Difference between revisions of "NONHSAT115106"
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Revision as of 02:02, 17 October 2014
Please input one-sentence summary here.
Contents
Annotated Information
Name
NTT: noncoding transcript in T cells.
Characteristics
17kb, polyadenylated, but not spliced.
Sense intronic to Phosphodiesterase 7B, also covers one exon.
Contains a number of repeats, mostly near the 3 end.
Function
Please input function information here.
Expression
Expressed in activated, but not resting, CD4+ T cells. Also found in stimulated peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and CD8+ T cells.
Localisation is predominately nuclear.
Shows a similar expression pattern to the interferon-gamma receptor gene, found ~1Mb away, which may suggest a co-regulation of the two transcripts in immune cell activation/development.
Conservation
Has short regions of conserved sequence.
Misc
Phosphodiesterase 7B is a cAMP-specific phosphodiesterase, a member of the cyclic nucleotide phosphodiesterase family. Involved in cAMP and cGMP signaling.
Sequence given is from genomic DNA, which corresponded to results from RT-PCR and RACE.
Transcriptomic Nomeclature
Please input transcriptomic nomeclature information here.
Regulation
Please input regulation information here.
Allelic Information and Variation
Please input allelic information and variation information here.
Evolution
Please input evolution information here.
You can also add sub-section(s) at will.
Labs working on this lncRNA
Please input related labs here.
References
Please input cited references here.
Basic Information
Transcript ID |
NONHSAT115106 |
Source |
NONCODE4.0 |
Same with |
, |
Classification |
sense |
Length |
17538 nt |
Genomic location |
chr6+:136265389..136282959 |
Exon number |
2 |
Exons |
136265389..136270029,136270035..136282959 |
Genome context |
|
Sequence |
000001 ATCCTGCAGT TTTCTGAAAC GTAGACCCTG TGGCTTAGCC CAGTTAATCT CGTAAACTGG GTCATCACCC TGGGTTGCAC 000080
000081 AGCAAGCAGG AGCCTGGCAG CGAAGGCTGG ATAAACACTG GCATCAACAG GAAAAAGCAC TAGAAAGAAA CTGGTTTTTT 000160 000161 TCAAGCCCTG AGAACAATCA GATTCCCTCA GGTATTGCTT TCAAATCTGT TACCATCATC AGGTAACTTT ACAAAACAGG 000240 000241 GCAATTAAAG AGCTAGTTAA AGGCGCCTCA GCAATTTCCC AGACCTCCAG GGAGGTGAAG ACAAGGAAGA GGACCACCTC 000320 000321 ATTGTCATTG GAAGGCCACC ACACCTGTTC TTGCTATTTG GTGATGAGCT TGTCTAGCCA GTGAACCCAG GCAGCCATGA 000400 000401 CTGTTAAGGA ATGCATGCTT CACAGGAGTT CAAAAACTCC TCCTGAATTT GTTTATGGCA AGAAAGAGAG CAAGACCCCA 000480 000481 GCTCCTGTGC CCATATTCAC ACCAATGTGC CTGTTGAGTG GCACATATAA GTGCCCTTGG GCTATGATAC AAAGAGAGTT 000560 000561 ATGCAACCTC AACCCATCAA CCCTGCCCCT AGAGGCCCTG CAAGGAAAGT AGAAAAGCTC TTCCTTCACA ACACATGTCT 000640 000641 GGACTTTTTC CGACAAATGG CAGGGGAGCA CCCTAGGGTC CTGGAGTTAT TTCCTTGTAG GACTCAGAAT GTGAATTGAT 000720 000721 AGAGCTTCCT AGCACTTTGT TTTGCCTAGA AGTTTAGAAC ATTTAGGAAA CCTCTGATCC TTCATTTAAA AATATTAACA 000800 000801 CTTTCACTTT AATCACTTTA AACATAATCA CTTTAAAATA CAGGTAATGC AGAAAATGCA 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