Difference between revisions of "Os05g0203800"

From RiceWiki
Jump to: navigation, search
(Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os05g0203800| Description = Similar to MADS box protein| Version = NM_001061424.1 GI:115462578 GeneID:4338067| Length = 11215 bp| Definition = ...")
 
Line 1: Line 1:
 +
Please input one-sentence summary here.
 +
 +
==Annotated Information==
 +
===Function===
 +
Please input function information here.
 +
 +
===Expression===
 +
Please input expression information here.
 +
 +
===Evolution===
 +
Please input evolution information here.
 +
 +
You can also add sub-section(s) at will.
 +
 +
==Labs working on this gene==
 +
Please input related labs here.
 +
 +
==References==
 +
Please input cited references here.
 +
 +
==Structured Information==
 
{{JaponicaGene|
 
{{JaponicaGene|
 
GeneName = Os05g0203800|
 
GeneName = Os05g0203800|

Revision as of 20:06, 22 July 2012

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Function

Please input function information here.

Expression

Please input expression information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this gene

Please input related labs here.

References

Please input cited references here.

Structured Information

Gene Name

Os05g0203800

Description

Similar to MADS box protein

Version

NM_001061424.1 GI:115462578 GeneID:4338067

Length

11215 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os05g0203800, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 5

Location

Chromosome 5:6428944..6440158

Sequence Coding Region

6429209..6429212,6429716..6429777,6429962..6430003,6430105..6430146,6430246..6430345
,6430440..6430501,6431041..6431122,6439191..6439450,6440008..6440055

Expression

GEO Profiles:Os05g0203800

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008398:6428944..6440158 source=RiceChromosome05 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008398:6428944..6440158 source=RiceChromosome05 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgcacatatacaaagagcaggaggctgaaccatccactggcctgatgatgccagagccagcacctgttgcttcccccggctccggtggctcaggtggctcaggctcggtgggagctgagaagattgggagcaggggaaagattgagatcaagcgcatcgagaacacgacgaaccgtcaagtgaccttctgcaagcgccgcagcgggctactcaagaaggcgtatgagctctccgtgctctgcgatgccgaggtcgccctcgtcgtcttctccagccgtggccgcctctacgagtactccaacaacagcgtgaaggaaactattgagaggtacaagaaagccaacagtgacacctccaacgccagtacagttgcagagatcaatgcccagcactaccagcaggaagctgctaagctgaagcaacagatcaccaacctgcagaactccaacaggaccctagtaggtgataatatcaccaccatgaaccacagagaacttaagcagctggaaggcagactggacaaaggcctaggaaagattagagcacggaagaacgaattgctgtgtgctgaaattgagtatatgcagagaagggaaacggagctgcagaatgacaacatgtacttaaagagcaaagttgctgagagtgaaagaggactgcaaacagtgaacatgatgggttcagcatctacgagcgaatga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MHIYKEQEAEPSTGLMMPEPAPVASPGSGGSGGSGSVGAEKIGS RGKIEIKRIENTTNRQVTFCKRRSGLLKKAYELSVLCDAEVALVVFSSRGRLYEYSNN SVKETIERYKKANSDTSNASTVAEINAQHYQQEAAKLKQQITNLQNSNRTLVGDNITT MNHRELKQLEGRLDKGLGKIRARKNELLCAEIEYMQRRETELQNDNMYLKSKVAESER GLQTVNMMGSASTSE</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>10947..10950#10382..10443#10156..10197#10013..10054#9814..9913#9658..9719#9037..9118#709..968#104..151#actccatctcatctcatccttccccaaccattctcttctccttgaacacacccctctcttcctcattataatctcttctttgattagagaggaattagcaaacatgcacatatacaaagagcaggaggctgaaccatccactggcctgatggtaattgtttttcttggcttggaaactcctaaatttcctcttctctttcagtgtcattttgcaagagggtttggatttcttttttaattgtatgcatatgggagctttgggaaagtagaaaagtagaatcatggctgctagctgatgtgtgagaatagctagatggccatgaagagggagagatatagctagagatctttagtctttaagcaaaacaagaaaaagaagaaaaaaaggtgaaagaaaggcacaagatcaaggagattgatcaccacaggaccaaagatctctccttttttttcccctcaaaaaaagatctctcctttttccttcgatctacaagaattatacaactcacaaaagggggctgtagttacatatattgatttttaagagagatgatggccatgatgtctccagcacttcttgattttcttgccaaagatccatcttccggtcttgcaatttcttgattatgttggctcatgctgtgctgctaagttcttacatagaggactgagtcatatctctggaattattttgtgactcaaatttagatgccagagccagcacctgttgcttcccccggctccggtggctcaggtggctcaggctcggtgggagctgagaagattgggagcaggggaaagattgagatcaagcgcatcgagaacacgacgaaccgtcaagtgaccttctgcaagcgccgcagcgggctactcaagaaggcgtatgagctctccgtgctctgcgatgccgaggtcgccctcgtcgtcttctccagccgtggccgcctctacgagtactccaacaacaggtactgcattcctcttcctctcttcagctctagaaacctaaattaatccatgtgatatatgttatcttgtcctaattggagcaagttagttgctaccttttcttgtgacaaggaggaggcatatatatggtgatgtgcgtccatctcaccttcttttctgttactacatatatgtgcttcagttaattaactgtcttgttgttacttctgtgctttcttgggggtagtagcaactagcaagtgagaaagaaattgcaggagtttctttgtgtgtgtgtgatgatctgtgtgcttgctgatgtggtgtgcacatttctggtttcttttgtgtttcctgtgaggtgagctagatgtgtagatagattcagcacaatgcatactttgtgaagcaagcatgagcatgtacatgcattcttgtgagcttttcttgtgtgtgatgggtgtctgtgactgtgtgtctgtgtgtgttgctttggcttggtggtcctgttcttttattgctccatttatgttctttcctttctctacctctgtctgtgtgatgaggcttgcttagatccttaatacctcactgcatatagcgatcatatattatattttctctattggctatgcatgtgtgcagtaacttgtaactactagtaactagtatgcaagattgtgggcatgtgaggtttgatgttttttttttcagaggtaaaaagtggtgtacacgagtgatgcacacattgatcattcatgattcttttgcatcatcttcttcaattggaggttagttagggttagggtttcatcacatcctccatctctctctctctctctctgcagagtgctgtagatgttactgttttcactagtcatttctctgttcatttacagccatgtgtggtttcctgtattaacaggatgccccatcacgagtgctctgggcccctagctacctatcctctctgacaccggcactgtacttctcatgaggtaccgaacacagtgaagtcagcagtaaataggaaaaacagtgcatgaattacccttttttttctccatctataaggtttggactttcatatgtatttttgttactacctaaggtttacagattagtaatttgtgcaatatttttagtagagaatcttaaggatttgttgtgcttctttttccttgtgcgattacagaagaaatacacgcacacatgacaccacacacgcagaccacactcacacaagtgtgtgcttagttatgcctatagttgttcagccaagaaaggataaagagtaatttatactatataatcaggatgtatgccatgataatacccttatgttctaaatcctaatcccatgtgaaaaaaaattatgaaatgtgtgatcccctgtgagtctgtgactacacatgaatgaactactagtagtagagatgagtaactagtactagtagcaaaaagatctagaaaaaaactctaaactagatcatgtatgatttgtccttcatttttaaaattacgttttaataacccgtcttggttaagaaaaaatatctttacttaaacaattaaacttcatactccaaatgttaataccctgcacaacactatctagcttagactctagtatcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatagtaaatttgttatatatatactcctgtattatcttgttggattacgacggactggtcaatacgtacgatagagatattttttgtgcatttcttaaaagtgatttataggactcccattaatttaacagtgaattttccttgttttgatctattgagtaataaaaaaattggtttaacaattgacgacttgtttggacaagaagcaaattctttgcacagcagcagcagacaaacacactctctcagtacgtgtgcgtgaggctgcaagtgtaaaactgtacactgtactgtgcagaagcaaaaattaaccaatggcacggtcagtagaatacgtacaaatggcagcgtttgcatcgggagactacaaagagaaaaaggctggtttacccggtcagaatggttaaggtccctgtctgcctggctggctggctaggttggaccgtagctgcttctctctcttgcattggctctctctttctctctctataagccattggtcacttgggtactcatatgattcactgtttgcagccagccaatcatgatcatgctggctatgtttagatccaaactttagatttaaatttctaactttttccatcatatcgacctgtcatacacacataacttttcagtcacatcgtaccaattttaatccaaactttcaactttggaaggaactaaacacagccgctgttgtcaataggatgctcgaagatattaaggttttgtaattcgttggtaaacattactacaagacaatgctaataaaatattcatttaggaagaattttagagaagtgttgctacttgttcacacatgctccatgttaatttgttccaatgagcttgcatctttgtatttttctttaaaaaataaattgttaagaaaatcattgttggtcaaatttgcttggaccatgatttcttcacatgttttttcttgtttaaaaatgtatccaataataccgttcctatgtgtgtgagagatagacagaagctgacttgcattgcttttatattggctcttgggaatagttacttggcactattatacgtatgtgacgtgacatttgctctgatcttgcctttgagaattcatgtttggtcttgacgaggaaagggaaatgatatgatagttttcttggttagatttttgtatggcactttattgcttatgggcatgcctgagattgacaaagtgacaaagtgttggagtacgaaatgtggccaaatgatcttgtctgtcaattttcagcaggagtacgtctttctataggaactttgtgatatcctctttggtttgtactctgtagtagtctcgatcagataggggtgtaaatgattaacccgtgacctcactcataagtaaatatataaaataagttacttatatgtcaaaataagctgtttattttattgacttataagtaggtttgtggttagccactaagtacacccttaatctaggacaatatcaaaggaaaattagttacacatattttgtactatttcaattagatgatgaacgtatatatactttgcgtatagtagtagtttttcttgtatcaagagaggaaaggacgttactctgagtcctttcttgaaacgtgtacaagatctatgatcaaggcatatatgcatagtttttatgttgttagtagaaaaaaatggctaagtaattttgcaaaattttttttggctaaaataatgaagacaactagaaaggtagcccgcgcacatgcgcgggcatcttctcgtataatgtgaatgaaattttattatgaatatttatatgcaggtggctttttattaaaatttcttgtattatattctaaactaaaattaaacttattttgtgtgctttgaaagctttttctatttttataattacccttgcaacatataaattctaaaataaaattacttgagatcatgtggttttgaattgatgagaaactattgtgtcgaaacaatggaggtggttcctatgataaaatttagggtattttaaatcgccaaaaggatagcttacaacctcaaaacaaattcaataatatcattttttttgtttgattgtattttaatatatatatatatatatatatatatatatatattcattctaaccgtccttgtaaaatgtttgaatttttctatcaagtattggttttaaatccaacaaaatttgttcaattttcaatttatttcatgcccatttttattttttttcttttggatagttttattctatgaatcatccttgaaatgatttgatctttgcaatttgggacaaaaatatcagaacacataacctagtatggggtaaaggtatacgttctaaattttctctcctgaaatataaaagtaatggtcataatgtatttagcgaatcatcactaaagtgtattgtcttataacaaatacatgtttctagattgttctacgtcaagactttacaatgtactgtagcaagcttaataaaaataaataaaaaaaggacatggtcattaattcctatatggaactgacttgatttattgctaaagccactgcaaggttgttccacggttaaaatccttaggtacaacccacatgcttatcgatatgatgttcaaccaaccacaccttcattttcaccctattgtctatattgctagatgaatacctgctatgattagtgacttcgtagatcatatgtgtaattcggacgctatgatcatctttcttaaaaatatttatctatgtactaaaaacattattttgaaagtatcaaggtcaatttgtataggcatgttaagagaaattaattaagttggcagaaagtctttagatgcctaacatgatataagtaataaatggaggtccatttgtgtttttttcccatatagataattttaattttaattgtcaaggagataaaaaatagagagaaaagaatggcgcacgctgtacatgggcagggagggagggagggaggtttgggatgtttttctaaatgattaatctaacagactaaaataatgtgtcagatgtttatgtcgaaaccgatggtcggatgttttgttttcttgtcagaattttattaggattttatttgatttaagagaataacataatatcttaagagcatttataagatgtgtaatcgacttttaacaccgtatgccgcaaaggagggagggaagaaggtttagggtgttcttttttttttaaaaaaaaagatctaatgacctaatataatgtgtcaattaatccattgaaaaaatgtgtccatcgatttatgtcatatctaatggttgggttttttttttccaaaatttctaagatttttctctaatttaagaatgccatataatagcttagaggcattaataatatatttaatggattttaacaccgtacggggatggggagggagggaggaagagaggtttgggttttttcttattaaaaaactaacaaatcgatagccaaatgttttgttgtttttttaatattttctagtattttatttaatttaatagcaccacgtggcagtttagaggcatttgtagaatatttagagttacagagcgagagctgctagacctaataggtggaggtctctttgtgatttttttaatgtaaaaataattttgattatgatttctcatgaacatagctcgttggtacgtacgtgacgggaggtttggaatgcgtgctttttttaaaaaaatctaaccttctaatataaaaataatggatcaccgatttaaataaaaatcgatgattggattagagtgcacttgacgacctaggagtgtttgtaaggtaccacttgacgaattaaaagtatttgtaagatgtttaatgaacttttattatataattgtctttttttgaaatttaagattttatttaatttaagtatgtgatatagtagcttagaggtgtttacaaaatgtttaatagattttaacactgcacaggggtggagagggagggacagaggtttgggattttttaattaaaaaatctaacaacttaaatccatcaatttaagtagaaatcgatggtccatcgttttgtattttttaagattttttaatactttctctaataatttaatagtaccacgtagcgatttagaaatagggagagctgctagtcctagtagttggtctatttgtgtttttttacctgtaaaagtatttttgtttttattttctcattaaacagaaaataacacatgaatgaaaatatggaaagacaaaagggaagtacgtacagtacatacgcacgtacgttcggcgttacgtacgttggtttcttttttctttataaataaaatagatctaactaaatccaaccatccaaaacaatgggtctaccaacataagtaaaaatagatggtcagatttttcttatttattatggtgccacttggcgatttgagagtgtttatagggtgtcacttggcggtttgagagcgtttataggaaatttaatggactttttagtatataatagatagatagataaagtggaactcttaggttatatggtttcctagtgttcataatagcaaagacattagctatttggtaaatccatagaatactgataataacttattagtaccaattacaatgacttcagatcagacttttaagtcctgttatagctatttatatatgcagctactccctccagttttataattcttaacgtttttgacagtggcacgaacttcaaattatatctttgacattgtttttctactataatatatacaataaataaatgtatgttttacttttattgtagaactttgaaagacaaattcatatatgtttttcttgttgttttaaactaaatactttttaaagttattgatagtcaaagttacaaaagttaaaccttgtccaaaatgtcaagaactgtagaaccaagggagtacaatttaagcagctattttcagagaattccttatgcttacatgtatgatgttgatcgattcccataaaaatattctgattacatgaaatcctaaggcgctggttaaatctcaccccaaaatttttcaccctatcacatcaaacatttaaacacctgtatgaagtattaaatataggctaaaaaataactaattgcacagattacgactaatttgcgagacgaatcttttaagcttaatttctacatgatttgacaatatggtgctacagtaaatatttgctaatgatggattaatttggcttaataaattcgtctcgcagtttataggcggattctataatttattttgttattagactacgtttaatacttcaaatgtgtgtccgtatatccgatgtgacacgtcaaaactttacacccctgaatctaaacacccccgaacagaacatatttatttctcatataatttgaaaaaaatcataaatcacatctgagcatgcaatacatgtatggctactgggcctctatggctctatagagttgagaaaagatgtcctcggtaaagcgcaacaactgtagcaggtagaatgacttgtgatgtaaaatttgtactagactcctgttcagactttttcaacctctccccggaccggtggatttggcattgttcttggagacaaacagatgaacacaacaatggtatatacagtacagtgtttgtacagtactatgacactcaatcttactggcttcctgatctttttgcaaattttattagcaatgactatatgaaagttagggggtgtttggatccagggactaaactttagtccctatcacatcggttatttgacactaatttgaagcattaaacataaactacttacgaaactaattatataaatgagagctaattcgcgagacaatttttttaagcctaattaatccataattagcacatatttactgtactatcacataggctaatcatggattaattaggctcaatagattcgtctcgtgaattagtccagggctatgaaaggagttttgtcatttgtctacgtacgtttaatacttttaattagtgtccatacatccaatgagatatatatggactaaaaatttttagctccatccaaacagcccctcagagtgacatttttttacaaccaaacaatgctttagattaaacattaaataagatcatgccacagttgttttattgtttagaaaatgaaaggtggcccaaactgccactaactccccttttttttttgttgatatccttcaggaaaaaccccatgttagtttgaagatttgaacttagacatatgtataattggtgaaaaaaaaaaattctagaagaaacttctataccgtggccaaaacttcgtagttattcttacttccatggacgtatgtgtgcaagtaaactaactatttatgtgtgctactatgcacaaatgcagcgtgaaggaaactattgagaggtacaagaaagccaacagtgacacctccaacgccagtacagttgcagagatcaatgcccaggtaacatcatctgaattctcaaacaaaaaaaaatcatctgtcagtacaaatgcagcatgcagtagttttctctggagcttttatcattcagcaacaatgcaacattccttgtaattaaccaatggtttctatgctgtaaaaaatgagttctctgaccaaaatcttcagattggacatcctgaatagaagctacagtgctttacacaatggaaattccagtgatgctatatatatagtagtagtatatagttttgaccaacagacatactcctatctgtgtttgtccactggacaaagttcttcatgattccatgcttgaaaattgaaatggctcactgcatgtttttggcacttttgtcattcattcatgcatatgcatgcatgcaggttgattacacagtttaatatggtatgatttgatgatgcacatttgaacaaaataaacatgaagagtcaaacattccagttagcaaactgacacaacttgtcatgattttaactaccagtactaaaaaaaaaatcaaattacaaacttgcagcactaccagcaggaagctgctaagctgaagcaacagatcaccaacctgcagaactccaacaggttcattatttcactcagctgcttagaatttttttcaacttgacaaagtagttcatctggttataactaaattctccattaattaatgaattaggaccctagtaggtgataatatcaccaccatgaaccacagagaacttaagcagctggaaggcagactggacaaaggcctaggaaagattagagcacggaaggtatattaattgtgtgctacatttacatagaattccaagttgaaaagggcatattgttaattaattcatctaatttgataagcattccatatcctgcagaacgaattgctgtgtgctgaaattgagtatatgcagagaagggtaaatactatcagcaaaataccactgttttctttcttgcaaaattatttggtctagttaattgacatcataagataacagcacgagtataatcttttcaggaaacggagctgcagaatgacaacatgtacttaaagagcaaagtaagtattctgttctacattgcaaaaaaaaaagaatgagattcgctttcaaaaagagattaacctagctacatggtaaatctgaattgaagttactgaaataacctacatatatagcaaatcatacctaattgactgaaattctacgtcatcatactaattaattataattattattgtgaaggttgctgagagtgaaagaggactgcaaacagtgaacatgatgggttcagcatctacgagcgagtacgtgcaaaatatgatccattatgatccaagaaacttcctgcaattcaacatcatgcatcagcctcagtattatcctgaacaggaggaccgaaaggcctttatgtcaggtaaaaaatattctcagtgtaacatagtcagagttcatagttcaacaaatgaaatttgaatgttcattaccttctcattgtaagcatctgagtcgtagttagagacatcaagtttttcaaaataaaaaaataaaaaataatgaagagttttcttgggaggattatattgcagggtcagaaatgtgtagggcttatctcacattctaggtattgtttggatttgcttgcaaccataagaattataactcaaatttcccttgcatcaaattatagaaggaattcggaggcataagttatagacaaataatgtggtcgagacaagtttgtgcaagtacgttcagatgcaacgcgtaactaattttgttttactgtttacattccttgcacttgcagatgaaagataaatatggatccgtatcatgcaactatctcaatcatgcatgtgccttcttcaaggagactgatcagttagatattacactgtgtcagtagaacttttatgtgtgaactcttgtatgcatgaataattaactttatcccataattcaggcttggcactatcaaggtgatgtacctaagtattggttcaacctgtgaaattaaaatacttcatacccttcctatgtttatatatgaaatattggtgataatatcttgtgtat</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os05g0203800, RefSeq:Os05g0203800