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Os01g0922800

2014-05-24T10:45:22Z

Sherlock0088: /* Function */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
[[File:Schematic.jpg|left|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref4" />).'']]
[[File:MADSbosdomain.png|right|thumb|Amino acid sequence comparisons between Type I MADS-box proteins and Type II MADS-box proteins from different plants<ref name="ref4" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADS65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize.<ref name="ref1" />
Putative orthologues: wheat TaAGL-33 and TaAGL-42, brachypodium Bradi2g59190 and Bradi2g59120 and maize ZmB4FML1..<ref name="ref4" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.
HvOS1 and HvOS2 are related to Type I MADSbox genes and exhibit differential expression in particular seed developmental stages in a cultivar-specific manner.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
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GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T10:42:29Z

Sherlock0088: /* Evolution */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
[[File:Schematic.jpg|left|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref4" />).'']]
[[File:MADSbosdomain.png|right|thumb|Amino acid sequence comparisons between Type I MADS-box proteins and Type II MADS-box proteins from different plants<ref name="ref4" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize.<ref name="ref1" />
Putative orthologues: wheat TaAGL-33 and TaAGL-42, brachypodium Bradi2g59190 and Bradi2g59120 and maize ZmB4FML1..<ref name="ref4" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.
HvOS1 and HvOS2 are related to Type I MADSbox genes and exhibit differential expression in particular seed developmental stages in a cultivar-specific manner.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T10:41:50Z

Sherlock0088: /* Evolution */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
[[File:Schematic.jpg|left|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref4" />).'']]
[[File:MADSbosdomain.png|right|thumb|Amino acid sequence comparisons between Type I MADS-box proteins and Type II MADS-box proteins from different plants<ref name="ref4" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
Putative orthologues: wheat TaAGL-33 and TaAGL-42, brachypodium Bradi2g59190 and Bradi2g59120 and maize ZmB4FML1,

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.
HvOS1 and HvOS2 are related to Type I MADSbox genes and exhibit differential expression in particular seed developmental stages in a cultivar-specific manner.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T10:39:54Z

Sherlock0088: /* Knowledge Extension */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
[[File:Schematic.jpg|left|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref4" />).'']]
[[File:MADSbosdomain.png|right|thumb|Amino acid sequence comparisons between Type I MADS-box proteins and Type II MADS-box proteins from different plants<ref name="ref4" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.
HvOS1 and HvOS2 are related to Type I MADSbox genes and exhibit differential expression in particular seed developmental stages in a cultivar-specific manner.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T10:33:29Z

Sherlock0088: /* Function */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
[[File:Schematic.jpg|left|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref4" />).'']]
[[File:MADSbosdomain.png|right|thumb|Amino acid sequence comparisons between Type I MADS-box proteins and Type II MADS-box proteins from different plants<ref name="ref4" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

File:MADSbosdomain.png

2014-05-24T10:31:54Z

Sherlock0088:

Os01g0922800

2014-05-24T10:28:21Z

Sherlock0088: /* Function */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />
[[File:Schematic.jpg|left|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref4" />).'']]

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage2>|
CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T10:28:00Z

Sherlock0088: /* Function */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />
[[File:Schematic.jpg|left|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref4 />).'']]

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage2>|
CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T10:27:12Z

Sherlock0088: /* Function */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />
[[File:Schematic.jpg|right|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref1" />).'']]

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage2>|
CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T10:26:41Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
===Function===
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encodes a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short.<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 can largely promote the fowering time. And under long days, OsMADS51 slightly promote the flowering time.<ref name="ref1" />
OsMADS51 acts upstream of Ehd1 and downstream of OsGI. And under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on expression of OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> <ref name="ref2" /><ref name="ref3" /> OsMADS51 takes part in a similar process under the long days condition. And the amount of these activators under long days is quite low. So these activators probably is not suffcient under long days.<ref name="ref1" />
[[File:Schematic.jpg|right|thumb|Schematic view of gene bodies (exons plus introns) of five cereal MADS-I-like genes. Exons are depicted with orange boxes and introns with blue lines. Numbers on start and end of contigs refer to the length of particular genomic region. Length (bp) of first large introns is given under each intron. Regions within the first intron where retrotransposons were found are highlighted in red.<ref name="ref1" />).'']]

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

File:Schematic.jpg

2014-05-24T10:05:47Z

Sherlock0088:

Os01g0922800

2014-05-24T06:35:18Z

Sherlock0088: /* Evolution */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref4" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T06:34:57Z

Sherlock0088: /* References */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref1" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Kapazoglou A, Engineer C, Drosou V, et al. The study of two barley Type I-like MADS-box genes as potential targets of epigenetic regulation during seed development[J]. BMC plant biology, 2012, 12(1): 166.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T06:33:10Z

Sherlock0088: /* Evolution */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
[[File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png|right|thumb|Phylogenetic tree of MADS-box proteins from different plants.<ref name="ref1" />).'']]

OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-24T06:31:26Z

Sherlock0088: /* Evolution */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
Evolutiontree0fOsmads51(65).png
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />

===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

File:Evolutiontree0fOsmads51(65).png

2014-05-24T06:29:37Z

Sherlock0088:

Os01g0922800

2014-05-23T10:59:53Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
[[File:OxofOsMADS51.png|right|thumb|Phenotype
UbiTOsMADS51 transgenic plants (OX) and their segregating wildtype controls (WT) cultivated for 62 d under SD conditions.<ref name="ref1" />).'']]
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

File:OxofOsMADS51.png

2014-05-23T10:58:15Z

Sherlock0088:

Os01g0922800

2014-05-23T10:55:43Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ref name="ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-23T10:52:15Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ren name+"ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
[[File:mutantsofosmads51a.png|right|thumb|Phenotype of OsMADS51 mutants(HO) compared with wild-type segregants (WT).<ref name="ref1" />).'']]

There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

File:Mutantsofosmads51a.png

2014-05-23T10:51:16Z

Sherlock0088:

Os01g0922800

2014-05-23T10:49:41Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ren name+"ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
[[File:mutantsofosmads51.png|right|thumb|OsMADS51 genomic structure, positions of T-DNA insertional mutant alleles, and osmads51 mutant phenotypes. A, Schematic diagram of T-DNA insertional position on OsMADS51.<ref name="ref1" />).'']]
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
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GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

File:Mutantsofosmads51.png

2014-05-23T10:47:29Z

Sherlock0088:

Os01g0922800

2014-05-21T13:53:16Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain.<ref name="ref1" /> <ren name+"ref3" />And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated.<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a.<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:51:59Z

Sherlock0088: /* References */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain..<ref name="ref1" /> And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated..<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a..<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:49:21Z

Sherlock0088: /* References */

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain..<ref name="ref1" /> And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated..<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a..<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<ref name="ref4">Tsuji H, Tamaki S, Komiya R, et al. Florigen and the photoperiodic control of flowering in rice[J]. Rice, 2008, 1(1): 25-35.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:45:59Z

Sherlock0088:

OsMADS51 is flowering avtivator in rice.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain..<ref name="ref1" /> And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated..<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a..<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
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</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:44:18Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

Please input one-sentence summary here.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain..<ref name="ref1" /> And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1" /> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated..<ref name="ref1" /> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a..<ref name="ref1" /> .<ref name="ref2" />.<ref name="ref3" />So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1" />
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1" />
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1" />
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:41:06Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

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==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain..<ref name="ref1"> And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1"> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated..<ref name="ref1"> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a..<ref name="ref1"> .<ref name="ref2">.<ref name="ref3">So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1">
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1">
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1">
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]//Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>
<references/>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:40:21Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

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==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref1" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain..<ref name="ref1"> And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short..<ref name="ref1"> It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated..<ref name="ref1"> That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a..<ref name="ref1"> .<ref name="ref2">.<ref name="ref3">So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs..<ref name="ref1">
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize..<ref name="ref1">
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.<ref name="ref1">
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]//Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:30:15Z

Sherlock0088: /* References */

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==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref3" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain. And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short. It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated. That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a. So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs.
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize.
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
<references>
<ref name="ref1">Kim S L, Lee S, Kim H J, et al. OsMADS51 is a short-day flowering promoter that functions upstream of Ehd1, OsMADS14, and Hd3a[J]. Plant physiology, 2007, 145(4): 1484-1494.</ref>
<ref name="ref2">Takahashi Y, Teshima K M, Yokoi S, et al. Variations in Hd1 proteins, Hd3a promoters, and Ehd1 expression levels contribute to diversity of flowering time in cultivated rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106(11): 4555-4560.</ref>
<ref name="ref3">Lee S Y, Jang S H, Jun S H, et al. Functional analysis of MADS-box genes expressed preferentially in vegetative tissues[C]//Advances in rice genetics, Los Baños, Laguna, Philippines, 22-27 October 2000. World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003: 414-416.</ref>

