Difference between revisions of "BGIOSGA016807"
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Latest revision as of 16:10, 22 July 2012
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Evolution
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References
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Structured Information
| Gene Name |
BGIOSGA016807 |
|---|---|
| Description |
cDNA clone:J023022A09, full insert sequencecDNA |
| Definition |
Oryza sativa Indica Group BGIOSGA016807, complete gene. |
| LocusTag |
OSIGBA0155K17.3 |
| Ensembl Transcript ID |
BGIOSGA016807-TA |
| Ensembl Protein ID |
BGIOSGA016807-PA |
| Length |
10211 |
| Source |
Oryza sativa Indica Group ORGANISM Oryza sativa Indica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
| Chromosome | |
| Location |
Chromosome 4:25225654..25235864 |
| Sequence Coding Region |
25225654..25225737,25226785..25227261,25227753..25227963,25228155..25228312,25228397..25228467 |
| Genome Context |
<gbrowseImage1> name=IndicaChromosome04:25225654..25235864 source=RiceIndica04 preset=GeneLocation </gbrowseImage1> |
| Gene Structure |
<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome04:25225654..25235864 source=RiceIndica04 preset=GeneLocation </gbrowseImage2> |
| Coding Sequence |
<cdnaseq>ATGGAGTCCAGGCCCACGGCCACCGCGGATGAGCCCCCGCCGCCGCTCGTCGCCATGCACGCCGCTTGCCTCAGGGACGGAAAGACTGCTGTTTTTCCTCTAGGAGCAGAAGAGATCCATTTAGTGGCAATGACTTCCAAGAGAAACTTGCCGAATCTTGCTTGTTTTTGGGGCTATAAGGTGCCATCGGGCTTGTATAATTCTTGCTTGAGCATGTTGAATCTTCGTTGCCTTGGTATTGTGTTTGACCTTGATGAAACATTGCTTGTCGCCAATACCACACGGTCCTTTGAAGACAGAATTGATGCACTTCAGAGAAAGTTGAGTAACGAGATTGATCCTCAACATATTAGTGGTATGTCGGCAGAGATCAAGAGGTACCAAGAAGACAAGTCTATCCTAAAGCAGTATATAGAAAATGATCAGGTTATTGATGGTGGCAAGGTTTATAAAGTACAGACTGAGGTTATCCCACCTTTACCTGATAATCATCAGCCTATGACACGTCCAATCATAAGATTACAAGAGAAAAATATTATCCTGACGCGTATAAATCCATTGATAAGAGATACCAGTGTTCTGGTACGGTTGAGGCCTGCATGGGAGGATCTTCGGAGCTACTTAATTGCAAGAGGTCGCAAACGTTTTGAGGTATATGTGTGCACAATGGCTGAGAGGGACTATGCTTTGGAAATGTGGAGGTTGCTCGATCCAGATTCAAGATTGATAAACTCTGTTCAACTTACTGACAGACTTGTCTGTGTTAAATCTGGCTCTCGAAAGTCTCTGCTGAATGTATTCCATGATGGGTCTTGCCACCCAGAAATGGCCCTAGTGATTGATGATCGCTTGAAAGTTTGGGATGAGAAAGACCAGTGTAGGGTTCACGTTGTTCCTGCCTTTTCTCCATATTACTCTCCCCAGGCAGAGGCAAACTTCTCTGTTCCAGTTCTCTGCTTTGCTAGAAATGTTGCATGCAATGTCAGGGGTGGTTTTTTCAAAGAATTTGATGAGGTCCTTCTGCCACGGATAAGCGAGATTCACTACGAGGACGAAATAAATGATTTTCCGTCCGCTCCTGATGTTGGCAATTATTTGATTACCGAGGACGAGAATGCTGCCATTTTGAATGTAAACAAAGATCCTCTTGCTTTTGATGGTATGGCAGATGCAGAAGTTGAGAGGAGATTGAAGGAAGTGTCTTGCAGTGTTCAAGCTGTGAATCCAATACCAACTAATGCTGATGTGATGCCTGTGGCCCCTAACCAGCAACTTATTACATCATCTGTTCCAGAAGCACCATCATTGGGCATGATTCCTTTGAATAATGATCAAGGTCCTCAGCCTCCTTCAAGCTGGCCGGTTGCTCAATCTGCTCCTGTGGATCCATCGCAAAGTTCTCCAGCTAGAGAAGAGGGTGAGGTTCCTGAATCTGAGTTGGATCCGGACACAAGGAGAAGGCTTCTCATATTACAGCATGGTCAAGACACGAGAGATCCTGCACCACCCTGTCCTGCAGGATCACCCGTACAGACCTCAGTATTGCCAGTGCAATCTCATGGGAATTGGTCACATGTAGAGGATGAGATGAATCCAAGAAGCCTAAATAGGACCTCAACAGGGTTCCATTTAGAATCTGATGATATAAATTATGATAAAAAGCAACCACATAATCCACCGTATTTTCCTGATGAGGATAATCTTATAACTTCTGATAGATATAACCGTCGGATCCATAGATACCCCTCACAGCTGCCTCACAGTGAGGATCATCATATGCTGAATCGTTCATCTATAGCCTACAGATCTTTTCCTGGAGAGGACATGGGAAACCGATTTGGTCCTTCGAATCATAGAAGCAGTAAAATAGAACCAGGACACCAGTTTGTACAAAACGCAGAGACCTCAGCTGGTGTGTTGGAGGAAATTGCAGTGGAATGTGGGTTTAAGGTGGAGTACCAATCAACTTTGTGTAGTACTGCAGAGTTGCAATTCTCCATTGAGGTTAGGATTTTAGGAGAAAAGGTAGGTGAAGGAATTGGAAAAACAAGAAAAGCAGCAAAACGCCAAGCTGTTAATATGTCCTTAAGAAATCTGGCAGAAAAATTTCTAACGTCTGATCCGGATAAGATGATGATTCTGAAGGAGAATGGTTTTAGTAGTAATTCAAACTCATTCAGATATTCGGGAGGTAGTAGAGATGACACATCACCAGTTGCAAGCACTTCAAACGAGTCTAGATACATGGGCGAGAGAGTTGATACTTTAAGAAAACCTGCTGGTTCTGTTGCTGCTCTCAAAGAGCTTTGTACGGTTGAGGGTTACAACTTAGTTTTCCAAGAGCAGCCATCACGTCCTCGTGGTTCATCAGGTAAAGAAGCTTATGCTCAGGTCGAAATAGGTGGTCAAATCCTGGGAAAAGGAGTTGGAGCAACATGGGAACAAGCTAAGCTGCAGGCTGCTGATGAGGCTCTAGGAAATTTGAAATCCATGCTTGGTATCTTTGCACATAAATCATCTGGATTTCAAAGTTTTACACTGCTTCCTGCTGCTCTTCATGGCCATGTTTGGTTCATACAGCAACCGGGTTCGGCTGGTGTTGGTCCAAGGCTTAAGGAGAGTATATACCTGCATTGGTTGAAGATCTTTATGAGAAGCTCGAATCTTGGTGGCTACGTGCACAATGTTGTCCCTCTTTCTGTTTATCTGTATGCTTGA</cdnaseq> |
