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| − | {{JaponicaGene|
| + | The rice '''Os10g0485600''' was reported as ''' OsDCL3b''' in 2012 <ref name="ref1" /> by researchers from the China. |
| − | GeneName = Os10g0485600|
| + | <br> |
| − | Description = DEAD/DEAH box helicase, N-terminal domain containing protein|
| + | ==Annotated Information== |
| − | Version = NM_001071433.2 GI:297610683 GeneID:4348944|
| + | ===Gene Symbol=== |
| − | Length = 12266 bp|
| + | *'''Os10g0485600 <=> OsDCL3b''' |
| − | Definition = Oryza sativa Japonica Group Os10g0485600, complete gene.|
| + | <br> |
| − | Source = Oryza sativa Japonica Group
| + | ===Function=== |
| | + | *Significant roles of OsDCL4, '''OsDCL3b''' and OsDCL1 in the 21- and 24-nucleotide phased small RNA biogenesis pathway in rice. |
| | + | <br> |
| | | | |
| − | ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
| + | ==Labs working on this gene== |
| − | Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
| + | *State Key Laboratory of Plant Genomics and National Center for Plant Gene Research, Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China, |
| − | Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
| + | *Graduate University of the Chinese Academy of Sciences, Yuquan Road, Beijing 100039, China, |
| − | clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
| + | *Department of Plant and Soil Sciences, University of Delaware, Newark, DE 19711, USA, |
| − | |
| + | *Delaware Biotechnology Institute, Newark, DE 19711, USA, |
| − | Chromosome = [[:category:Japonica Chromosome 10|Chromosome 10]]|
| + | *Institute of Crop Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, China |
| − | AP = Chromosome 10:18817685..18829950|
| + | <br> |
| − | CDS = 18817685..18817813,18817890..18818066,18818164..18818277,18818768..18818902,18820041..18820172<br>,18820301..18820453,18820956..18821091,18821720..18821825,18821920..18822112<br>,18822185..18822345,18822609..18822824,18823114..18823379,18823887..18824161<br>,18824253..18824709,18826355..18826437,18826642..18826851,18827279..18827755<br>,18827844..18828125,18828292..18828618,18828800..18828889,18829170..18829281<br>,18829386..18829486,18829906..18829950|
| + | ==References== |
| − | GCID = <gbrowseImage1>
| + | <references> |
| − | name=NC_008403:18817685..18829950
| + | <ref name="ref1"> |
| − | source=RiceChromosome10
| + | Roles of DCL4 and DCL3b in rice phased small RNA biogenesis |
| − | preset=GeneLocation
| + | </ref> |
| − | </gbrowseImage1>| | + | |
| − | GSID = <gbrowseImage2>
| + | </references> |
| − | name=NC_008403:18817685..18829950 | + | <br> |
| − | source=RiceChromosome10
| + | ==Structured Information== |
| − | preset=GeneLocation
| + | [[Category:Genes]][[Category:Oryza Sativa Japonica Group]][[Category:Japonica Chromosome 10]] |
| − | </gbrowseImage2>| | |