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:25:37Z

Sherlock0088: /* Labs working on this gene */

Please input one-sentence summary here.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref3" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain. And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short. It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated. That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a. So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs.
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize.
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Division of Molecular and Life sciences and Biotechnology REsearch Center, Pohang University of Science and Technology, Pohang 7910-784, Republic of Korea

==References==
Please input cited references here.

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:21:00Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

Please input one-sentence summary here.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref3" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain. And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short. It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated. That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a. So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Expression is ubiquitous in all organs.
===Evolution===
OsMADS51 is a unique gene in rice genome; there is no homologous gene existing in Arabidopsis. But a homologous gene with 74% identity exists in wheat and maize.
===Mutants===
There is two independent T-DNA insertional mutant alleles, osmads51-1 and osmads51-2. in which T-DNA are inserted into the first intron in both alleles, at 9606 and 15927 bp from the start codon in osmads51-1 and osmads51-2.
===Knowledge Extension===
In rice, there is two short-day promotion pathways: one mediated by Hd1 and the other by Ehd1. Both these two pathway can induce Hd3a, transport Hd3a product protein to the shoot apical meristem to induce flowering.

==Labs working on this gene==
Please input related labs here.

==References==
Please input cited references here.

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
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AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:05:54Z

Sherlock0088: /* Annotated Information */

Please input one-sentence summary here.

==Annotated Information==
[[File:tonglu.png|right|thumb|''Flowering time control photoperiodic pathway of rice(from reference <ref name="ref3" />).'']]
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain. And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short. It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated. That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a. So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
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===Evolution===
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You can also add sub-section(s) at will.

==Labs working on this gene==
Please input related labs here.

==References==
Please input cited references here.

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
name=NC_008394:42139221..42159209
source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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source=RiceChromosome01
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:01:38Z

Sherlock0088: /* Function */

Please input one-sentence summary here.

==Annotated Information==

OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain. And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short. It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated. That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a. So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

[[File:tonglu.png]]

===Expression===
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===Evolution===
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You can also add sub-section(s) at will.

==Labs working on this gene==
Please input related labs here.

==References==
Please input cited references here.

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = 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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

Os01g0922800

2014-05-21T13:00:54Z

Sherlock0088: /* Function */

Please input one-sentence summary here.

==Annotated Information==
===Function===
Please input function information here.
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain. And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short. It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated. That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a. So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.[[File:tonglu.png]]

===Expression===
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===Evolution===
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You can also add sub-section(s) at will.

==Labs working on this gene==
Please input related labs here.

==References==
Please input cited references here.

