTTTGTGAAAGATGACCTTGTCCCTGCAGTCTCCGCCAGGAGTCACACAGCTTTTCACAGCAGCTGCCATCTTTAATTCTTTTTCCTGAGATTCCAGCAAGGTTGTGACATTGTCACTTTTTTGTTCTAGACTCTTTTAAATTTTCTGCATTTGCCTGAAAAGCACCCCTGTAAGAATAGATTTCTCATGGCTCTAAAAATTATTCCCAAGAATACCTTACTTGGTTCAAAAGCAGACTGTTTCTCTTCATTTCATCTCAAATCAGACTTCTGGGCAAGATGTTCTTTAGAGTAAGCAAACCTACAACCTAAAAATCTCTTCAAGAGGCATCTCTGGTCTTGTGACGAGACCTCTTCAAAGACCCACAGTAAAACTCCCCTCCCTCCAGTTGGCCACCAGTCTGCCACCAAACATGAACAAATTCTGCTGCTAATCGGTTTCCCTTGTGATCTGGTTCCTGAGGTCTTCGGATCTGTGCAATGAATTATTTATTGTTTTATTAAACCGACAGTGGTGTCCCAGAGAGGAACCATAAATAAAATGGAAATCTGGTGCTGTGATAAAGTAATAACTAGCATTAATGAGACCTGGTTTTCCTTTCAGAAAGTCCAGTATACCTGTAACAAAGGTTAAAGCAATTTATATTTAATTTGCATTCTGATGTTAACATTTAAACAGCAATTCTAACAAAAATGCATCGAGTCTAATTCTTACCTCTATCAAAAAACAACTGTATAAATTTATGACCAACATTAAAACAAAAACAAAATGTAAATTTTCTCTTTAGAAATGATTAACTGGAAATGAGTGAGACAGCACCTTGTGGGTTTTTTAGTAATAAAAAGCTCTTTTCAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA</dnaseq>| | sequence = <dnaseq>TTTATACCAACTGCCTTCCTCAAAATGCTTATAATGAAATAACAGAATCTTGAGTTGGAAACAGCCCAAAGAAATAATCCAATGTTGTACTCAGTGCAGAATTCCCTAGAATTTCTAACAGGTTGTCATTCAGCTTCTGCTAAGCCATGTTCAAACAGCTTATTCCATTTGGAACTGCACTGATATTAAAAAAAATTCCTTATATTGAGCTGAAATCTACCTATCTTCTAAGTGGTCTTAGTTCTGCTCTAATCTCTCCTTCCAAAATCTTTGGATCTTTTGAAAAAAGTTCCTCCCAAGTTCTTTTATAAGTGACATGACTTTTAGACCTCTTCCCATCTTTGTCAACAAAAGTAGGGTGCCAGACCAGTCACAGAACACTAAATGTCATCCATGTTTCCTTCAGTAGAAACCAGCAGTTTTAAAAGAGGTAAGCTGTGTTCACTAAAGACTGTTCCAGCTTGACAAATGCAGAGATATAAGTCTCTGGTCTTTAATCACTGTGGGGGCCATTTTGTAAAACACACATACTGTCCAGCAGACTCCTTTGGTCATCCCAAATACCTCTGAACTCCAGGGAAGATGCATTCTAACTCCACGAACTTACCTATTTTGTTAACCTTGATTAGACCTTCTGGAGAAGTAACCAATTTGTCCATCTTAGGAGCAATTTGGAATGAGAGTTTTTATTTTTTTCTGTAACGCCCATCCTGCCTGCAGTAGACCCTTTGGGCTTAAGAGGTCCTACAGATTCTAATAGTTTCCTCTTTGTAGATGTGTTAACATATTTAAAATACTTAGGACATGGCCTGGTACGTGACAGATGGTGTTTAACATCATTGTCATATGAAGAACACTCTCTGTGGGCCAATGGAGGTGTGCCTTAAAATTCTTCATCTTGCCTGATTTTGTTTGCATAACTTCTGGAGAGTCTGTGTCCTCCTCATCTAGGCCACCTTTCCACTTTTTGTGAAAGATGACCTTGTCCCTGCAGTCTCCGCCAGGAGTCACACAGCTTTTCACAGCAGCTGCCATCTTTAATTCTTTTTCCTGAGATTCCAGCAAGGTTGTGACATTGTCACTTTTTTGTTCTAGACTCTTTTAAATTTTCTGCATTTGCCTGAAAAGCACCCCTGTAAGAATAGATTTCTCATGGCTCTAAAAATTATTCCCAAGAATACCTTACTTGGTTCAAAAGCAGACTGTTTCTCTTCATTTCATCTCAAATCAGACTTCTGGGCAAGATGTTCTTTAGAGTAAGCAAACCTACAACCTAAAAATCTCTTCAAGAGGCATCTCTGGTCTTGTGACGAGACCTCTTCAAAGACCCACAGTAAAACTCCCCTCCCTCCAGTTGGCCACCAGTCTGCCACCAAACATGAACAAATTCTGCTGCTAATCGGTTTCCCTTGTGATCTGGTTCCTGAGGTCTTCGGATCTGTGCAATGAATTATTTATTGTTTTATTAAACCGACAGTGGTGTCCCAGAGAGGAACCATAAATAAAATGGAAATCTGGTGCTGTGATAAAGTAATAACTAGCATTAATGAGACCTGGTTTTCCTTTCAGAAAGTCCAGTATACCTGTAACAAAGGTTAAAGCAATTTATATTTAATTTGCATTCTGATGTTAACATTTAAACAGCAATTCTAACAAAAATGCATCGAGTCTAATTCTTACCTCTATCAAAAAACAACTGTATAAATTTATGACCAACATTAAAACAAAAACAAAATGTAAATTTTCTCTTTAGAAATGATTAACTGGAAATGAGTGAGACAGCACCTTGTGGGTTTTTTAGTAATAAAAAGCTCTTTTCAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA</dnaseq>| | ||
}} | }} | ||
| − | [[Category:Intergenic]][[Category:NONHSAG015446]][[Category:Transcripts]] | + | [[Category:Intergenic]][[Category:NONHSAG015446]][[Category:Transcripts]][[Category:Transcripts]] |
Latest revision as of 21:42, 16 October 2014
Please input one-sentence summary here.
Contents
Annotated Information
Transcriptomic Nomeclature
Please input transcriptomic nomeclature information here.
Function
Please input function information here.
Regulation
Please input regulation information here.
Expression
Please input expression information here.
Allelic Information and Variation
Please input allelic information and variation information here.
Evolution
Please input evolution information here.
You can also add sub-section(s) at will.
Labs working on this lncRNA
Please input related labs here.
References
Please input cited references here.
Basic Information
| Transcript ID |
NONHSAT037763 |
| Source |
NONCODE4.0 |
| Same with |
, |
| Classification |
intergenic |
| Length |
1908 nt |
| Genomic location |
chr14-:74429933..74431758 |
| Exon number |
1 |
| Exons |
74429933..74431758 |
| Genome context |
|
| Sequence |
000001 TTTATACCAA CTGCCTTCCT CAAAATGCTT ATAATGAAAT AACAGAATCT TGAGTTGGAA ACAGCCCAAA GAAATAATCC 000080
000081 AATGTTGTAC TCAGTGCAGA ATTCCCTAGA ATTTCTAACA GGTTGTCATT CAGCTTCTGC TAAGCCATGT TCAAACAGCT 000160 000161 TATTCCATTT GGAACTGCAC TGATATTAAA AAAAATTCCT TATATTGAGC TGAAATCTAC CTATCTTCTA AGTGGTCTTA 000240 000241 GTTCTGCTCT AATCTCTCCT TCCAAAATCT TTGGATCTTT TGAAAAAAGT TCCTCCCAAG TTCTTTTATA AGTGACATGA 000320 000321 CTTTTAGACC TCTTCCCATC TTTGTCAACA AAAGTAGGGT GCCAGACCAG TCACAGAACA CTAAATGTCA TCCATGTTTC 000400 000401 CTTCAGTAGA AACCAGCAGT TTTAAAAGAG GTAAGCTGTG TTCACTAAAG ACTGTTCCAG CTTGACAAAT GCAGAGATAT 000480 000481 AAGTCTCTGG TCTTTAATCA CTGTGGGGGC CATTTTGTAA AACACACATA CTGTCCAGCA GACTCCTTTG