Difference between revisions of "Os04g0178300"
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Revision as of 19:48, 22 July 2012
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Function
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Expression
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Evolution
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Labs working on this gene
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References
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Structured Information
| Gene Name |
Os04g0178300 |
|---|---|
| Description |
Similar to Copalyl diphosphate synthetase (Fragment) |
| Version |
NM_001058706.1 GI:115457141 GeneID:4335090 |
| Length |
8190 bp |
| Definition |
Oryza sativa Japonica Group Os04g0178300, complete gene. |
| Source |
Oryza sativa Japonica Group ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
| Chromosome | |
| Location |
Chromosome 4:5310457..5318646 |
| Sequence Coding Region |
5310552..5310684,5311168..5311253,5311406..5311709,5312599..5312782,5313404..5313618 |
| Expression | |
| Genome Context |
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| Gene Structure |
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| Coding Sequence |
<cdnaseq>atgccggtcttcactgcatcattccagtgtgtcaccttgtttgggcagccagcatcggcggccgacgcccagccattgctgcaagggcaacggccgttcctacaccttcacgctcgccgccgtcgaccatgcgggcccatgctaataagcaaatcaccgccgtacccggcctcggaagaaacacgcgaatgggaagcagatggacaacatgaacacacggatgaactaagagagacgacgacaaccatgatcgatggcatcaggacagcactgagatcaatcggagagggagagattagcatctcagcctatgacacttcgttggttgcccttctgaagaggctagatgggggtgatggtcctcagttcccatcaaccatcgactggatcgttcagaatcagctaccggatggttcatggggtgatgcctccttcttcatgatgggagaccggatcatgagcaccctcgcttgtgttgtagcgttgaagtcatggaacatccacaccgataaatgcgagagaggtttgttgtttatccaagaaaatatgtggaggttggcccatgaggaagaagactggatgctagttggatttgagattgccttgccctcgctcctagacatggctaaggacctggatcttgacatcccttacgatgagccagccttgaaagcaatatatgccgagagagaaaggaagcttgccaagattccaagagacgtgctacactctatgccaacaactttacttcatagccttgagggaatggttgacttggactgggaaaagctcctcaagctccggtgtctcgatgggtccttccattgctcccctgcttcgacggctactgctttccagcaaacaggagaccagaaatgctttgaatacctcgatggaatcgtcaaaaagttcaatggaggagttccctgtatctaccctttggatgtgtacgaacgcttatgggccgtcgataggctgacgaggctgggcatatcaaggcacttcacaagtgaaattgaggattgcttagactacattttcaggaactggactccagatggattagctcacacaaagaactgcccggtaaaggatatcgatgacacggccatgggtttccgtctcctccgactttacggataccaagtcgacccatgtgtgttgaagaagttcgaaaaggatggcaagttcttctgcttgcacggggagtccaacccatcctctgtcaccccaatgtacaacacttaccgggcctcccagctcaaatttcctggcgatgacggtgtccttgggcgagctgaggtgttttgccgctcattcctccaagacaggagaggctcaaacagaatgaaggacaagtgggccatcgccaaggatatcccaggcgaggttgagtatgctatggactacccatggaaagcaagtttaccgcgtattgaaacaaggttgtacttggatcaatatggaggtagtggcgatgtatggattgggaaggtcctgcacaggatgactcttttctgcaacgacctgtacctcaaggcagctaaagctgacttcagtaatttccagaaagaatgccgagttgagttgaatggccttagaaggtggtacttgaggagtaatctggagaagtttggagggactgatccacagactacactgatgacatcctacttcttagcttcagccaacatcttcgaggcaaaccgagcagcggaacgtcttggatgggctcgcgtagcgttgcttgccgatgccgtctcctctcacttcaggagaatcgggggaccaaaaaattcgaccagcaatcttgaagagcttatcagccttgttccttttgacgacgcttattctggcagtcttcgtgaagcttggaagcagtggttgatggcatggactgcaaaggagagcagccaggagtcaattgaaggggacacggcaatattgttggttcgtgccatcgagatttttggaggacggcatgttttgaccgggcaaagaccggacctttgggagtattcccagctcgagcagctcacctcctccatctgctgcaaactttccaggagggttcttgcccaggagaatggggaaagtacggagaaagttgaggagatagaccagcaagtggatttggagatgcaggaattgactcggcgcgttctacagggctgcagcgctattaacagactaacccgggagacgtttctccatgtggtgaagagcttctgctatgtcgcctactgctcacctgagacaattgatagccacatcgacaaggtcatattccaagatgtgatttag</cdnaseq> |
| Protein Sequence |
<aaseq>MPVFTASFQCVTLFGQPASAADAQPLLQGQRPFLHLHARRRRPC GPMLISKSPPYPASEETREWEADGQHEHTDELRETTTTMIDGIRTALRSIGEGEISIS AYDTSLVALLKRLDGGDGPQFPSTIDWIVQNQLPDGSWGDASFFMMGDRIMSTLACVV ALKSWNIHTDKCERGLLFIQENMWRLAHEEEDWMLVGFEIALPSLLDMAKDLDLDIPY DEPALKAIYAERERKLAKIPRDVLHSMPTTLLHSLEGMVDLDWEKLLKLRCLDGSFHC SPASTATAFQQTGDQKCFEYLDGIVKKFNGGVPCIYPLDVYERLWAVDRLTRLGISRH FTSEIEDCLDYIFRNWTPDGLAHTKNCPVKDIDDTAMGFRLLRLYGYQVDPCVLKKFE KDGKFFCLHGESNPSSVTPMYNTYRASQLKFPGDDGVLGRAEVFCRSFLQDRRGSNRM KDKWAIAKDIPGEVEYAMDYPWKASLPRIETRLYLDQYGGSGDVWIGKVLHRMTLFCN DLYLKAAKADFSNFQKECRVELNGLRRWYLRSNLEKFGGTDPQTTLMTSYFLASANIF EANRAAERLGWARVALLADAVSSHFRRIGGPKNSTSNLEELISLVPFDDAYSGSLREA WKQWLMAWTAKESSQESIEGDTAILLVRAIEIFGGRHVLTGQRPDLWEYSQLEQLTSS ICCKLSRRVLAQENGESTEKVEEIDQQVDLEMQELTRRVLQGCSAINRLTRETFLHVV KSFCYVAYCSPETIDSHIDKVIFQDVI</aaseq> |
| Gene Sequence |
<dnaseqindica>96..228#712..797#950..1253#2143..2326#2948..3162#3763..3883#4009..4121#4970..5202#5864..5979#6096..6194#6659..6838#6963..7050#7146..7355#7746..7967#atcattcatcccaatatctattgcatctgcaagagcgatcgagagagaaaaacaagatctatctatagcagctagctagctagcacaagaacgatatgccggtcttcactgcatcattccagtgtgtcaccttgtttgggcagccagcatcggcggccgacgcccagccattgctgcaagggcaacggccgttcctacaccttcacgctcgccgccgtcgaccatgcggtaatccatctcgatagcactatatatatcgcgctatacatatatacgtatcattaattgctgggttctacaattaatgttccggtgaactaaacttttctatggacggagggagtaattaagacgataacggaatgtctaataattaaatgacagtgcatgctgtctgtttctttatgtaggattttcatgtagtcctttcgtttaaaaatgcatggtgccgttgacttttcacacaacgtttgactatttgtcttattaaatttttttatataaatatcatttatttctttatgacttgttttattatcaaataaaatataatcttaacttatacatttacatatttatactaaatttttgaataagataaatagttaaacgttatgtgaaaagttaacggcgtcgtacatttttaaatggagggagtacttgataaacattctcacctcacctcacctcccatatatgcctgattttcagggcccatgctaataagcaaatcaccgccgtacccggcctcggaagaaacacgcgaatgggaagcagatggacaacatgaacacacggtactgtatacacgtataagcttcacactaccacatgtttcaaaatatagtaacctaagacggaggatgtattaagcggatattgatcattaattgtgcatatgcaaatttatgaacgaattaattgacactgataaacccctatctcaaaggatgaactaagagagacgacgacaaccatgatcgatggcatcaggacagcactgagatcaatcggagagggagagattagcatctcagcctatgacacttcgttggttgcccttctgaagaggctagatgggggtgatggtcctcagttcccatcaaccatcgactggatcgttcagaatcagctaccggatggttcatggggtgatgcctccttcttcatgatgggagaccggatcatgagcaccctcgcttgtgttgtagcgttgaagtcatggaacatccacaccgataaatgcgagagaggtatgtgtatatcactagatttccttttctccattgtctcttcttgtggacacaatccttgatgtttctttttgatggactgaactttttgattttgtttactggtttgttttgattttctttaaaaaataaatgtgtttattaaaataatttaaaaaaaatcaaagttttacaaattcacaccccctgacatcacttagtgtagcgttttttaaaaacaccctcctaaataatattttttataacatgacacatggtcattgggatatgttaacggtcgtcgtacgaaggagctgaccatttttcaggcaacacccttatgaagggggccacttgtaaaatggcagcctagcatattttgtaagcgaccttcttgtaaccctcccaaaatagagtttctctatataggaagtggattttttcccttgagaggatgtccccttgttttgtgcatggtatttaaaaaatcatgaaaaatttgaaaaaaaatatcaagatagatcaatatatgatacatctttacacaaacatacaagttgaaatattacttatacaatttgaaaaaaaataacaaatttaaccacgaattacatgtttcattcatagttaaatttattacttttgtttctagttgtataagttaaattagaatatgtatgtttgtggagtgacatatcacatattgttcaatcttactattttttttgaattttctaatgacttttaaagatgaaaaataagaagacatccccttaagcaattaatagagtttctctatgtgtgtgcgtgtgtatataatatatgtatacatatattgcgctatcaacatgtttgtttttggatttactatgccaataatttgagagatgacaaggatttattgtcgtaggtttgttgtttatccaagaaaatatgtggaggttggcccatgaggaagaagactggatgctagttggatttgagattgccttgccctcgctcctagacatggctaaggacctggatcttgacatcccttacgatgagccagccttgaaagcaatatatgccgagagagaaaggaagcttgccaagtatgtatgcctatatctacttattaattattttgtttagtaaaattttagtcatgccacacacgatagaatataaaggataaaatccatcgtgaaagcgcccgcttgcttctctcttctctggtctctctcacaaatagctactctctccggggtgataatacttatctttttagacaaggacacggtctctaaaaagtaactttgacaactattttctattataatatatatatagaaatattaacaaatatatgattttattaaagtactttttaaactaatctacacatatggtcttcatattttaagataaatattttagaaattatttttaatcaaagattttaatgtttgactttacccttgttcaaaacgactaatattatcagtccgaagtgagtagcagatatggacttattgcatatgcccgaaacatgtaatatgtggatctatcgtatattagggttgcattactgtaaaaccattcacaaattattctccttttttgcttttcttatacagttaaaattattgtgagatttagagttatttttgctctaacatatcgcattctaacatctttttacaatgaatgaatgttttgcattcaaattctaggattccaagagacgtgctacactctatgccaacaactttacttcatagccttgagggaatggttgacttggactgggaaaagctcctcaagctccggtgtctcgatgggtccttccattgctcccctgcttcgacggctactgctttccagcaaacaggagaccagaaatgctttgaatacctcgatggaatcgtcaaaaagttcaatggaggaggtaattattgaagccgatttaccaaaatattttttgttgatttacatgcacaaaatttcagaattccataaagtatattaattaatttctccttatattagctagtttcttcttccttcctctcccagtacactgactcaattcaacactgtatctgtatgcaatgaaacagaagcgcacttctgtatgaaacagaacccctcccctccgcacggaaaacggaacgatagattaacacgtgattaaataagtattagttataaaaaacttgaaaaataaattaatatgattttttaaagcaactttaatatataaacttttttgtaaaacgtgtacgtttaacagtttgaaaaacgtgcatgcggaaaacgagaaagataggctggaacccatgagaaagaacgcaccaagaggctaggttcagtagttcgtttagcttttgcaatctccttgtttgttttcattagcactactccctaacttgtaaatggtacctttactaacaactttttatatacaaccttttccagaaaaattaaataaacttacaatattattatgtttaataattacagcttacttattcattatgttttccagttccctgtatctaccctttggatgtgtacgaacgcttatgggccgtcgataggctgacgaggctgggcatatcaaggcacttcacaagtgaaattgaggattgcttagactacattttcaggtactaattaacttttaacatatctgtactaattaactttatgcacgtaggtacccaaagtgaattaattaatgtttagttgaccatatatatatataatatggatattaattatactggaacaggaactggactccagatggattagctcacacaaagaactgcccggtaaaggatatcgatgacacggccatgggtttccgtctcctccgactttacggataccaagtcgacccatgtaaatactgtccctcggttttatgctataaaatatttttcttaattaaattgtttaaagtttcactaagtagaaaattattttgctagaattttggtacgtcatccgtattagagtcagtttttaagttcgttcgcttttggaaatacaacatcgtgtttgagttggattttattgtttccttttggaagtataaaaggagtcgtacaataaatcttttgaaaaaacacgcatgctaacttcaaatgaaatacagactcctaattgtagctcataattttctaaaaaaaatccaatcgaattcccacggtgaattttaccctaactaaaccatataacaataataaaattaaaatagtatttacccgttgcaacacacgggtattttttctagtacaataaaaaacattcaatgttacatttaattaaactaatttgatgttatagatgttgctaaattttatataaaattaaggtttaactaggaaaaaatcatagagacttactgtaatatcaaaatataaacacatgtcctcggaagaaaagataaacacatggagtagtttactaaccgttgctaattaatgtctaataattaagatatccaacaaattaacattactactccctctgtttcaaataaattacttaccaatctagcaattctcacacaaaccaacaatatgtagaagattgtattacatggtttaccttcat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