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
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source=RiceChromosome01
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = <dnaseqindica>137..321#17887..17968#18381..18427#18515..18611#19486..19569#cgatcccctcctcctcctcccccacttctccccaccaccacaccaccacacacacgcacgcacgcacgcacgcctccgttttcccccaccgacgagaggcggagagggaggggagctagggtttttcggggcggggatggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccaggttcgctctctgattccatccccctccctccccccgcctcctcctgttgttagtttgttagttacgatcaaaacccagccgcggccgaatcgagaccccccgccgcggcaggatctgccgattggttccgatcccatttcgttctgctatcccggatcgatcgatgattctccctgctatactgtatcgtaatgggtaagcctagtgcacgccatgtgctcgagactatctcgcagaggcccccccccacccccccaaccccccaccgccacctaccggcgttgcgctgcatgacagccctgtgatttctgattagtaggatcttgttctcttagcctgtacagtagcagcagccagcagcttgtatctagtatatgaagctttgacaccttgtactgttccgcgcttcgtctccccgacggcgtgggccgcgttgtttttcctcccctggtgtgcttttacacgtgtttcgcatgaggagacaccagccttcgtagaggcggaggcgcgcagcaatacgcgcatcaccctgagagccaccgcagtgtacggcctacggcgagtgaggagtttatcattttctcccaacttttttttcggcatcttgttttttttttctctgagagggagtgatgaaggagtacagttgtgtgtgttttctttaatttatttcagcgacagggacgaagtcggcttgctctgtagcgaccggcctattctcataaatagtcttttgttatggtattgagtggcatatgttaaataatattatttgatacaactgcttaaagatttttttgtaatggcttatttcttgtattttagtgtacacatcgaacaggactattcttagtgatatagtagtgggataacatatttatctaattaacctttattaatgatatactataaagaacattgataatatatttatatatgtcaagcaacttgattgaaaaacaagcacatcactcacaaagttagcccaattgtgcacaatagtccatttcataccatgatgctaaaaatcgcgcgctctgattgtttgagcgacaacccagaataattcataggtataatattttatatatatattaagtggtttaaaaaccaagattgaaaaatagacctcaataaaaaaaatgccccctaaaatcaactctcaaggagaaccgcgtttggctttggccgataatccacgaacaaatgatgaaatcacatattccatatattcgcattcacttatgaacaaatggcaacttttcttatttcttggtaatgtacgccctacacattttccaacccacatttttctagttttgcaccccctccaccaccaatatggtacaactacagctccaaaatttagctccaggagttaggtctggagtggagttgcctaaatccagttccacaactctagtttattttgtgcgagcttcacccagcttcactcccaattttaatggagctgtaattgtttggctgagctccagctccaagagaagtggagctagagctggagctgtgccaaacaggcccttagcttgtccaaatggtctagattcttatttcagattctacgagtcagaaggtgcataatcaataatcaatgaactggaagccagaagttggataacgtaagcttcagctagatactcaccaattgctttttaggatctgtagctttcttaaatagggcatttcctatctttaatactccatatgtcccaaaatataacgacttttagcctttagaatttgttccaaaatattacaacttctccaccaacattctcttctcaaccaatcacaaccctccaccattcaatttctccacctacattcatttctcaaccaatcacaatcttccaccatttaattctacttattttcttaataaccgtgaccaactctaaaactcattatatcctgtccgtcccaaaataagtttatttttcacgcatctcacgcgtaccaatatctaagaaaaaaaactagaatacattcacttcatcaaattccaatgcagttgttcctcactttatctactcctaatgtattttccccctacttttacaaactctgttgcaataattgctaaaatatgaacttattttgggataaatgggaggggctaaaaatgatcttattctgggacggatggagtagatgcttcttgtagcatatgtttttgaatttaactaccatcaagttccaccacaacatatagaagtatcttgtagtaaccgttattttgctattttgctaatgaaatagactagaggcattttagcttgccttgcacacgagtgacaagtaaactagaacggaaggagaattttattccccctcaatctgaccaaatcgatccaaagccataccagtgtatgattttccttactaaatgtgaggttgatctttcactaacaatgaataaactcctctaaattttgaactaggatgggacaatagacccaaattaacataaaactaggaaatcaatgcggcgatgtttaagtaatgaccatgattgtagacaacaaaataacacaaaattgataaaataactcgtacatgtatgtcatagattatttaatatttgttgggtcgtccccttcatgtgttaaatcatctaggaatttgtcctaacatttgggataaaaaatttcgctaataaatctattgaacatctaatgtacgacaaaagtctctatgacaacccactattagaaattggggcatatagatctccagcaaaccttaacattttattcaagggtttgtccttgaatacatccaggcaaaatgttgaggatttcaatcaaagttcgggccattggatttatttgacgcgtatcttaatggttaacatgtgccctacctcttcttaccttttcttgttatctcactattgaagttgtccatggttactaatactcaaagcctagaggctatacacgcactacctcctgctattccatatcacattctaaccacaatgtctacggttattacttattagctatgtttgcaatgcttcgggcttgcattcaactaagatagcaaaaaaaagtgttaaagtgttaaaaaatccccacaattcccggcacacgagggggtgggggttaaaaatccccttgaatataatttgactaggtatctcttctttgttggcttagaagatttagttgtgtttagtacttcatgaagttatggctatcactacaacttggtcaagtttgatttcttatctagtttgttgccatactaattaaagtgttgcattttgaaatgcacccaaagaagtgaattatgcacacatactagaatcattaacaatcgtttttaaacttgttttatgaatactaatatgtattttatacgcacgtaagacacacataatatgctgaccatatatgtgataaattatgaatgatcttatatcttttatactcccttcgtttaaaactagagggtgtattatgattttacacaatctccaactttgaacattaatttcttttgctataaattatcaactacaaaaacaatatcatatgagagtattttttaaatttgaatctaatgatactacatgtgtagcattaacaacatatttttgtttaattatcagtcaaaattttaaaatggtgattttacagaaaacaacgatgtcatatatatattagagcggatggagtatgttacaaacaaactaactagcatcattactacaaagcttgtccaaggttgaacaaaatcatctcaaaagctctaaccatcatatcattccctcaaaaggcacaaatcattccttgctagactgcttcctatgagtaaattacatcgagcagtaatgtttatcagttatctctatgcacaacctaataatacatcatgcgagtccacaacctttttgcctcctgccaatctatagtattacataattattagaacatagcatatgccattgtttttaaaattcttcctaaatattttaacaaatcaattctaaatatgttagaacatctattataatgtttcaacaatgcacatagtttcatctggtttccttatgcctctccgtagtcggatcattgatttgtcttacgacattaacaatgtgaagtgcaaaggtgctcccagggagaaaacaagtccacataatctagcgtttatgaaagagatgtttatctagttagtaaccaataattctgatattggttttcccatgggtgtgatggatattcattgcaacttacaggcaaataatattgtgcattttcttatttcgaaaagatatcgtacggatgaaagtacatgcatacacttttacacaatattatacaaaattaggtttgcttttcttatcttcagtcttataatataaacatgcaagcatatacaaaatattatctcaaaaatttataatcaacttatgtcaaacatgcaagcaaggatgttgacaagctttaaagtttctttttaaaaaggtcacacttatctgaaatgatcccaattatctcattagtttggatactatattactcctaaggcatgccaaatttataattaacctgacgggttaattttttacatta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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
}}
[[Category:Genes]]
[[Category:Japonica mRNA]]
[[Category:Oryza Sativa Japonica Group]]
[[Category:Japonica Genes]]
[[Category:Japonica Chromosome 1]]
[[Category:Chromosome 1]]

