Difference between revisions of "BGIOSGA000738"
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Revision as of 18:06, 20 July 2012
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Evolution
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Labs working on this gene
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References
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Structured Information
| Gene Name |
BGIOSGA000738 |
|---|---|
| Description |
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase |
| Definition |
Oryza sativa Indica Group BGIOSGA000738, complete gene. |
| LocusTag |
OS01G0771400 |
| Ensembl Transcript ID |
BGIOSGA000738-TA |
| Ensembl Protein ID |
BGIOSGA000738-PA |
| Length |
16140 |
| Source |
Oryza sativa Indica Group ORGANISM Oryza sativa Indica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
| Chromosome | |
| Location |
Chromosome 1:35857067..35873206 |
| Sequence Coding Region |
35873183..35873206,35872903..35872981,35872042..35872171,35871802..35871959,35870761..35871026 |
| Genome Context |
<gbrowseImage1> name=IndicaChromosome01:35857067..35873206 source=RiceIndica01 preset=GeneLocation </gbrowseImage1> |
| Gene Structure |
<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome01:35857067..35873206 source=RiceIndica01 preset=GeneLocation </gbrowseImage2> |
| Coding Sequence |
<cdnaseq>ATGGTGACCCCGCGCGCACCCGAGCTCCTGCAGCAGGACCAGGATGAGGAGATGCTGGTGCCAGACCAGGATGTTGTTGTTGAGGGACCTCAGCCGATGGAAGACTCTGGATCAACAGTTGAGAACGAGCAGGTACCAGAAACCTCTACATCCAGATTTACGTGGACCATTGAAGATTTTTCGAATCACAGAAAGCTGTACTCTGATGTTTTTGTGGTTGGGGGGCACAAATGGCGGGTGTTAGTTTTTCCAACTGGAAACAGTGTACAGTCCCTTTCGATGTACCTAGATATTGCTGACGCAAATGAACAGCCTCATGGATGGAGTAAATATGCACAGTTCAGCCTTGCTGTGATCAACCAGTTAGACAGCAAGTACTCACTAAGAAAAGAAGCAGCACATCATTTCAGTACTCGGGAAAGTGATTGGGGCTTCACTTCTTTTATGCATTTAGGAGATCTATATGATCCGACTAAAGGTTATATTGTGAATGATAAATGCATTATTGAGGCTGAGGTTGCTGTGCGTAAAATAGTTGATTTCTGGAATTATGATTCCAAAAAGGAGACTGGCTATGTTGGCCTTAAGAATCAAGGGGCTACATGCTACATGAATTCTCTTCTTCAGACGCTTTACCATATTCCGTACTTCCGAAAGCATGATGTTCAAGAACTGAATCGTGTTCTCTGCGAAAAACTGGAAAACAAAATGAAGGGAACTACTGTGGAAGGGACAATTCAACAGCTATTTGAAGGTCATCATATGAATTATATTGAGTGCATTAATGTTGACTACAAATCTACAAGGAAAGAATCATTCTATGATCTTGCACTTGATGTCAAGGGCTGTTCAGATGTTTATGCATCATTTGATAAGTATGTTGAAGTAGAGAGATTGGAAGGTGATAATAAATACCAGTCTGAGAAACATGGTTTGCAGGATGCCAAGAAAGGGATGCTTTTTATTGACTTCCCTCCAGTCCTGCAACTTCAATTAAAGCGGTTTGAATATGATTTTGTGCGGGATACCATGGTTAAGATAAATGACCGCTATGAGTTCCCATTACAATTAGATCTTGACAAGGATGATGGAAAATACCTCTCTCCAGAAGCTGACAGGAGGGTGCGTAACCTCTATACTCTACACAGCGTACTTGTTCATAGTGGTGGTGGTCATGGTGGACACTACTACGCCTTTATACACCCGGCACTTTCAGATATATGGTACAAGTTTGATGATGAACGAGTGACAAAAGAAGACATGAAGCGGGCATTAGAGGAGCAATACGGTGGCGAGGAAGAGCTCCCACATACCAATCCTGGATTGAATACCACCCCGCTTAGGTTTACTAAGCATTCAAATGCTTACATGCTTGTGTACATTCGTGAAAGTGACAGAGAAAAAATTATTTGCAATTTAGATGAAAACGACATACCAGAACACCTTAAGATTAGGTTGAGAAAAGAAAATGAAGAAAGAGAGTATAAGAAAAAGGAGAAAGCAGAGGCCCACATGTTCACTGCATTAAAGGTTGCCCGAGATTCTGATTTTGCAGAGCAAATTGGAAAACATATATATTTTGATCTTGTGGATTATGACAACATCCAAAGCCTTCGGGCACCTAAACATTTGACAATAAACCAGGCCAAGGTCGATTTATCAAAAGAATTTGGTATTCCTGTACAATCCCAACGATTTTGGTTATGGGCTAAGCGACAGAACCACACATTTAGACCCGTACGCCCGTTGACTCTCCAGGAGGAAGCATCTAGTATTGGACACCTTACAGATCCATCAAATAAATCACTCAATTCTGAGTTGAAACTGTTCTTGGAGGTTGCATTGGGACAGCCAAAGTTCATTGATCTTGGTTTACTTGTGGACAATTTAACCCAGATTATGACATGTGTACAGGAAAATCATCCTATTTCTGTGCCTCCAAAGACAAAGGATGACATATTAATATTCTTCAAGCTGTATGATCCTGAAAAGGAAGAGCTAAGATATGTTGGAAAACTTCTTGTGAAAGCATCAGGGAAGCCAGCTGATATAGTGCAAAAATTGCAAGAGATGGCAGGGTTTCAGTCAGATGAAGATATTGAACTGTATGAGGAAGTAATGTTCGAGCCAAGTGTAATGTGTGAACCTATTAACATTAATGATTCCTTCCTTTCAAGCCAGCTTGAAGATGGTGACATTATATGCTACCAAAAACGTTGTTCTCCAGAAAAGTTGGACCACTATCGCTGTGCCGATGTGCCATCTTTCTTTGAATATATCCAAAATAGACAGGTTGTCCACTTCAGATTACTTGAGAATCCAAAAGATGATGACTTCACTTTGGAGCTTTCAAAGCGTTTCACGTATGATGATGTTGTTGAGAAAGTTGCTAATCAACTTGGACTCGATGATCCTTCCAAACTCCGCCTTACACAACACCTCCCGTATTCACAGATGCCCAAATCTCACTACATTAAGTATAGAGGTCTTGATCATCTTTCGGACATGCTAAGGAATGGCAATCAGATGTCTGACATATTGTATTATGAGATACTGGACATCCCTTTGCCAGTACTGCAAGATCTGATAACATTGAGAGTTGCCTTTTATCATGCTACAAACAATGAGGTGTCATCTCACTTTATACGGTTGCCAAAAGGTAGCACTATGTCTGATTTGATTGAGGACATGAAATCCAAGGTTGAGTTATCTTATAGTGATGCTGAATTCCGGTTATTTGAGGTCTACAAAAACAAGATACGCAAGGTGTATCAACCTTCGGAGAAAATTTCAGTTAATGAATTCAATGGACTGTTATGTGTTGAAGAGGTTCCTGAAGAAGAGAAAAATGCTGGTGTGCGAGACCGTTTGGTTCATGTCTGTCACTTCATCATAGAAAAACAGCACATTGATTACTACGGAGAACCTTTCTTCTTTCTTATCCGTGATGGTGAGACATTATCAGATATCAAAGTGCGTATTCAGAAGAAACTTCTGGTTTCTGATGAGCAGTTTGCGAAGTGGAAATTTGCTTATATTGCTCACAATCGCCTGGCTGGTGAATACTTTCAAGATTCAGATATCGTATTGAGCCGATTCCAGAAAGATGTTTATGGACCATGGGAACAATGCCTAGGACTTGAGCACTCAGACGTCACCCCAAAAAGGTCATGCTTGTCCAATCAGAACCGCAATTCTTTCGATAAGGCTGTGAAGATTTTCAACTAG</cdnaseq> |