| Protein Sequence |
<aaseq>MESRPTATADEPPPPLVAMHAACLRDGKTAVFPLGAEEIHLVAMTSKRNLPNLACFWGYKVPSGLYNSCLSMLNLRCLGIVFDLDETLLVANTTRSFEDRIDALQRKLSNEIDPQHISGMSAEIKRYQEDKSILKQYIENDQVIDGGKVYKVQTEVIPPLPDNHQPMTRPIIRLQEKNIILTRINPLIRDTSVLVRLRPAWEDLRSYLIARGRKRFEVYVCTMAERDYALEMWRLLDPDSRLINSVQLTDRLVCVKSGSRKSLLNVFHDGSCHPEMALVIDDRLKVWDEKDQCRVHVVPAFSPYYSPQAEANFSVPVLCFARNVACNVRGGFFKEFDEVLLPRISEIHYEDEINDFPSAPDVGNYLITEDENAAILNVNKDPLAFDGMADAEVERRLKEVSCSVQAVNPIPTNADVMPVAPNQQLITSSVPEAPSLGMIPLNNDQGPQPPSSWPVAQSAPVDPSQSSPAREEGEVPESELDPDTRRRLLILQHGQDTRDPAPPCPAGSPVQTSVLPVQSHGNWSHVEDEMNPRSLNRTSTGFHLESDDINYDKKQPHNPPYFPDEDNLITSDRYNRRIHRYPSQLPHSEDHHMLNRSSIAYRSFPGEDMGNRFGPSNHRSSKIEPGHQFVQNAETSAGVLEEIAVECGFKVEYQSTLCSTAELQFSIEVRILGEKVGEGIGKTRKAAKRQAVNMSLRNLAEKFLTSDPDKMMILKENGFSSNSNSFRYSGGSRDDTSPVASTSNESRYMGERVDTLRKPAGSVAALKELCTVEGYNLVFQEQPSRPRGSSGKEAYAQVEIGGQILGKGVGATWEQAKLQAADEALGNLKSMLGIFAHKSSGFQSFTLLPAALHGHVWFIQQPGSAGVGPRLKESIYLHWLKIFMRSSNLGGYVHNVVPLSVYLYA</aaseq> |
| Gene Sequence |
<dnaseqindica>1..84#1132..1608#2100..2310#2502..2659#2744..2814#2990..3095#3163..3249#3874..4431#4528..4591#5635..5768#5851..5904#6604..6700#7903..8108#8184..8267#8548..8613#9166..9239#9947..10034#10113..10211#ATGGAGTCCAGGCCCACGGCCACCGCGGATGAGCCCCCGCCGCCGCTCGTCGCCATGCACGCCGCTTGCCTCAGGGACGGAAAGGTACATGAATTACTCCCAACAAGAAACCCACAGACAAATAATAAAAGAAGGGAATGAACGAACGAATGGAACATTTGATTTTACATGGTCAAGTTTACCCGAACAGCAAATAGTTTTTTAGCACATGAAAGAACTAGTCTATTTTTTTCCCTGAAACATTTATTGGTAATTTATCTCTGGACAAGTAATTTGACAACGATGGTGACATGACTAATGATACTGACTGGAACCTATTCCAGAATTCACTTTTCTTCATGATTATTGTGTGTACTGGACTTGATTTTATTCTATCTCAATTTTCAATAATTGAACTAATCGAAATACAGAATCTGGCCTGATGCTGTTGAATGACAGAGGTTTCAGGAACAGCATTTCATGTTTCAGAAATGGAGAAGTTTTGATTTTTGAGTGTGACACTTTTAATGGTTGTTGAAACATACCCAATGCAGCGAAGAATTTGCTTTTCTTCAATAGTTCTTGACTTTGGACTTGACACACTTGCTATCAGGAGTTCATTGCTGCAATTGATCATGAACCGTGAACTGCTGAACTCTGCGTATTGAAAGACATTGTTTGAGGGATGAGTGAAGGTTACTTGAATAATTTGAACGCATTAATCTAACTCATCTGCTAGCAACTTAATGTGTTTCTTGCTTCCACTTGAATTATTTGATAATTACATCTATATTAAGAAACACACTATTTTCGGCCTAATATTTCCTTTACATAGTTGGATTAAATAGCATTTAACTGTGGTCAGGACAGTGCTATAAATATTCCTGGTATTGATTTCGCTATTTTAAGATTTGGATGGATATAGAGTTTTTAATCCACACATGCCTTTTTTTTAACAAGTATCCCCTTTTTTGCATTTCTGTTGTACCTTTTATTTTCTGTACTACTTTGTGGATGTTACTCTGATATGCAGGTATGTGAACAAATGTACTAGATGCCATGCCTTTTACATGATTGCATTTTGTATTAGTGACGAACATTTCTCCTTTTTCTTAATCCTTTTCATTTCCTTTCATTCTCTCCTGCTTGCAGACTGCTGTTTTTCCTCTAGGAGCAGAAGAGATCCATTTAGTGGCAATGACTTCCAAGAGAAACTTGCCGAATCTTGCTTGTTTTTGGGGCTATAAGGTGCCATCGGGCTTGTATAATTCTTGCTTGAGCATGTTGAATCTTCGTTGCCTTGGTATTGTGTTTGACCTTGATGAAACATTGCTTGTCGCCAATACCACACGGTCCTTTGAAGACAGAATTGATGCACTTCAGAGAAAGTTGAGTAACGAGATTGATCCTCAACATATTAGTGGTATGTCGGCAGAGATCAAGAGGTACCAAGAAGACAAGTCTATCCTAAAGCAGTATATAGAAAATGATCAGGTTATTGATGGTGGCAAGGTTTATAAAGTACAGACTGAGGTTATCCCACCTTTACCTGATAATCATCAGCCTATGACACGTCCAATCATAAGATTACAAGAGAAAAATATTATCCTGACGCGTATAAATCCATTGGTATGTATTTCTTCAATCAACCTTTTTCTAGAGTCATGTGATGCCAGATGTCTGTTGTCTCTACATCTGTTACATTGATTAACATAAAAATGAAATACCACAATTCACTTTATTTTGCATCATGTGCTTTGATTGAGTTTACCATCATAACTCAATTAAATCTATTTTGTACTCTAATTTTACTAATTTTATTTGGCACTGCTTTTTAAAAGAAAAATATAGCAACCTTTTGGTTTTGGTGCTGTCAGTTCTTAATGTATTACAAATCATGTAATTAATGTGACTCAAATTGAATTGGCAAATAAGCCTTGCTTAGTGGTTGGTACTGTTGAGGGCAAGTTGCATTAGCTGGTGTGGCAACTGAAAATTTGATCTCCTATTGCGATATTTTGAGCGCTAAGCACTTCCCGTCTATTCAGCTTTGATACAACCATGTTCCATGTTTCCATGCTGTTATACTGCCTAGTTGATTTTCCCTTTTTCTTAATTAGATAAGAGATACCAGTGTTCTGGTACGGTTGAGGCCTGCATGGGAGGATCTTCGGAGCTACTTAATTGCAAGAGGTCGCAAACGTTTTGAGGTATATGTGTGCACAATGGCTGAGAGGGACTATGCTTTGGAAATGTGGAGGTTGCTCGATCCAGATTCAAGATTGATAAACTCTGTTCAACTTACTGACAGACTTGTCTGTGTTAAATCTGGTAGGTGTTAGCATTACTATTACTTTCAAACAACACAACTACCAAAGGAATATAGTGTCATTTGGTATATTTTGTACACCGCAATCAATGTTTTGTGTTGTCTAATTTCCTTCATACAAATTTCCATGTGCATGAACATAATGTCTTGGAATTTTCCATCTTTTGACGTTAATGCTACACCACTCTTATAGGCTCTCGAAAGTCTCTGCTGAATGTATTCCATGATGGGTCTTGCCACCCAGAAATGGCCCTAGTGATTGATGATCGCTTGAAAGTTTGGGATGAGAAAGACCAGTGTAGGGTTCACGTTGTTCCTGCCTTTTCTCCATATTACTCTCCCCAGGCAGAGGTAAGGTTTATCTGTACTTTACACCAACACAAATATATATTTTTTAGTATTGGTTATTGAGGGTACCTTGTCTTGAACTATCAGGCAAACTTCTCTGTTCCAGTTCTCTGCTTTGCTAGAAATGTTGCATGCAATGTCAGGGGTGGTTTTTTCAAGTAAGGATATCCATCTTTGCCTATGTGATCTAAGTAAATTCATTGCCATGACTCATTGTAGTCCCAGCTAAATTTAATATACTCCGTTCTGCCACACAATTTTTTTTCTTGTTATTGTGCCATAGACCAAGTGTGAATTATTTTGAGATACAGAAATTTACGATTTAATTGACAGAGAATTTGATGAGGTCCTTCTGCCACGGATAAGCGAGATTCACTACGAGGACGAAATAAATGATTTTCCGTCCGCTCCTGATGTTGGCAATTATTTGATTACCGAGGTAAACTTTGTAAAATGCATGTTCGATTCCCTAGTAACTGCCAACTTACACTCAGTCTCTTCAATAGGACGAGAATGCTGCCATTTTGAATGTAAACAAAGATCCTCTTGCTTTTGATGGTATGGCAGATGCAGAAGTTGAGAGGAGATTGAAGGTGTTCACTTCTACAAACCATTAGTTCACTACCCTGTTCTTCTTGGTTAATATTGATGTGAATAGAAACTGAATACCAAGATGTACTTTTCCTAAATTAGATGCTGCATATTAATAATATACTCTAGTTATTTTTTAGGTTTTGCACAATGCATTTTGGAACAAAAAAAATACACTGTTTAATATTTCATGTGTATTTTTTTGTTCATTAGGAATTATGCTAGGCACAAAATCTCATGGTCAACAGTATTATAAAATTTTGTTTGAATATGCAGTTGCAATAGACTATTGGGGCATTAGATCAATCTAATGTCTCATTCAATACTTTAATATATTATACTGTTCAGCATAGTGTTTCTCTATTTACATGATCTTAATCTGCATAAATCATTTATTTATTTGAAGTGAACAAGAGGGTGTATTAAGTTATCCTAATCCTTTTCGTTGGACCAGCCAATTGCGAATGCTATAGCTATGCCCCTATGACTATGTTGTTACTCCAATGGGTTGACTGGTCGTCTTGTGAGAAAAAAAATGCTGAGATCAATTACAAGCCTATATTATCATGTTTCTTAGCAATGACTACTGTTTTTACCTTTTACGTATGTATATGCACTATTTTCAGGAAGTGTCTTGCAGTGTTCAAGCTGTGAATCCAATACCAACTAATGCTGATGTGATGCCTGTGGCCCCTAACCAGCAACTTATTACATCATCTGTTCCAGAAGCACCATCATTGGGCATGATTCCTTTGAATAATGATCAAGGTCCTCAGCCTCCTTCAAGCTGGCCGGTTGCTCAATCTGCTCCTGTGGATCCATCGCAAAGTTCTCCAGCTAGAGAAGAGGGTGAGGTTCCTGAATCTGAGTTGGATCCGGACACAAGGAGAAGGCTTCTCATATTACAGCATGGTCAAGACACGAGAGATCCTGCACCACCCTGTCCTGCAGGATCACCCGTACAGACCTCAGTATTGCCAGTGCAATCTCATGGGAATTGGTCACATGTAGAGGATGAGATGAATCCAAGAAGCCTAAATAGGACCTCAACAGGGTTCCATTTAGAATCTGATGATATAAATTATGATAAAAAGCAACCACATAATCCACCGTATTTTCCTGATGAGGATAATCTTATAACTTCTGATAGATATAACCGTCGGATCCATAGATACCCCTCACAGGTCAGTGGTCATCCACCAGATCGATTATTCAATTAATATATGTTTGTTAATGAAGTATATCTGGACAATCTGTTGACAAATGCCTGATTTATTCAGCTGCCTCACAGTGAGGATCATCATATGCTGAATCGTTCATCTATAGCCTACAGATCTTTTCCTGGTATGTTTTGTTTTACCTCTGATGGTTCTAAAGTTCTTCTGAAGATTACTAGCTGCATAGGGTAGTGCATGATCTATGTCTTCCCGTTGAGCTCGCTGCATTAAGCTTAAGATGTTAGCATAAGCCAATCTACTAGTCTCTTGTCTTGCATATTTCTAGAGTTGAGTACTTGTGTACCTGTCTAAATGCAACCTTTCTG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