GTCATCCCAA 000560 000561 ATACCTCTGA ACTCCAGGGA AGATGCATTC TAACTCCACG AACTTACCTA TTTTGTTAAC CTTGATTAGA CCTTCTGGAG 000640 000641 AAGTAACCAA TTTGTCCATC TTAGGAGCAA TTTGGAATGA GAGTTTTTAT TTTTTTCTGT AACGCCCATC CTGCCTGCAG 000720 000721 TAGACCCTTT GGGCTTAAGA GGTCCTACAG ATTCTAATAG TTTCCTCTTT GTAGATGTGT TAACATATTT AAAATACTTA 000800 000801 GGACATGGCC TGGTACGTGA CAGATGGTGT TTAACATCAT TGTCATATGA AGAACACTCT CTGTGGGCCA ATGGAGGTGT 000880 000881 GCCTTAAAAT TCTTCATCTT GCCTGATTTT GTTTGCATAA CTTCTGGAGA GTCTGTGTCC TCCTCATCTA GGCCACCTTT 000960 000961 CCACTTTTTG TGAAAGATGA CCTTGTCCCT GCAGTCTCCG CCAGGAGTCA CACAGCTTTT CACAGCAGCT GCCATCTTTA 001040 001041 ATTCTTTTTC CTGAGATTCC AGCAAGGTTG TGACATTGTC ACTTTTTTGT TCTAGACTCT TTTAAATTTT CTGCATTTGC 001120 001121 CTGAAAAGCA CCCCTGTAAG AATAGATTTC TCATGGCTCT AAAAATTATT CCCAAGAATA CCTTACTTGG TTCAAAAGCA 001200 001201 GACTGTTTCT CTTCATTTCA TCTCAAATCA GACTTCTGGG CAAGATGTTC TTTAGAGTAA GCAAACCTAC AACCTAAAAA 001280 001281 TCTCTTCAAG AGGCATCTCT GGTCTTGTGA CGAGACCTCT TCAAAGACCC ACAGTAAAAC TCCCCTCCCT CCAGTTGGCC 001360 001361 ACCAGTCTGC CACCAAACAT GAACAAATTC TGCTGCTAAT CGGTTTCCCT TGTGATCTGG TTCCTGAGGT CTTCGGATCT 001440 001441 GTGCAATGAA TTATTTATTG TTTTATTAAA CCGACAGTGG TGTCCCAGAG AGGAACCATA AATAAAATGG AAATCTGGTG 001520 001521 CTGTGATAAA GTAATAACTA GCATTAATGA GACCTGGTTT TCCTTTCAGA AAGTCCAGTA TACCTGTAAC AAAGGTTAAA 001600 001601 GCAATTTATA TTTAATTTGC ATTCTGATGT TAACATTTAA ACAGCAATTC TAACAAAAAT GCATCGAGTC TAATTCTTAC 001680 001681 CTCTATCAAA AAACAACTGT ATAAATTTAT GACCAACATT AAAACAAAAA CAAAATGTAA ATTTTCTCTT TAGAAATGAT 001760 001761 TAACTGGAAA TGAGTGAGAC AGCACCTTGT GGGTTTTTTA GTAATAAAAA GCTCTTTTCA ACCAAAAAAA AAAAAAAAAA 001840 001841 AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAA |
Predicted Small Protein
| Name | NONHSAT037763_smProtein_146:310 |
| Length | 55 |
| Molecular weight | 5935.0618 |
| Aromaticity | 0.111111111111 |
| Instability index | 42.3259259259 |
| Isoelectric point | 9.77850341797 |
| Runs | 13 |
| Runs residual | 0.0780487804878 |
| Runs probability | 0.0338143573438 |
| Amino acid sequence | MFKQLIPFGTALILKKIPYIELKSTYLLSGLSSALISPSKIFGSFEKSSSQVLL |
| Secondary structure | LLLLLLLHHHHHHHHLLLEEEELHHHHHHHHHHHHLLLLLEEELEELLLLEEEL |
| PRMN | LLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLLLLLL |
| PiMo | iiiiiiiiiiiiiiiiiiiTTTTTTTTTTTTTTTTTTToooooooooooooooo |