| − | CDNA = <cdnaseq>atggccgacgacgaggctgccgtcctcccgcccccgcctccgctgccgccgccttgccgcccccacaggcagctccgcccgagggggtctcgaccgactgctgataccacccctcgcactagccagttggtggaggtgttcgaggcggcgctgcgggggaacaccatcgcggtgctcgacacggggtccgggaagaccatggtcgccgtcatgctcgcgcgcgagcacgcacgccgggtgcgcgccggggaggcgccgcggcggatcgtggtgttcctcgcgcccaccgtgcacctcgtccatcagcaattcgaggtgattcgtgagtacactgacctcgacgtgatgatgtgctctggagcatcgcgggttggcgaatggggcgccgatcattggaaggaggaagttgggagaaatgagatcgttgttatgacgccacagatactgttggatgctctgcggcatgcttttctgacaatgagtgcagtgagcttgctaatatttgatgaatgtcatcgtgcttgtggaagccatccatatgcacgaataatgaagatatacatcgtagaagatcgaaatgagcttgagagcttttcccctcctacaacaattgtgaacaaatactatgatgcttacatggttgattttgataatctgaaatcaaagcttcagatattttctgatgagtttgattctttgttggttggtcttcaagaatcgccatctaataaatttaaagacaccgataatatcctagagacttcaagaaagagcttgtccagataccatgggaaaatattgtacagcctaaacgatcttggtccaattatcacctctgaggtagtcaaaatacatattgaaagcgttaagccattatgtgattctgaagactgcattttttctaaagctagcttgtgcttacatatgtcttattttaaagaagctttaagtctaatagaggaaattcttccacaaggatatggtgaactaatgaaatcagaatctggttctgaggaattaactaaaaggggatacatttcttcaaaagtgaatacgctaatcaacatcttcaaatcgtttgggtcatcaaatgaagtgctttgcctaattttcgtagacagaattataacagctaaagccgtcgaaaggtttatgagaggaattgttaacttctcttgtttttcaatttcttacttgactggagggagtacatcaaaagatgctctgagtccagcagttcagagatttactttggatttgttccgagctggaaaggtgaacttgctttttacaacagatgtgactgaagagggcgtcgatgtacctaactgttcttgtgtgatacgcttcgacctacccagaactgtttgtagctatgtccaatctcgtggtcgtgctagaaggaacaactcggaatttattcttatgattgagaggggaaacttgcagcagcaagaacacatatttcgtatgatacagactggttactatgttaaaaactgtgcactctatagacaccccaatgctttatcctatgacttgtctatccaagggatgtacacctaccaagttcagtcaactggagcaactataaccgcagattgctgtgtcaacctaattcgtaaatactgtgagaagcttcctaaagataggtatttcatgccaaagccttcctttgaggtgaccattgaagatggattattcaaatgcacattgacgctacctcgaaatgcagcatttcaaagtatagttggccctttaagcagttcaagtaatttatccaagcagcttgtatccctagaggcctgcaagaaattgcatcaactgggagaacttaatgatcatcttgtacctttgactgaagaacctatggatacagatttcactacagcagatgaaaaatgcatatctggaccaggaacaactaaaaggaaggagcttcatggtactacatgtgttcttgctttatcaggaacttggattcatgacagtgaaaatattacactgaatacttacagaattgattttctttgtgaccaagagggtgaaaactatgctgggtttgttctcttaatggaaccagaacttgatgatgatgtggcaccctcaaaaatggatctgttcctgatccctaataaaatggtctacaccactgtaactcctcgcggaaaagttcaactaaacaaaaagcagttaggtaaagggaaattgttccaagaattctttttcaatggaatctttggtagattatttcatggttctcgaaaaagtggagcacaaagggattttattttcaaaaagggtcatgaaatacagtggaacacggaaagcatgtacttgcttttacctttgagggattcttcatatatccaggatgacctaagcatacactgggaagcaattgaatcttgtgctggtgcagttgagcagttgtggagttcgtatcaaggagatgaaaatgtcattcctgtaaattgtattccacaaaaaagaagagggggccaagaagaaattattcatctggccaataagtctcttcattgttccagcatcaaagattcagtcgtgctatcactgcatacaggaaggatatacactgttcttgatttgatcttagacacaactgcagaggactcgtttgatgagatgtatggctccactggcaaacctctgctcatggaaaaagaacaaattcatgctcgggttccacctgaactacttatccatctcgatattttggaagctataacaactttaagatgctgtgagacattttctctggagcgtttagagctgttaggagactccgtgctaaagtatgtggtaggatgtgaccttttcctaaggtatcctatgaaacatgaaggtcagctctctgatatgagatccaaggctgtctgcaatgctacacttcataaacatggaatatggcggtcgttgcagggttatgtacgtgataatgcttttgacccacggcgttgggttgctcctggacagatatcgttgcgcccttttccttgtaactgtggaatcgagactgcatttgttccttctcatagaaggtatatccgagatgacccatctttttttgtgggaaaaccatgtgacagaggtcataggtggatgtgctcaaaaacaatatctgattgtgttgaagcactggttggagcatattatgttggtggtggcattgctgctgcactttgggttatgaggtggtttggaatcgatatcaaatgtgatatgaagctattgcaggaagtgaagttcaatgcatctcatttatgctccttatcaaaaataaatgacattgaggaactggaagcaaaactgaagtacaacttctcagtcaagggccttcttttggaagccataactcatccatctctgcaggaattaggtgttgattactgttaccagcgtcttgaatttcttggtgattctgtgctggatctacttcttacacgtcatctctatgctactcatactgatgttgatcctggagaattaacggatttacgctccgctttggttagtaatgagaattttgcacaagcagttgtaagaaacaacattcacagtcatctacaacatggatccggaatacttttggagcaaattactgaatatgtcaggtcaaatttggagtgtcaagggaaagagagtgaattccttcaacatactacatgtaaagtacctaaggttcttggtgacattatggaaagcatcgctggtgcagtatttatagacaccgattttaatgttgacatggtttgggagattttcgagccattgctttctccactgattacacctgataagcttgcattgccaccttaccgtgagttgctggagctatgcagtcacattggttgcttcttaaattcaaaatgcaccagtaaaggagaagaagtaattatagagatgtcactgcaactacgagatgagctgctggtagcacaagggcatgacagaaacaaaaagagggcaaaggcaaaagcagcatctcgtattttggcagatcttaagcagcaacagggtctttcaattaaacaatgtttgtccaaggctaaacagctggatatcgtgacttcagatcttcagtttgacttgacaagtttgtgcttccactcaaaatggagaaaggtggacctcgaagtgcgcttttcaagctatgcaagattttgcagtggccaatgccagaattcgaatttgtggaacaaaggttcaggactcctattgttatggatggggcgacaacaacaaacttcaatagctttgtttcgacaatcaccttgcacatacctgacgcaacaaccattacatttcaagtgtttggagagattaaagatacgtcttagagaaagcacttggtag</cdnaseq>|
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| − | AA = <aaseq>MADDEAAVLPPPPPLPPPCRPHRQLRPRGSRPTADTTPRTSQLV EVFEAALRGNTIAVLDTGSGKTMVAVMLAREHARRVRAGEAPRRIVVFLAPTVHLVHQ QFEVIREYTDLDVMMCSGASRVGEWGADHWKEEVGRNEIVVMTPQILLDALRHAFLTM SAVSLLIFDECHRACGSHPYARIMKIYIVEDRNELESFSPPTTIVNKYYDAYMVDFDN LKSKLQIFSDEFDSLLVGLQESPSNKFKDTDNILETSRKSLSRYHGKILYSLNDLGPI ITSEVVKIHIESVKPLCDSEDCIFSKASLCLHMSYFKEALSLIEEILPQGYGELMKSE SGSEELTKRGYISSKVNTLINIFKSFGSSNEVLCLIFVDRIITAKAVERFMRGIVNFS CFSISYLTGGSTSKDALSPAVQRFTLDLFRAGKVNLLFTTDVTEEGVDVPNCSCVIRF DLPRTVCSYVQSRGRARRNNSEFILMIERGNLQQQEHIFRMIQTGYYVKNCALYRHPN ALSYDLSIQGMYTYQVQSTGATITADCCVNLIRKYCEKLPKDRYFMPKPSFEVTIEDG LFKCTLTLPRNAAFQSIVGPLSSSSNLSKQLVSLEACKKLHQLGELNDHLVPLTEEPM DTDFTTADEKCISGPGTTKRKELHGTTCVLALSGTWIHDSENITLNTYRIDFLCDQEG ENYAGFVLLMEPELDDDVAPSKMDLFLIPNKMVYTTVTPRGKVQLNKKQLGKGKLFQE FFFNGIFGRLFHGSRKSGAQRDFIFKKGHEIQWNTESMYLLLPLRDSSYIQDDLSIHW EAIESCAGAVEQLWSSYQGDENVIPVNCIPQKRRGGQEEIIHLANKSLHCSSIKDSVV LSLHTGRIYTVLDLILDTTAEDSFDEMYGSTGKPLLMEKEQIHARVPPELLIHLDILE AITTLRCCETFSLERLELLGDSVLKYVVGCDLFLRYPMKHEGQLSDMRSKAVCNATLH KHGIWRSLQGYVRDNAFDPRRWVAPGQISLRPFPCNCGIETAFVPSHRRYIRDDPSFF VGKPCDRGHRWMCSKTISDCVEALVGAYYVGGGIAAALWVMRWFGIDIKCDMKLLQEV KFNASHLCSLSKINDIEELEAKLKYNFSVKGLLLEAITHPSLQELGVDYCYQRLEFLG DSVLDLLLTRHLYATHTDVDPGELTDLRSALVSNENFAQAVVRNNIHSHLQHGSGILL EQITEYVRSNLECQGKESEFLQHTTCKVPKVLGDIMESIAGAVFIDTDFNVDMVWEIF EPLLSPLITPDKLALPPYRELLELCSHIGCFLNSKCTSKGEEVIIEMSLQLRDELLVA QGHDRNKKRAKAKAASRILADLKQQQGLSIKQCLSKAKQLDIVTSDLQFDLTSLCFHS KWRKVDLEVRFSSYARFCSGQCQNSNLWNKGSGLLLLWMGRQQQTSIALFRQSPCTYL TQQPLHFKCLERLKIRLRESTW</aaseq>|
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| − | DNA = 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| − | Link = [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001071433.2 RefSeq:Os10g0485600]|
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