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Latest revision as of 21:43, 16 October 2014
Please input one-sentence summary here.
Contents
Annotated Information
Transcriptomic Nomeclature
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Function
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Regulation
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Expression
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Allelic Information and Variation
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Evolution
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Labs working on this lncRNA
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References
Please input cited references here.
Basic Information
Transcript ID |
NONHSAT038177 |
Source |
NONCODE4.0 |
Same with |
, |
Classification |
intergenic |
Length |
7775 nt |
Genomic location |
chr14+:88490907..88498681 |
Exon number |
1 |
Exons |
88490907..88498681 |
Genome context |
|
Sequence |
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TGATTTCCTA TGATTCTGCT 000880 000881 TACTGCTTAA AAAAATTAAT CAAGTTTTCT GCCTGACAAG TAAGTAACTG TGTTTATTTT CTGTTCATGA CTAGGCAAAA 000960 000961 GCACATAACA TCCCTATGTG TCCAGTGAGT TATGAAAGTT CTTTAAAAGC AGTGCATTAG CCATGGATCT TCCTGCTATC 001040 001041 TCTCCCCTGC AGTTTGCTGA GAATGTTTTC CATAATAGAA CCAGGCTTAT CACAATTTAT TCCTGCCTTA CTGACTACTA 001120 001121 GGTCATTGCC TAGAGTTCTG AACCCCGGGT TGGAAGCTGT TAAAATTTAA TAAAAACTAC TTTAGAGAAA ATGGTCACTC 001200 001201 TCCCTTCATC CTCTCTCACC TCCCTCTGGC TCCTTGACCC CCATCCCTCC CTGAAGATGC TGGTCGCTAA GGCTCTTTTA 001280 001281 ATAGACTTCC TTATTGTCCC AGGTTTCTGG GAATTCATCA GTGATAGCTG CCATGGGTAT GTTGAGAGGA TACTAtatgc 001360 001361 tgagaactcc acatctgata ttttacttaa tttccccaca atattatgaa gtagatgtta ttttccccat tgtacaataa 001440 001441 gagatggaaa gctagagagg ctaaAAGCAG AACAAGAATT TGAACCCAAA TGCCTGTGAC TGTAACCACC ATACATATAG 001520 001521 CCTACCTGTT TCCATGTTGT TCTAGCAGGA TCCTTGTTTT CTTCCTTCTT ACAGTAAAAT CTGACTGATC ACTGTTGAGT 001600 001601 AACGGATCTT AATTAGGTCG AGATGCGGAA GGAGTTTGCT 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gaaatttgat ttccaatgtt ggaggtgggc cctagtggga ggtgtttggc 005600 005601 ccacgaggag tggatcccac atgaatagct tggtaccact ctcattagtg agtgagttct tgctctttta gtttcaatga 005680 005681 cagctgcttt ttaaagagtc tggcacctct acttctctct ctctctcctt ctctctctct ctctcttact tcctctcttg 005760 005761 ccatgtgatc tctgcacata ctggctcccc ttagccttcc accatgagtg gaagtagcct gggcccctct gcagaaacag 005840 005841 aagctagcac catgtttctt gtacagtttg cagaacagtg agacaaataa atttctttcc tttataaatt actcagcctc 005920 005921 agctattcct ttatagcaat actaaatgga ctcagaaaca gctcacactt ggtgtcttgt gatgttataa ttaggcattc 006000 006001 aatctctaca aatatccggt agcaggccag gagctgcaaa agaaATTGCA GTCTGCAAAA GCCAGATAAC TCTTTGTCAA 006080 006081 CTTTGAAGGA GATTCTCATT TCCTACAATT CCTTCATCAT GGAGAGCTCT ATcacgatta catctattga gttttatagt 006160 006161 tcaatagtct ggctctgcag aaggctcctg cagagccttc tgttaactat ggcccaggaa aaacttccat atctcccaga 006240 006241 atatagacca aagcagtatt tttaaatgca gtctattctt ccaccaaaat tcaaaaaggc tcaccaagca gtgtacctct 006320 006321 ttcttagtgg 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Predicted Small Protein
Name | NONHSAT038177_smProtein_1190:1408 |
Length | 73 |
Molecular weight | 8094.4169 |
Aromaticity | 0.111111111111 |
Instability index | 51.4694444444 |
Isoelectric point | 4.63385009766 |
Runs | 14 |
Runs residual | 0.0535279805353 |
Runs probability | 0.0743432508139 |
Amino acid sequence | MVTLPSSSLTSLWLLDPHPSLKMLVAKALLIDFLIVPGFWEFISDSCHGYVERILYAENS TSDILLNFPTIL |
Secondary structure | LEELLLLLLLHHHLLLLLLLHHHHHHHHHHHLLLLLLLHHHHHLLLLLLHHHEEEEEELL LHHHHHLLLLLL |
PRMN | LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLLLLLLLLL LLLLLLLLLLLL |
PiMo | iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiTTTTTTTTTTTTTTTTTTooooooooooooooooooo oooooooooooo |