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Latest revision as of 02:47, 17 October 2014
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Contents
Annotated Information
Transcriptomic Nomeclature
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Function
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Regulation
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Expression
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Allelic Information and Variation
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Evolution
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Labs working on this lncRNA
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References
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Basic Information
Transcript ID |
NONHSAT137840 |
Source |
NONCODE4.0 |
Same with |
, |
Classification |
intergenic |
Length |
12928 nt |
Genomic location |
chrX+:93820669..93833804 |
Exon number |
2 |
Exons |
93820669..93825887,93826096..93833804 |
Genome context |
|
Sequence |
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taatttttgt atttttacta 000880 000881 gagacggggt ttcaccatgt tggccgggct ggtctcaaac tcctgacgtc gtgcatccac ctgcctcagc ctgctaatgt 000960 000961 gctgggatta caggcatgag ccaccgtgcc tggccTCCTT TATGTTTTAA AGGTATTTTC ACTGGAtact gacactcctt 001040 001041 tgtatgttat ttgcttgttt tttcttgctg catttaggat tctttcttta tctttttgtt ttgggagttt gattattgaa 001120 001121 tgtcttgaag tagtcttaat gtgttaaatc cacttggtgt tctattactt tcttaaactt gaatattgat aactttcttt 001200 001201 aggtttcaaa agttcactgt tattatttct ttgaatagac ttttacccca acctcttgct atacctcctc ttttagacca 001280 001281 gtaatgatta gatttttttg aggccttttt ctagatcttg ttggtttact tcattctttt tcatcctttt ttcttttgct 001360 001361 ttctcttact gtgcattttc agtagccgat ctccaagttc actatttttt ttcagcctaa taatttctgc tattaaaata 001440 001441 ctctgatgca tgttttcatt ttgttaattg aatttttaaa cttctaaata tctacttgat ttttctatta tttcaatctc 001520 001521 tttgtaaatg ttttctaata gaattctaaa ttccttattt gtgttactgt gaaattggtt aagcttcctc aaaaaaacct 001600 001601 attttgagtt ctcttttgaa aagtcacata tgtctctcac tccaggattg gtcagtggtg ccttattttg ttcatttggt 001680 001681 caggtcatgt tttcttgtat attcttgatg cttgttgatg ttcatgatgt ttgggcgctg aagagtttag gtattctaat 001760 001761 ctttgcagtt ctttcttgtt tggatttata cttctcgaga agactttccc atatctagag ttgcaactta agtctttggt 001840 001841 tactgcagct atatctgcac tagggagtgc cacaagtcca gtagtgatgc catatttgca tacttgcaga ggtatatcat 001920 001921 gggtggactt gaataagatc tgggagcatt tcctggaata ccagggagtc tctcatcctc ttctctcact tttccccaaa 002000 002001 caagtgtttg tctctctgtg ctgggctgac tgaaattggg ggagggatga tgcaaacact tccagggcca ccaaagttgg 002080 002081 gactatgctg ggtcacactt gaagccagca cggtaatggg tctagtccaa ggcccatggt gactactgcc tggctaccac 002160 002161 tcatgtagcc ctatcaaggt ccctttagtc agcatgtgtt gcatcctgcc aaggcttggt ttttcacttc aggttagtgg 002240 002241 gttcccttct agcccagggt gggtttagaa atgtcatcca agacctaggg tctggaattg gaggtctcag gactctgctt 002320 002321 tatgctttta tttttttatt attgttattt ttaaactgtg gctgaaagtg tatctaagtc acaggacaaa gttcttttta 002400 002401 ctcttccttt tcctttctgc aagtggaagg agtctctcct ggagctatga gttgtgcttc ctggagttgg agaagagctg 002480 002481 atgcaagcat tcccttggcc actccagctt ttgtctcact gagctgtggg tatctcaata ccactgtctc caagctcagc 002560 002561 aaagcaacag gacttaccca aggactgcaa gccttgagcc tgactgtctt tcaagtttat ccaggacccc aggctacatt 002640 002641 aatcaggcat tgatggagct agccagagct caggttccca ctgctggagt aaaagattac cttttgactg gggttagtct 002720 002721 aaatgcctcc tctgttggca ctggctaaat tctgccctgt gttgtgttcc actgggacaa ggtagcactg aattccaata 002800 002801 caaataccaa agtccttgac tccccctccc acaagcacat acattatctc tctttgtact gctgggggat ggaggaggga 002880 002881 tgatgtaggc aatgcaagac taccctggct accctcttca gtgcttcttt tcttgatatg atgttataat caggtactgt 002960 002961 gattgcttat ttttttttgg tttttatgga agttctttct tgcatgtata gttattcaat tcggtgttcc tgtggtaggg 003040 003041 ttatcattgg agagattttt ttagtcatct tgctcttcct ATTCCCTAAA GTGTTTTAAA ACTTAAAAGA AAAAAAGAAC 003120 003121 GATAAGCAAA GTAAAAAGAC AAATGAAGCA CTGGAGTTTA CTTAAAATCT GTATTACAGA AAAAGGACTA ATACGTTTAT 003200 003201 AACACAAATA TACATATAtg tgtatttgtg tgtgcatgtt tgtgagtgtg tttgtgtgtg tgtctgtgtg tctgtgtAGA 003280 003281 gtgagttcca aatatctgag aaagatccca gtcaatttag aaagtttatt ttcccaaagt taaggacatg tgcctgtaac 003360 003361 atagcctcag gaggccctgg tgacatgtgc ccaaggtggt cggggcatgg cttggtttat acattttaga gagacatgag 003440 003441 acatcaatca atatgtgtaa gatgtacatt ggttcagtcc tgaaaggcag gacaactcaa agcagggagg gggcttccag 003520 003521 gtcataggca gataaaaggc aaaccgttgc attcttttTT TTTTTTTTCg cagttgcaag atttaataga gtgaaaacag 003600 003601 agctcccata aaatgggagg ggacccaaag ggggttgccc ttgccagctt gaatgcctgg gtttatatcc caatcattgt 003680 003681 ccctccccct gtgctctcag gcaatagatg attggctatt tctttacctc ctgttttagc ctaattagcg ttttagtgag 003760 003761 ctctctttac tacctgattg gtcaagtgtg agctaagttg caagccctgt gttttaaagg tggaggcggt caccttcccg 003840 003841 gctaggctta gggattctta gtcggcctag gaaatccagc tagtcctgcc tttcaGTccc cctctcaaca ggaaaaccca 003920 003921 agtgctgttg ggggaggttg gcccacgacc gctctaactg cttcctgctg aattggggcg tagtaggggt 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Predicted Small Protein
Name | NONHSAT137840_smProtein_4202:4372 |
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Amino acid sequence | MEGRFSLSSSQLNLFLWLSDLGVSRCIFLLHFPLFFLKSFRESILEENEFLVSGSV |
Secondary structure | LLEEEELLHHHHHHHHHHHHLLLLHHHHHHHHLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLL |
PRMN | LLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLLLLLLLLL |
PiMo | oooooooooooooooooooTTTTTTTTTTTTTTTTTTiiiiiiiiiiiiiiiiiii |