File:Tonglu.png

2014-05-21T12:59:23Z

Sherlock0088:

Os01g0922800

2014-05-21T12:51:59Z

Sherlock0088: /* Function */

Please input one-sentence summary here.

==Annotated Information==
===Function===
Please input function information here.
OsMADS51, also konwn as OsMADF65, is type I MADS-box gene in short-day promotion pathway in rice. OsMADS51 encode a protein which is composed 164 amino acids and contains an SRF-like MADS domain. And the K-box region of OsMADS51 protein is not conserved and C-terminal region is short. It function as an SD(short-day)-dependent flowering activator. Under the short-day condition, OsMADS51 mutants flower about 2 weeks later compared with individuals which overexpress OsMADS51 flower 1 to 2 weeks early. And under long days, OsMADS51 mutants flower 3 to 4 days later, meanwhile the overexpressors flower no more than 1 to 2 days early. In OsMADS51 mutants，Ehd1 is down-regulated. That means that OsMADS51 acts upstream of Ehd1. Under short days, OsMADS51 transmit a flowering signal through Ehd1, and Ehd1 then turn on OsMADS14 and Hd3a. So does the long days condition. The amount of these activators under long days is quite low. In the plants which OsGI is suppressed, not only the level of Hd3a, but also OsMADS51 and Ehd1 are down-regulated. This indicates OsMADS51 is in the downstream of OsGI.

===Expression===
Please input expression information here.

===Evolution===
Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

==Labs working on this gene==
Please input related labs here.

==References==
Please input cited references here.

==Structured Information==
{{JaponicaGene|
GeneName = Os01g0922800|
Description = Similar to MADS-box protein PTM5|
Version = NM_001051770.1 GI:115441910 GeneID:4327247|
Length = 19989 bp|
Definition = Oryza sativa Japonica Group Os01g0922800, complete gene.|
Source = Oryza sativa Japonica Group

ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 1|Chromosome 1]]|
AP = Chromosome 1:42139221..42159209|
CDS = 42139357..42139541,42157107..42157188,42157601..42157647,42157735..42157831,42158706..42158789 |
GCID = <gbrowseImage1>
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source=RiceChromosome01
preset=GeneLocation
</gbrowseImage1>|
GSID = <gbrowseImage2>
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source=RiceChromosome01
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CDNA = <cdnaseq>atggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccagcattgaaggtacctatgatcgctatcagcaattcgctggagccaggagagacctgaacgaaggaagtacaagcatcaacagtgatgaaaatgcaagtatacactccaggcttagggacataacggcctggtctctccaaaacaatgctgacgagtcggatgctaatcagctagagaaactggagaaactgctgacaaatgctttgagggatacgaaatcaaagaagatgttggcaaaacaaaatggtgaagggagtaggagcagagcaaactccagtggctctagggggcaggaggaaggaagtgcatga</cdnaseq>|
AA = <aaseq>MARRGRVQLRRIEDKASRQVRFSKRRAGLFKKAFELALLCDVEV ALLVFSPVGKLYEYSSSSIEGTYDRYQQFAGARRDLNEGSTSINSDENASIHSRLRDI TAWSLQNNADESDANQLEKLEKLLTNALRDTKSKKMLAKQNGEGSRSRANSSGSRGQE EGSA</aaseq>|
DNA = <dnaseqindica>137..321#17887..17968#18381..18427#18515..18611#19486..19569#cgatcccctcctcctcctcccccacttctccccaccaccacaccaccacacacacgcacgcacgcacgcacgcctccgttttcccccaccgacgagaggcggagagggaggggagctagggtttttcggggcggggatggcgcggagggggagagtgcagctgaggcggatcgaggacaaggcgagccggcaggtgcggttctccaagaggagggcggggctgttcaagaaggcgttcgagctcgccctgctctgcgacgtggaggtggcgctcctcgtcttctcccccgtcggcaagctctacgagtactcctcctccaggttcgctctctgattccatccccctccctccccccgcctcctcctgttgttagtttgttagttacgatcaaaacccagccgcggccgaatcgagaccccccgccgcggcaggatctgccgattggttccgatcccatttcgttctgctatcccggatcgatcgatgattctccctgctatactgtatcgtaatgggtaagcctagtgcacgccatgtgctcgagactatctcgcagaggcccccccccacccccccaaccccccaccgccacctaccggcgttgcgctgcatgacagccctgtgatttctgattagtaggatcttgttctcttagcctgtacagtagcagcagccagcagcttgtatctagtatatgaagctttgacaccttgtactgttccgcgcttcgtctccccgacggcgtgggccgcgttgtttttcctcccctggtgtgcttttacacgtgtttcgcatgaggagacaccagccttcgtagaggcggaggcgcgcagcaatacgcgcatcaccctgagagccaccgcagtgtacggcctacggcgagtgaggagtttatcattttctcccaacttttttttcggcatcttgttttttttttctctgagagggagtgatgaaggagtacagttgtgtgtgttttctttaatttatttcagcgacagggacgaagtcggcttgctctgtagcgaccggcctattctcataaatagtcttttgttatggtattgagtggcatatgttaaataatattatttgatacaactgcttaaagatttttttgtaatggcttatttcttgtattttagtgtacacatcgaacaggactattcttagtgatatagtagtgggataacatatttatctaattaacctttattaatgatatactataaagaacattgataatatatttatatatgtcaagcaacttgattgaaaaacaagcacatcactcacaaagttagcccaattgtgcacaatagtccatttcataccatgatgctaaaaatcgcgcgctctgattgtttgagcgacaacccagaataattcataggtataatattttatatatatattaagtggtttaaaaaccaagattgaaaaatagacctcaataaaaaaaatgccccctaaaatcaactctcaaggagaaccgcgtttggctttggccgataatccacgaacaaatgatgaaatcacatattccatatattcgcattcacttatgaacaaatggcaacttttcttatttcttggtaatgtacgccctacacattttccaacccacatttttctagttttgcaccccctccaccaccaatatggtacaactacagctccaaaatttagctccaggagttaggtctggagtggagttgcctaaatccagttccacaactctagtttattttgtgcgagcttcacccagcttcactcccaattttaatggagctgtaattgtttggctgagctccagctccaagagaagtggagctagagctggagctgtgccaaacaggcccttagcttgtccaaatggtctagattcttatttcagattctacgagtcagaaggtgcataatcaataatcaatgaactggaagccagaagttggataacgtaagcttcagctagatactcaccaattgctttttaggatctgtagctttcttaaatagggcatttcctatctttaatactccatatgtcccaaaatataacgacttttagcctttagaatttgttccaaaatattacaacttctccaccaacattctcttctcaaccaatcacaaccctccaccattcaatttctccacctacattcatttctcaaccaatcacaatcttccaccatttaattctacttattttcttaataaccgtgaccaactctaaaactcattatatcctgtccgtcccaaaataagtttatttttcacgcatctcacgcgtaccaatatctaagaaaaaaaactagaatacattcacttcatcaaattccaatgcagttgttcctcactttatctactcctaatgtattttccccctacttttacaaactctgttgcaataattgctaaaatatgaacttattttgggataaatgggaggggctaaaaatgatcttattctgggacggatggagtagatgcttcttgtagcatatgtttttgaatttaactaccatcaagttccaccacaacatatagaagtatcttgtagtaaccgttattttgctattttgctaatgaaatagactagaggcattttagcttgccttgcacacgagtgacaagtaaactagaacggaaggagaattttattccccctcaatctgaccaaatcgatccaaagccataccagtgtatgattttccttactaaatgtgaggttgatctttcactaacaatgaataaactcctctaaattttgaactaggatgggacaatagacccaaattaacataaaactaggaaatcaatgcggcgatgtttaagtaatgaccatgattgtagacaacaaaataacacaaaattgataaaataactcgtacatgtatgtcatagattatttaatatttgttgggtcgtccccttcatgtgttaaatcatctaggaatttgtcctaacatttgggataaaaaatttcgctaataaatctattgaacatctaatgtacgacaaaagtctctatgacaacccactattagaaattggggcatatagatctccagcaaaccttaacattttattcaagggtttgtccttgaatacatccaggcaaaatgttgaggatttcaatcaaagttcgggccattggatttatttgacgcgtatcttaatggttaacatgtgccctacctcttcttaccttttcttgttatctcactattgaagttgtccatggttactaatactcaaagcctagaggctatacacgcactacctcctgctattccatatcacattctaaccacaatgtctacggttattacttattagctatgtttgcaatgcttcgggcttgcattcaactaagatagcaaaaaaaagtgttaaagtgttaaaaaatccccacaattcccggcacacgagggggtgggggttaaaaatccccttgaatataatttgactaggtatctcttctttgttggcttagaagatttagttgtgtttagtacttcatgaagttatggctatcactacaacttggtcaagtttgatttcttatctagtttgttgccatactaattaaagtgttgcattttgaaatgcacccaaagaagtgaattatgcacacatactagaatcattaacaatcgtttttaaacttgttttatgaatactaatatgtattttatacgcacgtaagacacacataatatgctgaccatatatgtgataaattatgaatgatcttatatcttttatactcccttcgtttaaaactagagggtgtattatgattttacacaatctccaactttgaacattaatttcttttgctataaattatcaactacaaaaacaatatcatatgagagtattttttaaatttgaatctaatgatactacatgtgtagcattaacaacatatttttgtttaattatcagtcaaaattttaaaatggtgattttacagaaaacaacgatgtcatatatatattagagcggatggagtatgttacaaacaaactaactagcatcattactacaaagcttgtccaaggttgaacaaaatcatctcaaaagctctaaccatcatatcattccctcaaaaggcacaaatcattccttgctagactgcttcctatgagtaaattacatcgagcagtaatgtttatcagttatctctatgcacaacctaataatacatcatgcgagtccacaacctttttgcctcctgccaatctatagtattacataattattagaacatagcatatgccattgtttttaaaattcttcctaaatattttaacaaatcaattctaaatatgttagaacatctattataatgtttcaacaatgcacatagtttcatctggtttccttatgcctctccgtagtcggatcattgatttgtcttacgacattaacaatgtgaagtgcaaaggtgctcccagggagaaaacaagtccacataatctagcgtttatgaaagagatgtttatctagttagtaaccaataattctgatattggttttcccatgggtgtgatggatattcattgcaacttacaggcaaataatattgtgcattttcttatttcgaaaagatatcgtacggatgaaagtacatgcatacacttttacacaatattatacaaaattaggtttgcttttcttatcttcagtcttataatataaacatgcaagcatatacaaaatattatctcaaaaatttataatcaacttatgtcaaacatgcaagcaaggatgttgacaagctttaaagtttctttttaaaaaggtcacacttatctgaaatgatcccaattatctcattagtttggatactatattactcctaaggcatgccaaatttataattaacctgacgggttaattttttacatta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Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001051770.1 RefSeq:Os01g0922800]|
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