Difference between revisions of "Os01g0624000"

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Expression

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Evolution

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Labs working on this gene

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References

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Structured Information

Gene Name

Os01g0624000

Description

Neutral/alkaline nonlysosomal ceramidase family protein

Version

NM_001050153.1 GI:115438676 GeneID:4326680

Length

10391 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os01g0624000, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 1

Location

Chromosome 1:26570470..26580860

Sequence Coding Region

26570689..26571237,26575355..26575521,26575651..26575714,26576207..26576332,26576408..26576678
,26576767..26577022,26577121..26577489,26578209..26578417,26579244..26579590

Expression

GEO Profiles:Os01g0624000

Genome Context

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Gene Structure

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Coding Sequence

<cdnaseq>atggaggcttcatcttggttgtgctaccaagctcgtggttttggttcatccagagtatggttatggcttcttctagctcttgttcttctgaattgcagcctggtactctcagcctcgccgtatctggtcggtatggggagcttcgacataacaggacctgcagcagatgttaacatgatgggatatgcaaatactgagcagattgcatcgggaattcacttcaggctgaagtcacgtgcatttattgtggctgagcctaatggaaagcgtgttgtgtttgttaatatcgatgcttgtatggcatcacagattgtgactataaaggtgcttgaaaggctaaaagcaaggtatggtgatctttataatgagaacaacgtggctatcagtggcatccacactcatgctgggcctggaggttatcttcagtatgtagtttatattgtcacgtctcttgggtttgttcgccaatcctttgatgtaattgttgatggcatcgagcaaagcattgttgaagctcataacaacctccgtcctgggaaaatatttgtgaataaaggtgacctccttgatgctggtgtgaatcgcagcccaagtgcatacctaaataatcctgccgaagagagaagcaagtacgagtataatgttgataaagaaatgaccctcatcaagtttgtagacgatgaactgggtccagttggaagtttcaattggtttgcaactcatggaacatcaatgagccgtacaaattctttgataagtggtgataacaagggagccgctgcacgcttcatggaagactgggctgaacaaatgggcttgcccaaacagtcagctcatgcaaattctgatgatttgagatctttgcacaagacatctgtacttcctcggagagtttctactataattcctgaaccaaatgagataactgatgacttgatacaattggcatcatcctatgaggcctcaggtggcaggcggttggcaggttcaagtatcactaggcgcattagaagtactcaacaaaacaaacctaaatttgtttctgcattttgtcagtccaattgtggagatgttagtccaaatgtccttggaacattttgcatagacaccaatcttccctgtgacttcaatcacagcacatgtaatgggaaaaatgaactttgctatggacgaggcccaggataccctgatgagtttgaaagtacccgtgttattgggaataggcaatttctaaaggctagagatctctttgattcagcttctgaagaaatacaaggcaaaattgactataggcacacttatttagatttctcaaaacttgaagttaaagtttctacaagtgcaggcggtcagcagaccgtgaaaacatgcccagcagcaatgggctttgcttttgctgctggaaccacagatggccctggagcttttgatttcagacaaggagatgtcaagggaaaccctttctggaagttagtaaggaacttgttaaagacaccagggaaggaccaagttgaatgtcattctccaaaaccaatattgctagacactggtgaaatgaaggaaccatatgattgggcgcctgcgatacttccagttcaaatgattagaattggtcagctggttatcttgtgtgttcctggagaattcacaacaatggctggcaggcgtctacgtgatgctgtgaaaactgttcttacaagtggaaacagtgaatttgataaaaatattcatgttgttcttgcggggctaacaaacagctactctcagtacattacaacttttgaagaataccagatccaaagatatgagggagcatcaacgttgtatggtccccacaccttgagtgcctatatccaagaatttcagaaacttgctatggccatgattgcaaacaaagaggtcccaacaaatttccaacctcctgatatgttggacaagcaaattggactacttcctggtgttgtttttgactcaactcctcttggtgtcaagtttggggatgtcaactcggatgttcctggtaactcaacattcaacaagggtagtactgtgaatgctacattttattcagcatgcccaaggaatgaccttcttacggatggtacctttgcactcgtcgagaagctagatggtaacaataattgggttcctgtctacgatgatgatgattggtcattgcgtttcaagtggtcaaggcccgcaagattgagttcaagaagttttgcaactctagagtggacagttcctgaagacgctgctgctggtgtttacagattgaggcattttggtgcctccaaaccaatgtttggttcggtcaggcattttacaggaacctctcgtgctttcgcggtgcgttag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MEASSWLCYQARGFGSSRVWLWLLLALVLLNCSLVLSASPYLVG MGSFDITGPAADVNMMGYANTEQIASGIHFRLKSRAFIVAEPNGKRVVFVNIDACMAS QIVTIKVLERLKARYGDLYNENNVAISGIHTHAGPGGYLQYVVYIVTSLGFVRQSFDV IVDGIEQSIVEAHNNLRPGKIFVNKGDLLDAGVNRSPSAYLNNPAEERSKYEYNVDKE MTLIKFVDDELGPVGSFNWFATHGTSMSRTNSLISGDNKGAAARFMEDWAEQMGLPKQ SAHANSDDLRSLHKTSVLPRRVSTIIPEPNEITDDLIQLASSYEASGGRRLAGSSITR RIRSTQQNKPKFVSAFCQSNCGDVSPNVLGTFCIDTNLPCDFNHSTCNGKNELCYGRG PGYPDEFESTRVIGNRQFLKARDLFDSASEEIQGKIDYRHTYLDFSKLEVKVSTSAGG QQTVKTCPAAMGFAFAAGTTDGPGAFDFRQGDVKGNPFWKLVRNLLKTPGKDQVECHS PKPILLDTGEMKEPYDWAPAILPVQMIRIGQLVILCVPGEFTTMAGRRLRDAVKTVLT SGNSEFDKNIHVVLAGLTNSYSQYITTFEEYQIQRYEGASTLYGPHTLSAYIQEFQKL AMAMIANKEVPTNFQPPDMLDKQIGLLPGVVFDSTPLGVKFGDVNSDVPGNSTFNKGS TVNATFYSACPRNDLLTDGTFALVEKLDGNNNWVPVYDDDDWSLRFKWSRPARLSSRS FATLEWTVPEDAAAGVYRLRHFGASKPMFGSVRHFTGTSRAFAVR</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>9624..10172#5340..5506#5147..5210#4529..4654#4183..4453#3839..4094#3372..3740#2444..2652#1271..1617#atcaggagccgagccctccactttccccgccgctcgggccgctttctccattgccaagccgtaccttcgacgcttcgccttgtcagtcactgtccccttcgtggtcgtcttcgccacttctccccccgtctccacttgccccatatctgcggcagcctccctcctcctcgcggagatttgacccctgcgggctcgccttaaaatagaggcgcatcccattcccaagtggctgcttcctgcaaccacgaggtccgccgctctcgggagctccagcgagccgcgtcgccttctgcgcccgccgcccggtggccggcttaaatttgtgcgcggaggcgagccgtcgtcggtgccgcggggcttcctaattcctcccgggggagtgtggtcgagtgggggtttctggggttcttcgccacttcgccgcccgccggtgagttcgcttcctctcttccaagttccagtaagggcttgggtcactcgattgatgctgattcggcgcgtttcgcttgactgggaagttcgtcacgcgattgtcatacggttctcgcgtaattggtggcgtgtttcgatgagaatggccgttaggcttagcttgtagactgtgcaagactgtttttaggctgttgctaccgtggtctgtttggtgagaaaatggctggccttcctgattccttgtggtgttcgtagtggaatttgatgggggtctgatcgttgtggggggtcgcttgccggtgaaggaggctgctcttcggcaaatggttgggtgggtgggtcactgggtgctcaccgttttccggatctgggattctgaggtactgaaggtggtgtcgtctgtggttggggagtggtgcggttttcaagtttaggggcgtgtttaggacctgatgatgcaattgtaaatttgtaatacgatttgcaacgtccatatgtccacagcaacccaaatttattggtatagctctgatgaaacttcgggagtttcatttcagtatccctgttggtgaaaattatctcttctttcttgtattttgttcatgaagagtgatacaattaatagtattgccactgttactgtttttttctgaaaaaatttggcgccttcttttgtcttaacctgcttggatgatacgcatagttaatcacatcattaatccattatgctgtaatgatgtgtgaattttcttacaaactttgttttcttttgcagtttagtaaattcaacattttggacctacatgagttgattaacaagtccattccattgtccttcatggaggcttcatcttggttgtgctaccaagctcgtggttttggttcatccagagtatggttatggcttcttctagctcttgttcttctgaattgcagcctggtactctcagcctcgccgtatctggtcggtatggggagcttcgacataacaggacctgcagcagatgttaacatgatgggatatgcaaatactgagcagattgcatcgggaattcacttcaggctgaagtcacgtgcatttattgtggctgagcctaatggaaagcgtgttgtgtttgttaatatcgatgcttgtatggcatcacagattgtgactataaaggtgcttgaaaggctaaaagcaaggtaagagttaacatttcttgcgaccttattaatgcttgcatgtttgttgcaactttatgtgatatgcgcttatagatcgtgtataaaatgatccatcaacctttctacatgcatggtatgttccccaaaaaagcagacccgtaactcattgtcaagttactcatcatcatggattgagaatttgagatcctctgacttacttccctttgacttggagtcactgacatgtgggcccgctacctaaagggccaacatgtcggtgatccctgtcagaggtaagtaagtcataggatcctcttcctcaccatcatttgttgatggccgtcttattgttttcaaagattgttcaagtgaggcactgcctcaaaatcattggccattttgcaatgcatgttgcagaaacattgaggaacccagatgccctcatgttcactggtatgatcttgtttgaatctgttatgtcccaaagctcagtgaggcattatagcacgccatcatgtaggctggtgctgacaatgctgtagctaaggtactcatgttgcttgtctgttgtagcacgcctagagtctcagtcgagtcactttgttggaagttggaacattatctcttaaatcgactacctactcaacatggtattgtatttcctatgggtaaataaaccaaatttctagtttatattttgtccaactgaacctcaaaaccttgacttacagcatcaggattcttcccagtgcttctggccagccttgagacccttatgcagccatgcacctaataaagtctgctcagtagtttttcataacatcagggatcctcaaatttgcaggtatggtgatctttataatgagaacaacgtggctatcagtggcatccacactcatgctgggcctggaggttatcttcagtatgtagtttatattgtcacgtctcttgggtttgttcgccaatcctttgatgtaattgttgatggcatcgagcaaagcattgttgaagctcataacaacctccgtcctgggaaaatatttgtgaataaaggtataaaattagcttttgcttggactagccaaggttttccaaaaccgcctccggagccaatttttgctgctgtttaattaatgagtaaattacactttggtccaccttttattacccaagtttcactttggaccacccttaaatctatcttttcaatttggaccggataaatttaccattgttgcggtttgaaataccatgaaaaacttttcttgtcatgtctaacttccctttcggcaaacatatgaaccatacatagaggtgttcgcccgtatacaagagttgatgtgtttaaggttgttgattgtactgaaaaaaaatcgtttgtggtggtccaaatcgcaacaatggcaaatttatctggttcaaagtgaaaagatttgtttaagggtggtccaaagtgaaacttaggtcataaaatgtagcccaaagcgtaattcactcttaatgagtaaattacaatgcacctgttttctgttatttgtgacggttttaatctcacatatatgcatttcatttagttgcaagtaggccttcaaatgtcattacttgaattctggttatttctttcttatcattcagaaagctttataacaatagatgacttgaagcctgattttagatgtatgttgtgcacttacgctccccatatgatgcctactgagcatacgttgttactgcagtggttctttttttaaaaaaagggtacttgatttcaggtgacctccttgatgctggtgtgaatcgcagcccaagtgcatacctaaataatcctgccgaagagagaagcaagtacgagtataatgttgataaagaaatgaccctcatcaagtttgtagacgatgaactgggtccagttggaagtttcaattggtttgcaactcatggaacatcaatgagccgtacaaattctttgataagtggtgataacaagggagccgctgcacgcttcatggaagactgggctgaacaaatgggcttgcccaaacagtcagctcatgcaaattctgatgatttgagatctttgcacaagacatctgtacttcctcggagagtttctactataattcctgaaccaaatgagataagtatgaacctgaaccatatgccccttgatctgttcacatatatcggtgaaacatgttgggtcatgcctgaacttttattttcttcaattgctgttcagctgatgacttgatacaattggcatcatcctatgaggcctcaggtggcaggcggttggcaggttcaagtatcactaggcgcattagaagtactcaacaaaacaaacctaaatttgtttctgcattttgtcagtccaattgtggagatgttagtccaaatgtccttggaacattttgcatagacaccaatcttccctgtgacttcaatcacagcacatgtaatgggaaaaatgaactttgctatggacgaggcccagggtatccaccatgcctgaaaagtttaataaccttcctgtacatctgctagaaactgttataaatgaggttcttctttgctgctttgcagataccctgatgagtttgaaagtacccgtgttattgggaataggcaatttctaaaggctagagatctctttgattcagcttctgaagaaatacaaggcaaaattgactataggcacacttatttagatttctcaaaacttgaagttaaagtttctacaagtgcaggcggtcagcagaccgtgaaaacatgcccagcagcaatgggctttgcttttgctgctggaaccacagatggccctggagcttttgatttcagacaaggagatgtcaaggtttagcatgtcaatacatagtagcttcaaaatttgggtaacatgctactcactggtttatatatctcttaccagggaaaccctttctggaagttagtaaggaacttgttaaagacaccagggaaggaccaagttgaatgtcattctccaaaaccaatattgctagacactggtgaaatgaaggaaccatatgattgggcggtatggcttctctctctctctcttttaataatagtaggcaggcacatgtggtacctttatatttgaaacacctagttcatttactctttgagttttgatagcaaaggtcgaaggtggccattattatagagcaaatgttgctgcatgaaatcagtactgcaggtactgatataacatataattcttagtaacactgatgactggcaaatgctctaattcaatgattcggtttgtttgaccttttctggaatattcagatagtttcaaagcttaaaccatagccagtatcatgatatttatgaccagcatgatttgttgtgctagaggcaaagcaatgacatcaaatgagttgtcacttccaaacccagtcatgagtgagctccatgacatgtggactcagaagcaaaatctacaattaaactacttagtgaatttacaaaaaaaataaaatctgtttgctggtcctgtactgacttctgtagttttatgcagcctgcgatacttccagttcaaatgattagaattggtcagctggttatcttgtgtgttcctggaggtatattcccaactcctcgcccctagaatttctaccaagctaaaagtgcatatgatgtcttattccagtggattgtaatatgttatctgatactcacggtacaataattactgtcatgtttgggtacagaattcacaacaatggctggcaggcgtctacgtgatgctgtgaaaactgttcttacaagtggaaacagtgaatttgataaaaatattcatgttgttcttgcggggctaacaaacagctactctcagtacattacaacttttgaagaataccagatccaaagatatgaggtgtgtataaacttggccatctggtctatacattgacaacagtattgaatcaggcaaaatagactcatctcatagaccaattcatttatagctatctatgtgcatgtggtgtgtttattaatttagcttctttgctacgttaagtttgtacttaatctgccatgcttacatatgtccctgctcaactagaagccttagaacaactagctgggtggcccgcgcaattgcgcggctggcacccatacaaaattatctatttttaatatgattttacttataatttattcaatagatatttcattgtctttaagactttgaaagaccaaaccatatcatccccgtatttctaatgttgtaacttttataaaagtcacatcagttgttaccccttactttttttgtcaccctttctttatttgcttgttcgatctaccatggcttatattcattctccttttaacctttaaaaattggatcttatagtttttttgagtttattgtctcattgggtttcatttttttattttaagaagtcccgttaaaagctgccaatatacttctctacggcccatctgctgcttcctctctttattgtcattgggattttaaaaatcgaacataattatcgtttgagttcaatttttactttctagagtcccaccaaaccgtttgtactcctctacggctcgcccgcttcctcccactctttattatatttgagattttaaaatcgaatgtgattatcattgaggtttattttttaattttttggaaatcccgccaaccgtcgtgaccattctgcttaacggcatgtccgtcgtcactccttttaattgtcattgggattctatatggggttttgttaatagttcttagatgtctcatcaactgtcaccactctactcctttacaaccctgtaacttcttcgatatttattatcatttatcatcgttgtgttctagatgatttttttttgaaatttccatatttttcgttccgatagattttatttataaattatattcctagttgttttactctattttcagaatttattttattaattatttggaattttaattaatctcgttatgtattctagatggtgtattctttaaatagtctttattttttattacgaatttcagttacttttaaattgcattccaagttgaactcttcttttattttcttatttctaatttcggattttgttttattttttattttaaattttaattaatctcgtattgggttcttatatatggacttgtatgaaatgagggcactgtattatttttctgctgctgcagcctaagcatgctggcttggtatctccaccctatatatgtgcgggaatgtatgttggtttagaactctatactgtacagttctgcaattgatttttctaaacggacaaggactcctagtacggatggtatgatctataattagattgatatgattatcttttgtacagtaaatctatttagtaattttaaatttgtattcctactcgaactctcttttttcttttcttcttatttcagcaatttatttatttattattctgaattttaattaatcacgtattgggttcttatatggactcctctttcaatattgcttatttttaattccaaatttcagttatttttcagattgtatttctacttggactcttttttttctttttctctgattaatgtgggaatttctagcctccacagcgaacgtggtgccttcttttcgagctgtcttaataatataactagctaggtggcccacgcaattgcgcggctagcacccaaataaaatcatatatttttagtatgattttaattaaaatttattaaatagctatctcattgtcttaagactttgaaagaccaaatcttatcatcgtcgtgtttttaattatatagttttttaaaagtcacaccagttgctacccattatgtcatttccttctttatttgcttgctcgatctaccactatttctaatcattctccttagaacctttaaaaattggatcttacagtttttagagtttattgtcatgttgggttttgtttttataatttctagatgtcctgtcaaacgttgccattatactcctctatggcctgtccattgtttcttttctttattgtcattgagattttaaaaatcgaacataattatcgtttggcttcatttttactttttaaaagtcccgccaaaccatcagcgactttgccattgtacttctctacggctcgcctgctgcctcccttctttattgtcattgagattttaaaatcgaacatgattatcatttttttttactttttagaaattccgaacctttaaaaattggatcttgtagtttttagagtttattgtcttgttgggtttcattttttataatttttagaagtctcgtcaaacgatgccactatgctcctctacggcccgtccgccgtctactatttatggtcattgtgattctaaaaatcgaacatagctatcgttggaattcattttttattttctagaagtcccgtcaaccgtcggcggctctgcaactatactcctatacaccccgtccgatgcttctcctttttattgtcattgagattttaaaaatcaaatatgtttatcaatggggtttatttttttttactttctagaagtcccggcaaccgccttgctcgtctgcttcacggcctgcttatcgtccctccttttaatcgtcattaggattctatttggtgttttattaatagtttttatatgtcgtatcaaccgccaccactctactcctttatagtctagttaatttatctcgtcatgtgttttagatggtcttttctttcaatagtctttatttttatcacaaattttagttatttataaattgtattcctaattaaaatcttgtttttctttttctaatttcagaatttattttttcaaattttaattaatatcgtattgtgttctttcaatattcttattttttattttcaatttcagttgtttcaaaattgtattcctacttgaactctcttttaattaatctcgtattgggttcttatatcgatttttctttcaatattgcttatttttaattcctaatttcagctaattttaaattgtattcctacttgaactcttcttttattttcttttgctaatttcggatttatttatttttattccgaattttgattaatatcgtattgggttcttatatggattcttattttaatattccttattttttaattccgaatttcagccatttttgaattgtattcctacttggactctcatttccttttctaattttggattttattttatttttatttcgaattttgattaatctcgtattgggttcttatatggaaacttatttcaatattccttatttttaattccgaatatctgctatttttaaatcgtatttctacttggactctccttttcttttctaattttggattttattttatttttatttcgaattttgattaatttcgtattgggttcttatatggaaacttctttcaatattgcttatttttaattccgaatttcagctatttttatattgtacttctacttggactctactttttttttctttttctccgattaatgtgggaatttttagccccacaacgaacgtagtgtctcctttcaaagctgttttaataatataatagatagatagataggcctatgtgtcagcctgtcaggtactctactgcttgtttgcatgtcggcacttaaattaccatatcttgatcatgccccttatggtgcaatatatgaagtttcttaaggcgatctgttctgtttggtgccagaaaaagggtaaaaaatatgtaacttttttatatattagactctggacaattatatcagttggcagttattgatgttctgaagctgaatatgcaatttttgttttacccaaaattttcataatccttctggcagatagtgtactgtaggatcgcttgaatgaattttggatacatagtgtactgtaggatcgcttgaatgaattttggatacatgttgtctcatgaatcattcgttcaaatgaatacctttttcacagggagcatcaacgttgtatggtccccacaccttgagtgcctatatccaagaatttcagaaacttgctatggccatgattgcaaacaaagaggtcccaacaaatttccaacctcctgatatgttggacaagcaaattggactacttcctggtgttgtttttgactcaactcctcttggtgtcaagtttggggatgtcaactcggatgttcctggtaactcaacattcaacaagggtagtactgtgaatgctacattttattcagcatgcccaaggaatgaccttcttacggatggtacctttgcactcgtcgagaagctagatggtaacaataattgggttcctgtctacgatgatgatgattggtcattgcgtttcaagtggtcaaggcccgcaagattgagttcaagaagttttgcaactctagagtggacagttcctgaagacgctgctgctggtgtttacagattgaggcattttggtgcctccaaaccaatgtttggttcggtcaggcattttacaggaacctctcgtgctttcgcggtgcgttagttgatacgccttgagctttttatggcttatgaaggtttacagcaccaacttcatacatggaaaccctgccattatatccatagggcttatctgcttcttatttacttgtatttgagggtaataacactgttcaatcttatggaagtgtgaaactgctgtcccagtgcatgaactaagaatgggaaatatacagaatgtacataggtgctctttttatgt</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os01g0624000, RefSeq:Os01g0624000