Difference between revisions of "BGIOSGA020060"

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Revision as of 16:28, 22 July 2012

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Function

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Expression

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Evolution

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Labs working on this gene

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References

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Structured Information

Gene Name

BGIOSGA020060

Description

cDNA clone:J013034D11, full insert sequence

Definition

Oryza sativa Indica Group BGIOSGA020060, complete gene.

LocusTag

OSJNBA0095J22.5

Ensembl Transcript ID

BGIOSGA020060-TA

Ensembl Protein ID

BGIOSGA020060-PA

Length

7769

Source

Oryza sativa Indica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Indica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 5

Location

Chromosome 5:25093123..25100891

Sequence Coding Region

25093123..25093219,25094095..25094239,25094774..25094845,25095102..25095173,25095308..25095451
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,25099791..25100041,25100120..25100254,25100523..25100891

Genome Context

<gbrowseImage1> name=IndicaChromosome05:25093123..25100891 source=RiceIndica05 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome05:25093123..25100891 source=RiceIndica05 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>ATGATCAATTTCGGAGGAGTACTCTGTGCAGTTACCCTTGTGGTGTTGCTCCCCTTCTTAGAGGCTGCAGATGGAAAATCTACTGATCCTTCAGAAGTCAGTGCACTTATGGCTATCAAGGGAAGCTTAGTTGATCCTATGAACAACCTCAAGAATTGGAATAGGGGAGATCCATGCACAAAAAATTGGACAGGGGTCTTCTGCCATGATTTGGGTGATACATATCTTCATGTAACAGAACTGCAACTGTTTAGGAGGAACCTCTCTGGAAATTTGGTACCAGAGGTCAGTCTTTTATCTCAGCTGAAAATATTGGATTTTATGTGGAACAATTTAACAGGCAACATCCCAAAAGAGATAGGCAATATCACTACGCTCAAACTTATATTATTAAATGGAAATCAGCTCTCTGGTCTTTTACCAGATGAGATTGGCAACCTTCAAAGCTTAACAAGGTTACAGGTTGACCAAAACCATCTATCCGGCGCAATACCTAAATCATTTGCCAACTTAAGAAGTGTGAAGCATCTTCACATGAATAATAATTCATTAAGTGGGCAAATCCCGTCCGAATTGTCCAGACTGAATACACTTTTGCACCTCCTTGTTGATAACAACAATTTGTCTGGGCCTCTTCCTCCAGAACTAGCTGCGGCAAAAAGCTTGAAAATACTTCAGGCTGACAATAATAACTTCAGCGGGAGTTCCATCCCTACTCTGTATTACAACATGTCCGGACTATTTAAACTGAGTCTTCGAAACTGCAGTTTGCAGGGTGCTATTCCTGATCTGAGTGCCATACCTCGACTGGACTATTTGGATCTTAGCTGGAACCAGCTGACAGGATCTATCCCAACTAATAAGCTTGCTTCAAATATCACTACAATTGATTTGTCACATAACATGCTTAATGGAACTATTCCATCGAACTTTTCAGGGCTTCCTTATCTTCAGCTATTGTCACTTAAAAATAATCTTTTAGATGGTTCTGTTCCCTCGGAAATTTGGGCTGGCGTCAACCCTAACAGAAACGGAAGCCTTGTACTGGACTTCCAAAATAATTCTCTCAATATGCTTCCAGCTGAAATTAGTCCTCCTCCACCAAATGTTACTGTCGTGTTATATGGAAATCCTATATGTGAGAATTCTAGTGAAACTCTGATAATCAACCTTTGCCGCCTCCAGTCAATAAACCTGGAAAAATCTAAACAGGAAACAAGCACTGCCATGGTTTGTGGAGCTTGCCCAACAGAAAAAAATTATGAGTACAATCCTTCATTCTCGGACCAATGTTTTTGTGCGGTGCCACTTGGAGTTGGACTTCGGTTGAAGAGTCCAGGAGTCACAGACTTTCATCCATACGAAAATGCTTTCAAGATTGACCTAACTTCTTTGTTGCAGTTGTTTCCTTACCAGCTATATATTGAGAACTACATATGGGAAGTTGGTCCAAGGCTAAATATGCACCTAAAGTTATTTCCAAGCAATACAAGTTTGTTCAACATGTCTGAGGTTGTCCGACTCAGACACGTACTTGCTGGATGGGAAATTACACTTTTAGATGTATTTGGTCCATATGAGCTTCTCAATTTCACACTTGGTTCCTATGAAGATGAATATCCAAATCTAGCTTCATCAGGTTTAAGCAAAGCTGCACTGGGTGGTATCTTGGCAAGCACAATAGCTAGTGCTATTGCACTTTCTGCAGTAGTTACTGCTCTTATAATGAGAAGGAATTCAAGAACTAATAGAATTTCAAGACGTTCATTGTCGAGATTTTCTGTCAAAATTGATGGGGTCAGATGCTTCACATATGAAGAAATGGCTTCTGCTACAAATAATTTTGATATGTCAGCTCAAGTTGGTCAAGGAGGTTATGGAATAGTCTATAAAGGAATTCTAGCTGATGGAACAATTGTTGCAATCAAAAGGGCACACGAGGATTCTCTTCAAGGTTCAACAGAGTTTTGCACAGAAATAGAGCTGTTGTCTAGATTGCATCATCGCAATCTGGTTGCGTTGGTTGGTTACTGTGATGAAGAAAATGAACAGATGCTAGTTTATGAATTCATGCCGAATGGCACTTTACGTGATCATCTTTCTGGAAAGTCCAAACAACCGCTCGGTTTTGGTTTGAGGCTGCACATTGCATTGGGTGCTTCAAAGGGAATTCTGTATCTCCACACCGATGCAGATCCTCCTATATTTCACCGTGATGTTAAGGCCAGCAATATTTTGTTGGATTCTAAATATGTCGCCAAGGTAGCTGACTTCGGTCTTTCGAGGCTTGCTCCAGTACCAGATGTTGAAGGGGCTTTACCAGCTCATGTCTCCACCGTTGTTAAGGGCACCCCTGGGTATCTTGATCCAGAATACTTCCTAACTCATAAATTGACGGATAAAAGTGATGTGTACAGCCTTGGGGTTGTTTTTCTTGAATTGTTGACCGGGATGAAGCCTATTGAGCATGGTAAAAACATAGTGAGAGAGGTAAAAAAAGCTTACCGATCAGGCAATATATCTGAAATCATGGATACCCGGATGGGCTTGTGTTCTCCAGAGTGTGTGGATAGCTTCCTCCAACTTGCAATGAAGTGCTCTCGGGATGAGACTGACGCTCGGCCATCCATGACAGAGATTGTTAGAGAACTTGAGCTCATCTTGAAGATAATGCCAGAGGGTGATCTTATCCAGCTGGAAACTCCACAGACATACTCAGGACGTGCTATGAGCAAGGACCCTATGAGTAAATCTACATCAAATTCAACAAATGGGAATTACTTGGCCTCATCTCAAACTTTTACTAGTGTTGATGCAAGTAGTAGCGGCGTGCTTTCTGGGATGGTGAGTCCTCGGTAA</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MINFGGVLCAVTLVVLLPFLEAADGKSTDPSEVSALMAIKGSLVDPMNNLKNWNRGDPCTKNWTGVFCHDLGDTYLHVTELQLFRRNLSGNLVPEVSLLSQLKILDFMWNNLTGNIPKEIGNITTLKLILLNGNQLSGLLPDEIGNLQSLTRLQVDQNHLSGAIPKSFANLRSVKHLHMNNNSLSGQIPSELSRLNTLLHLLVDNNNLSGPLPPELAAAKSLKILQADNNNFSGSSIPTLYYNMSGLFKLSLRNCSLQGAIPDLSAIPRLDYLDLSWNQLTGSIPTNKLASNITTIDLSHNMLNGTIPSNFSGLPYLQLLSLKNNLLDGSVPSEIWAGVNPNRNGSLVLDFQNNSLNMLPAEISPPPPNVTVVLYGNPICENSSETLIINLCRLQSINLEKSKQETSTAMVCGACPTEKNYEYNPSFSDQCFCAVPLGVGLRLKSPGVTDFHPYENAFKIDLTSLLQLFPYQLYIENYIWEVGPRLNMHLKLFPSNTSLFNMSEVVRLRHVLAGWEITLLDVFGPYELLNFTLGSYEDEYPNLASSGLSKAALGGILASTIASAIALSAVVTALIMRRNSRTNRISRRSLSRFSVKIDGVRCFTYEEMASATNNFDMSAQVGQGGYGIVYKGILADGTIVAIKRAHEDSLQGSTEFCTEIELLSRLHHRNLVALVGYCDEENEQMLVYEFMPNGTLRDHLSGKSKQPLGFGLRLHIALGASKGILYLHTDADPPIFHRDVKASNILLDSKYVAKVADFGLSRLAPVPDVEGALPAHVSTVVKGTPGYLDPEYFLTHKLTDKSDVYSLGVVFLELLTGMKPIEHGKNIVREVKKAYRSGNISEIMDTRMGLCSPECVDSFLQLAMKCSRDETDARPSMTEIVRELELILKIMPEGDLIQLETPQTYSGRAMSKDPMSKSTSNSTNGNYLASSQTFTSVDASSSGVLSGMVSPR</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>1..97#973..1117#1652..1723#1980..2051#2186..2329#2415..2486#2584..2655#2753..2827#2950..3018#3402..3470#3538..3609#4181..4267#4362..4433#4760..5256#5677..5829#6027..6310#6398..6449#6669..6919#6998..7132#7401..7769#ATGATCAATTTCGGAGGAGTACTCTGTGCAGTTACCCTTGTGGTGTTGCTCCCCTTCTTAGAGGCTGCAGATGGAAAATCTACTGATCCTTCAGAAGGTAATCTTTGCAAGCGTATTCTTCACTATGAGCCAAATCATTCTTTGCAAGCATATTCTTCATGCTGAGCCAAACCTGGGCTGGGTCATATTAAGCTGGTTTTGAACTAACACGTTCTCCTGATCACAAATTCCTCATTATATGTTGACACATGGGGTAGGCTTAGGTTTGGACTAGGCCTTGGGGCAAGACATGCTTGATTAGTTGATTGGACCATTTTAAACTGGCTTTTGAACCAATATTCTCTTATGATATCTCTGTAATTACATCAACTTTTAGTTTCTTATTTGCACAATACTCCGTTCATTTCTAGATGGGTGCTTCAGTGTTCTCCCACTATTGATTCTGTAAGACAGTGGGAGTAATTTGTTTATGCCCTTGAAAAACAACAAACCAGAAATTGTACTTCATGGATTACAAACATACCGGAACTCTGGTCTAATGAAAACATGCAAGAATTCTATTTTATGCCTGCTGTGATGCCAGAGTCCATTTCTAGTAACTGAAGTAGGTATTTTTTGACGACAATGAGCCGAACATAGTATTTGTGGCTATACAGTTTTCCTACTAGGTAGGTATTTGTAAATCATACCCTACCAGTTAGTATGTTTGTCTAACAGAGAATGATATTATACACAGCTCTTATTTGAAAAATGAAATAAAGAGTTGCAAAAATGTATGCTAACGTTGTAAATGAAATAATTCTCTCATAGGATTTGTAAAAAATAGTTTGTTATCTCTTGTGCTCGATAACCACTTTCTATCAACAGACTATGAGATGTTTAATGCCAACAGTATTTTACATTGAGTTTCTTTGGTTAAAAGTTCTAAAATATTTGCTGCAAAATATATGTTGTTTTTCTCCCTATATGCAGTCAGTGCACTTATGGCTATCAAGGGAAGCTTAGTTGATCCTATGAACAACCTCAAGAATTGGAATAGGGGAGATCCATGCACAAAAAATTGGACAGGGGTCTTCTGCCATGATTTGGGTGATACATATCTTCATGTAACAGAACTGTATGACCAATACTTCTACATAATTTATTTGCCATATCCTCACTTTCAGTTTGGTTGTCATAATAGGAACTATGAATGCTAGTGGTCATAGAAAACGGTTCTATAGTTAAATGCTGATGACTATGTTTTCCATAGCTGATTAGGAATTACAAATTTCTGATGCATGATTAATTGTATAATCTATTAAAGAAATAAATAGTTGATGTCTTACAAGTGTCTTATTGCCATACTAAACATTTGAAGCATACTGAATTGAAGTGTTATATTTAGTCTTTATTATTGAATGGTGGCAATGTGGCATGATGCTACATTTACTGGTAAGTATGCATCTCGTTTGATAGTAATAATATGTCCCACCATGTTACCGCAGGGAACCTCAGTCCTGTCTGTACGAGGCCCCTTTTTTTAAAAAAAAATTCTAAGCATTGTTGGAGCAGCCTTTTGAAGCTTTTCTTTGCTTGAAATATTCGATAAGGGCATACAGTTCCAGTAAATTTCAATCTGTTGCTGATTATATTATTTTGCTCCATGTAGGCAACTGTTTAGGAGGAACCTCTCTGGAAATTTGGTACCAGAGGTCAGTCTTTTATCTCAGCTGAAAATATTGTAAGTATACTCTAATGACTGAAGATTTTATTTTTTGTAAGTTCTGCATTCATTAAATATTAATCCTTAGTACTATCTTCTTATCACTATATTTTCCATAAAATAAATTAATGGTGTCTTCCTGGATAAAAGATTAGCCTTCATCTTTTACTTGCTGAAAAATTACTAAAGAAAATACTAATTGATCAGCATATAGTTGATTTTTTTGCATCAATCTCTTATACCATATATTAACTTATTGCTGTTTCTCTTGAAGGGATTTTATGTGGAACAATTTAACAGGCAACATCCCAAAAGAGATAGGCAATATCACTACGCTCAAACTTATGTATGTATTCTCTTTCAATTAATTCTACACCCCTCTTCAATATGCACAGAAAACAACAGAACTCCTTAATTAAATTATTTGCTATTTTTCTTATATCTACCAATACTTTACTCTTTTTTTCATGCTTTATGTAGATTATTAAATGGAAATCAGCTCTCTGGTCTTTTACCAGATGAGATTGGCAACCTTCAAAGCTTAACAAGGTTACAGGTTGACCAAAACCATCTATCCGGCGCAATACCTAAATCATTTGCCAACTTAAGAAGTGTGAAGCATCTGTAAGGATTGTTCATTTCCATTTTGTTCCTGCTTTGTTCTTCAATCTGAATTCAGTGCTAGACTCAATTTCCCCTTCCATTTCAGTCACATGAATAATAATTCATTAAGTGGGCAAATCCCGTCCGAATTGTCCAGACTGAATACACTTTTGCACCTGTAAGTGGAAGCCTATTGGTTGCATTTTTTTCTAATGCATGTTGTATCAGGTAACATGGAATTAATCTTATTATATACTCTAACTAAAACTTTGCAGCCTTGTTGATAACAACAATTTGTCTGGGCCTCTTCCTCCAGAACTAGCTGCGGCAAAAAGCTTGAAAATACTGTATGTATCCATTGTCAATTGTCAAACTCAATTGAAAATAGCTTGCTATGATAGCATACACCTGTTTCTTATATTCGTATTTTTTTTCTGTTTCTAGTCAGGCTGACAATAATAACTTCAGCGGGAGTTCCATCCCTACTCTGTATTACAACATGTCCGGACTATTTAAACTGTGAGCACTATATGTTCTCTCTCTACTATATATGTCTAAATACTGTGTTGTTATCGAATTTTTATATTGCTTAGCTCATGCTAAAATGCAAAGGCTGAGGATAATATTTCTTGTCACATCAGGAGTCTTCGAAACTGCAGTTTGCAGGGTGCTATTCCTGATCTGAGTGCCATACCTCGACTGGACTATTTGTGAGTACAGTAAAAATCATGCCGAAAGTACTACCATCTTAATTTTGCAATCAATATATCTTAACATCATTATCAATTTATCACTGATTGCTACTTCAAATATGGCACTTAATGCTCCCTATTTCTGACAGTTGCTCTGTGGTTAAATTGGTAATTTCCTTCAAAAAAGAAGTTTAGAATAATTTTCTTAAAGATAACGGGAATGGCTTACATCTCTAGCCTCTGTTGTTAGGCACAACCAATTAGTTTTGTTGAAGAAATTTAGAGTTATAGTTTTCTTCCAAAAAGAAAGATTTCTTAACAATGTGCAACCATTTCTCTAGAACATGAGCCCATGAGATAAATCTATAGATGTCTAAACTAATCCTCACATGCATTTTCAGGGATCTTAGCTGGAACCAGCTGACAGGATCTATCCCAACTAATAAGCTTGCTTCAAATATCACTACAATGTATGCAGCTTTTATAATTTTTATTTCTGTTCTTTAATCATTGAGCTGATTTCTAATTTTCTGGCAGTGATTTGTCACATAACATGCTTAATGGAACTATTCCATCGAACTTTTCAGGGCTTCCTTATCTTCAGCTATTGTAAGTTGTAGCATTTAGCTTTGTTAAATCTTGCTCCAGATAGCTTTGTGTTCGATCAGAATTTTATTTTTGCACCTACTTCTTCTTATTCCAAATAAAAATCACAGACCTGTGTGTTCTCTCTCTCAAATAGAAAAGAATGTATTTTAGTTTTTTCTTTAATGGAAAGGCAGCAGCTCTGTCAGTTTTACTTAGATGAGGGGGGGGGGGGGGGGAAGCAAGGAATAAGTACGTAAGAGTGATTAAGGGGGAGGGGGGGGAGACTGAGCAACGAGCAGGCAGATCACCAAAGAGGATAGCAAATTTAAAGAGGTGCTCGCATGTGATCAACCTGGTGGTTTGGGGGAATTTGATTTTAAAAATTTCTTCTGTTCTTCTCATGCATTTTACATTATTTCTTATTTATTACATACAAACTTGAGGTTATATCAGTTCTTGCTGGTGCATATTGTGATCCACTCATTATTGCTTACAATTTCCACTCGTTTTGACATAACACAAATTAAACCCTCTATGAACTTTTTTTTTAAAACAATGCATTAAAAAACATGTCAATGTTGCAAATTTGCAGGTCACTTAAAAATAATCTTTTAGATGGTTCTGTTCCCTCGGAAATTTGGGCTGGCGTCAACCCTAACAGAAACGGAAGCCTTGTACTGTATGATTCTTTTTGGGAATATATATATATATATTTTCATCTTGTTCTAAGTTCTGACAATAACATATATTTGACATGGTTGTCAATTGTGCAGGGACTTCCAAAATAATTCTCTCAATATGCTTCCAGCTGAAATTAGTCCTCCTCCACCAAATGTTACTGTCGTGTACGTTCCTACATATATGCAATACACTATCAATCTACATTCCTGCATAAAATTCTGTGTTGCGGATGGATATTTAACTGTGAGCACGCAAGTTTCGCAGTTAATTTCCATTTTGATGATTAACACCATTTCATTTATTTAAAGCAAGCTTATACTGCTTATATAACAGTTTTCAGGCTACACTATTCTTATTTGAGAATGGACATCATAACCAAAAACAGTTTATTCATCATCGTATTATGAGTGAAAATCTGGACTATAACTGAATATTGCTTACATAAAATACTCAGTTCTTATAGTTGTCACAACCAATGTTATTTGTGCAGGTTATATGGAAAT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External Link(s)

EnsemblPlants:BGIOSGA020060