| Protein Sequence |
<aaseq>MVTPRAPELLQQDQDEEMLVPDQDVVVEGPQPMEDSGSTVENEQVPETSTSRFTWTIEDFSNHRKLYSDVFVVGGHKWRVLVFPTGNSVQSLSMYLDIADANEQPHGWSKYAQFSLAVINQLDSKYSLRKEAAHHFSTRESDWGFTSFMHLGDLYDPTKGYIVNDKCIIEAEVAVRKIVDFWNYDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKHDVQELNRVLCEKLENKMKGTTVEGTIQQLFEGHHMNYIECINVDYKSTRKESFYDLALDVKGCSDVYASFDKYVEVERLEGDNKYQSEKHGLQDAKKGMLFIDFPPVLQLQLKRFEYDFVRDTMVKINDRYEFPLQLDLDKDDGKYLSPEADRRVRNLYTLHSVLVHSGGGHGGHYYAFIHPALSDIWYKFDDERVTKEDMKRALEEQYGGEEELPHTNPGLNTTPLRFTKHSNAYMLVYIRESDREKIICNLDENDIPEHLKIRLRKENEEREYKKKEKAEAHMFTALKVARDSDFAEQIGKHIYFDLVDYDNIQSLRAPKHLTINQAKVDLSKEFGIPVQSQRFWLWAKRQNHTFRPVRPLTLQEEASSIGHLTDPSNKSLNSELKLFLEVALGQPKFIDLGLLVDNLTQIMTCVQENHPISVPPKTKDDILIFFKLYDPEKEELRYVGKLLVKASGKPADIVQKLQEMAGFQSDEDIELYEEVMFEPSVMCEPININDSFLSSQLEDGDIICYQKRCSPEKLDHYRCADVPSFFEYIQNRQVVHFRLLENPKDDDFTLELSKRFTYDDVVEKVANQLGLDDPSKLRLTQHLPYSQMPKSHYIKYRGLDHLSDMLRNGNQMSDILYYEILDIPLPVLQDLITLRVAFYHATNNEVSSHFIRLPKGSTMSDLIEDMKSKVELSYSDAEFRLFEVYKNKIRKVYQPSEKISVNEFNGLLCVEEVPEEEKNAGVRDRLVHVCHFIIEKQHIDYYGEPFFFLIRDGETLSDIKVRIQKKLLVSDEQFAKWKFAYIAHNRLAGEYFQDSDIVLSRFQKDVYGPWEQCLGLEHSDVTPKRSCLSNQNRNSFDKAVKIFN</aaseq> |
| Gene Sequence |
<dnaseqindica>1..24#226..304#1036..1165#1248..1405#2181..2446#2681..2737#2813..2921#3020..3135#3754..3852#4723..4832#5515..5589#6622..6700#6786..6932#7004..7084#7167..7286#8428..8550#10332..10409#10480..10631#10739..10847#10942..11010#11119..11229#12824..12879#12985..13162#13246..13347#13425..13496#13563..13628#14069..14131#14411..14485#15493..15609#15782..15862#15940..16023#16099..16140#ATGGTGACCCCGCGCGCACCCGAGGTAAAGCCTGGCATCTCCCCGCGACTCGCACACCATTGCCCTGCTCCGCGTTTGGTCAGAGTGCTTTGCGGTTCGGTAGGCGTAGATGGTTGTGCGCTTCGAGATGGTTTCTATTAGGGTTTGGGTGTTTTTTTTTTTTACTGAGATGCGGTGGAGATTTACAAAGGTTTGGGTTTTGGTTGCATGTCCTGTTGTTTGCAGCTCCTGCAGCAGGACCAGGATGAGGAGATGCTGGTGCCAGACCAGGATGTTGTTGTTGAGGGACCTCAGCCGATGGAAGGTGAGATTTCTCTGTGTTTTTATATTTTTCCTCTGAATTTAATCTGATCTGTTTGTCAAGCTTTGTTATTAATTAGGTTATATTTTTTTAGGGTGTTAACTCAGGCCATTTTTCATAGTATGTTTCATGGGATGCGACTAGTCTCTAGAACCACTGCCCAAAACATTAATTATGAATCGTGCATTCATGCTGTACTTGCAAACTTCTGGTATTTAGTTTTTTGGGTACTTGCAAACAATAGGTTTTGTAAGAATTACTGAACTCTACTGGGAGGTCGCCAGGGTCAGTAGGAGTCCTCGGGCTTGTTCTCCCAAAAAATAAGTCTAGTTAACTATTGAAGAATGTGCGGTTTGTAAGTTAACTATTGAAGAATGTGCGGTTTGTTTCCAGATGGTTTTAGCTCTTTGATTATAAGGTGATAAACATGTCCTGTAGTCCTGTACTATTGGTTGATGTTAAGGAAAAAAAAACAATGCAGAATTCCAGATGCTGGCTAAGAAACCTGGAACTTGAAAAGAGTAATATTCCAATCTACTGAACATGCTCTGTTTGTTTTTTTTCTTTCCTGGTTGTGTGTTGGTTGTTTTTTGTGGTGGTACTGGTATACCTGTCGTTATCAGGTCATTGAAAAATGGGCATATGCTAATTTTCACCGGCGCATGTGACACTAGAGTCATGCAATTGTTTATCATGTTACTTTTGTTGTTTAACATATTTATTTCATCTTGCAGACTCTGGATCAACAGTTGAGAACGAGCAGGTACCAGAAACCTCTACATCCAGATTTACGTGGACCATTGAAGATTTTTCGAATCACAGAAAGCTGTACTCTGATGTTTTTGTGGTTGGGGGGCACAAATGGTGAGTAAAAACGGTTTTTTGTTGCTTCTTATCATGCACCACTAGTCGTAGCTTAATTTGGTGCTCCTATACCTCCTTGCAGGCGGGTGTTAGTTTTTCCAACTGGAAACAGTGTACAGTCCCTTTCGATGTACCTAGATATTGCTGACGCAAATGAACAGCCTCATGGATGGAGTAAATATGCACAGTTCAGCCTTGCTGTGATCAACCAGTTAGACAGCAAGTACTCACTAAGAAAAGGTAATTCCTGTTATCTCTTGCCTGATTAGATATGCTTATCTGAAAGTGTTATTGTTTAGTTTGAGATTGCTAGCAATATTTTGTATGATATAAAAAGTAAAAGTGTGGTACAAACTGAATTTGCTTTGTAGCCAAATTAACAAATTGACTTCATGTGCTTTACAAATAATTACATTTATCTTAGATCCTCCAATGCTAGAAGTATTAAGATCGTGTATATAAGAGAAGAGAAATAATAGATCAATGATCCAAATGCTAAAACCAATTGAGGTGATGTGATAAGCTTCATGAGAGAAGATGGAATTGCACTGTAGATGATTGATCTCTAGAAACAATTGAGATGATGTGGCTTCATGAGAGAAGAGAAGATTAGCATTAACTACTTTATATATAGGATTAATCTAGCTTGGTTTTCCTAAAGTAAAACAGATGGCCTTTTGAGAGGATACGTTTAAACGGCTGCTCTCTACTATCTTATGTTATGCCCTGAAAGTTAATATATTTTTATGCAATATACAATCACATAGATATATTCTCCTGAAATGTATGTCACAGGATTGTTTTTAATCCCCCTCAGATCAGCATGAAAAATTGAGAAAATAAGATATTAAATAAACTAGCTTGCCAGTTTTTTCTTCTCCATGTTAGTTGAGAGAAATTTTCTGCTTGCGTGCAATAGTTTTTTAATTCAACTTACATATAAAGCTTTAGTTTTAAGCACAATACTTTATGAATTTCACCAGTCGTTATTCATGAGTTTCCTTCCCCTCCACAGAAGCAGCACATCATTTCAGTACTCGGGAAAGTGATTGGGGCTTCACTTCTTTTATGCATTTAGGAGATCTATATGATCCGACTAAAGGTTATATTGTGAATGATAAATGCATTATTGAGGCTGAGGTTGCTGTGCGTAAAATAGTTGATTTCTGGAATTATGATTCCAAAAAGGAGACTGGCTATGTTGGCCTTAAGAATCAAGGGGCTACATGCTACATGAATTCTCTTCTTCAGACGCTTTACCATATTCCGTACTTCCGAAAGGTGAGGCTAAATTTGTAAATTCTCTTAAATGAATCCTATGATGCGAGGCTGATACAGAGAATGATATTTTAGGCTGTATACCATATGCCAACTACAGAGAATGATACACCTTGCGGAAGCATCCCTTTGGCTTTGCAAAGTCTTTTCTGCAAACTTCAGCATAGTGACAATAGTGTTTCTACAAAAGAGCTTACCAAATCTTTTGGATGGGATACCGTTGATTCTTTCCTGCAGCATGATGTTCAAGAACTGAATCGTGTTCTCTGCGAAAAACTGGAAAACAAAATGAAGGTTGGACATTTATTTTTGTTATATGTAAGATAATAAATAGTGTTTCATCAATGTACAACTACTCTCTCGATTCAGGGAACTACTGTGGAAGGGACAATTCAACAGCTATTTGAAGGTCATCATATGAATTATATTGAGTGCATTAATGTTGACTACAAATCTACAAGGAAAGAATCATTCTATGGTAGGTGACAAGGTGAAATCTGGACCTTGTTTCTTTATTGTTTTTATCTATTCATCATGATTGTAGATTTATCATGTATTTTCGTAACTCTTTTCTAGATCTTGCACTTGATGTCAAGGGCTGTTCAGATGTTTATGCATCATTTGATAAGTATGTTGAAGTAGAGAGATTGGAAGGTGATAATAAATACCAGTCTGAGAAACATGGTTTGCAGGTTGGTCCCACTGACATTTGAGATCTAGAACCTTCAAATGCCACATTTACCAATGTTTGGATTTAAATATTTCTTTGCAGCTGAATTCATTTTAGGCAACACTTTTCCTATGTTGTTATGCACAATTCCATATTGATCTTTCACATGAGCTGTGTTAAACCTATTCATATATTATCTAAGGTTTGATTTGGTCCCAGCCCATCCATGTGGGTAGGCCTGGCTTTTAGTTAAATTCTGGCACATCCACAAGGACAAGCTAGGATGTTGGTCTTCCCATCCTAAGGGTAACTTATGTAAATATCATATGCTCATGGCTCACCCACTGAGTTGCACATTGTTGAATCTATGTTGAGTGGTTGGGTAGTATTATTATTCACTATCCCCAGCGTGCACGGATGTATCAATTGAAAAAGTGTCATCATATTTGAATGTGACCATGCCAGTGACATAGCACATCAATATTATTTTCCACCTCTGGTTGATCTATAATTTTTTTTAAGTATACTTTAATGCTAGATTCTTGATAAGGAAAATGTGCTTTGACACATACAAATTACTTGGTAATGAAGTGACTTTTTAGATTGTGTGCTTCAGAACATTTTCGTCCTCTCTTTTCAGGATGCCAAGAAAGGGATGCTTTTTATTGACTTCCCTCCAGTCCTGCAACTTCAATTAAAGCGGTTTGAATATGATTTTGTGCGGGATACCATGGTTAAGGTCTGAAATTCACTCTATATTTTCTCTGGCTTGTTTCTAGATTTCATCTATGATTTATGCTTTTCATCGTGGCGCTTGCTAATATTTAACATAGGCTACAAACGAACTTTTCATAATGTAGTCTCACATATCAAGGACATGGAAAACTAGATTTTCCAAATTGTGTTTTGCATGATAAGAGCCTTAGCTGTCAAGATATGGAGAATTCCCCCTTGAAATTTAGCTTCATTTCCTTGACTTGCTTTTAAAATTCTGAAATATAACATGGGCAGCCATGAGAGGACAAATAATGATGTCGCATTTGCAATGTCCTTTTGTAACAGAAGATCTTTCTTAATGCAATTATGGTTTCCGCTTCTTGTATTTTTTTTATGTGTGTGTCCTCATTTCAACATAATGGTCAATGGCTTACATGCACCAGAACATATTTTAATTTGTCTCCTGAATATCCCATCTCCACACGAAAAACCTTCTAGATGCGCTGTAGGCTAGGAGTACTTTCTATATTTCTTGATGAAAGTGTGAGCAACAAATCAAGCAGAAAATAAATTTGCTACAGTGCTGCACATGCCATTGACACCTTATTTTGTTTATTTACTTGGGTGATCCTCAGGAAGTTCCTTTTTTTAAGGCTAAAAATTAGATAGAACCTGGTGCTTCAAATGTTGAAAACGAGGGAGTTCGCTTGCAATATCTCGGATTAATATCTTCTCACTGGCTTGAAAATTCCTTATTTAGTTGCTTAAAAGTAGGCTTG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