Difference between revisions of "NONHSAT033275"
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Revision as of 10:38, 16 October 2014
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Contents
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Function
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Regulation
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Expression
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Evolution
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Labs working on this lncRNA
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References
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Basic Information
Transcript ID |
NONHSAT033275 |
Source |
NONCODE4.0 |
Same with |
, |
Classification |
intergenic |
Length |
2167 nt |
Genomic location |
chr13-:39106137..39119435 |
Exon number |
2 |
Exons |
39106137..39108157,39119324..39119435 |
Genome context |
|
Sequence |
000001 TTGTCTTTTG TTTCAGAAAT CCCTGCTATG TGCTTGTCAC AGGAGAGGCG CTCAACAAAT GTCAGCTGAA TGTATCAATA 000080
000081 GAACCCACAC AAGTTCAAAC ATCACATTCA AGTAACAAGA TGTTTAGCTG GGCACATGGC CACTCAAAAT GAAGACTTCA 000160 000161 TTCTTGGCCT GCCTTGCAGG AAGATATGGC CACGTGACTG AGATCTGGCC TATGGAATGT GAATAGAAAT ATATTGCACC 000240 000241 TCCCCCTTTC TTCTTCTTCT GATCATTTTA TCCAGTTTCT TGGAACTTGG ATCGGCTGCT GAAACTCCAT CTCATATTAT 000320 000321 GAGGGGAAAG GCCATAGTCC ACTAGAGTTA CTGGTATAGG AAGCTGGAAA AAGCCTGTGT CCCCAAGGAA TTTTTTGAGC 000400 000401 AACGCTATCA TGTCACTCCT GGATTGACTG CCTACAAGAC ATTTTTAAAT GTGAGATAAA TAAACCTTCA TATTTTTAAT 000480 000481 CAACTATTTT TTTCTTCTTT TACTTGAAGC AGTATTTTAT TCTAACTAAA ACAAATTAAG AACTAAAATT TAGTAAACCT 000560 000561 AAGGTATTTC ATTGCATCAA AAAACTTATG AAATAATTTA ACACTGTAAT TATCGAACAT AAATAGATAA GCTAACAAAA 000640 000641 GGATATGTAG GATGACAAAA TGAACTCATC CAGCAGTTTC AAAAATCATG TCAGTCTTTA ATTTTTTAAA TTTGAACTAT 000720 000721 GCTATACATA GAATATAATA TACATAATTG CACATGTACA ATTTTTAAAA ATTAGGATGA AATGAGCACC TATATGACCA 000800 000801 CTGCTAAAAT TAACAAATAA AGCACCCACT CTCAGTATCT TTAGAGCCTT CTGTGTACTC CTCACTAATA CATCCCTCTC 000880 000881 CTTGGTCTAT ATCCCAAATG TAACTGCTTC CCCAGCTTTG TGTTAATCAA TCACATATTC TGCAATGTAT TTTTATCTGC 000960 000961 AAGTAACATC AGAAAAGTTT GTTTAGAATT CGTTGTTTTT TAGCATGACA TAAATTGAAT CATATCAGTG CTTTAATTTT 001040 001041 AATATTGAAC GAGAAAAAAT ACAACATTGA CTAATTCAAG TTTGATATTC CCACGGAATG TTTGGGCACC ATAGACCCAC 001120 001121 CAAAAGTTTT CCCAAGAATG AATGAGTCTT AAGATTCCTT AAGATCCCAG TTGCAACATT CTTCAAATAA TAGTTATTGA 001200 001201 TTAGTGTAAA CAACTCCTCA TCTGCACTCT GAATTATAAG GGATTTTGAT TTGAACCATT TCGATTGAGC CTATATAAAT 001280 001281 TTGCTGTAAA TCATGAGAGT ATGCTCTAAA GATATTTCAT CATAGCTTAT ATATCATTTT TTTCTTTGTC AGAATTGAAG 001360 001361 GCAAGGCTGA ATAATTATAA TCATGTTTAT ATTTAAATCC AGAAATATTA CTTTCTCTAT CATTATGAAA CTAGTGGTTT 001440 001441 AACATGTTTA TTAATGATTT CACCCAAAAG ACACTTCAAA ACAGACATTA TTGCTACTTG TTTAGTTTTA ATCTTCCAAG 001520 001521 ATAATGACAT ATATGTTCTG CCATAATTTT TGTCTAATTT TTGTACCCAT TTGTATCTTT CTTAATTGCC TAATTAAAAG 001600 001601 AGTGTAACGC AGGTTTTATA AGTTGAATTA TTGCTGAGAT ACCTTATGCT TACAATATTA TGTGTGTGTG TATGAATTTC 001680 001681 TAATCTGTGT CAGGTCATAA TCATTTCAGT TTCAATGAGT TAGGAGTGAC AGCTGCTTAG GAAACAACTT GTTTCTATTA 001760 001761 AAGCTAGCAT ATTTGTCATT AGAGTAAGGA TCTCTTTGGC AGTTTATTTT GTATTGTTAA TAATTATCAT TATTTTGACT 001840 001841 ATAGGGCATT TAATTTCCAC ATTTAACATT TGGTACTGTT ATGTAAGCAA CTGACTCATA AAATAAAATC CAAACTGTCA 001920 001921 ACATTTTTGC AATCATAGGG AGGACAAGTA AGCAAATTAG ATGAATACAA GACCTAAATT AATGGGCATG TGAATCATAC 002000 002001 AGAATTTATT AATAAGAATG TGGATGAACT ATAGCACTTC ATTCTATATT GATGCTGAAT TAGAGTTCAT TTGACTTATG 002080 002081 GTAGTTACTA AAATGTCCTT TTTCTTTTTT ATTAAAAATG AGGATATCAA CCAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA 002160 002161 AAAAAAA |
Predicted Small Protein
Name | NONHSAT033275_smProtein_1523:1606 |
Length | 28 |
Molecular weight | 3283.1341 |
Aromaticity | 0.185185185185 |
Instability index | 69.3777777778 |
Isoelectric point | 8.50579833984 |
Runs | 6 |
Runs residual | 0.0155662909286 |
Runs probability | 0.0204469175057 |
Amino acid sequence | MTYMFCHNFCLIFVPICIFLNCLIKRV |
Secondary structure | LEEEELLLLLLEEHHHHHHHHHHHHLL |
PRMN | LLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLL |
PiMo | i?????????????????????????? |