Difference between revisions of "BGIOSGA006344"
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Revision as of 18:40, 20 July 2012
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Expression
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Evolution
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You can also add sub-section(s) at will.
Labs working on this gene
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References
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Structured Information
| Gene Name |
BGIOSGA006344 |
|---|---|
| Description |
Putative uncharacterized proteinStarch branching |
| Definition |
Oryza sativa Indica Group BGIOSGA006344, complete gene. |
| LocusTag |
P0475F05.16 |
| Ensembl Transcript ID |
BGIOSGA006344-TA |
| Ensembl Protein ID |
BGIOSGA006344-PA |
| Length |
10957 |
| Source |
Oryza sativa Indica Group ORGANISM Oryza sativa Indica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
| Chromosome | |
| Location |
Chromosome 2:20764778..20775734 |
| Sequence Coding Region |
20775584..20775734,20775302..20775429,20774691..20774902,20773867..20773965,20773737..20773779 |
| Genome Context |
<gbrowseImage1> name=IndicaChromosome02:20764778..20775734 source=RiceIndica02 preset=GeneLocation </gbrowseImage1> |
| Gene Structure |
<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome02:20764778..20775734 source=RiceIndica02 preset=GeneLocation </gbrowseImage2> |
| Coding Sequence |
<cdnaseq>ATGGCGGCGCCGGCGTCTGCGGTTCCCGGGAGCGCGGCGGGGCTACGGGCGGGGGCCGTGCGGTTCCCCGTGCCAGCCGGGGCCCGGAGCTGGCGTGCGGCGGCGGAGCTCCCGACGTCGCGGTCGCTGCTCTCCGGCCGGAGATTCCCCGGTGCCGTTCGCGTGGGGGGTTCCGGGGGGCGCGTGGCCGTGCGCGCGGCGGGCGCGTCAGGGGAGGTGATGATCCCCGAGGGCGAGAGCGACGGGATGCCGGTTTCAGCAGGTTCAGACGATCTGCAGGTGCCAGCCTTAGATGATGAATTAAGCACGGAGGTTGGAGCTGAAGTTGAGATTGAGTCATCTGGAGCAAGTGACGTTGAAGGCGTGAAGAGAGTGGTTGAAGAATTAGCTGCTGAGCAGAAACCACGAGTTGTCCCACCAACAGGAGATGGGCAAAAAATATTCCAGATGGACTCTATGCTTAATGGCTATAAGTACCATCTTGAATATCGATATAGCCTATATAGGAGACTGCGTTCAGACATTGATCAGTATGAAGGAGGACTGGAAACATTTTCTCGCGGTTATGAGAAGTTTGGATTTAATCGCAGTGCTGAAGGTGTCACTTATCGAGAATGGGCTCCCGGGGCACATTCTGCAGCATTAGTAGGTGACTTCAACAATTGGAATCCAAATGCAGACCGCATGAGCAAAAATGAGTTTGGTGTTTGGGAGATTTTTCTGCCTAACAATGCTGATGGCTCATCTCCTATTCCACATGGCTCACGTGTAAAGGTGCGAATGGAAACTCCATCTGGTATAAAGGATTCAATTCCTGCCTGGATCAAGTACTCTGTGCAGGCCGCAGGAGAAATCCCATACAATGGAATATATTATGATCCTCCTGAAGAGGAGAAGTACATATTCAAGCATCCTCAACCTAAAAGACCAAAGTCATTGCGGATATACGAAACTCATGTTGGAATGAGTAGCACGGAGCCAAAGATCAACACGTATGCAAACTTTAGGGATGAGGTGCTTCCAAGAATCAAAAAGCTTGGATACAATGCAGTGCAAATAATGGCAATTCAAGAGCATGCATATTATGGAAGCTTTGGGTACCATGTCACCAATTTCTTTGCACCAAGTAGTCGTTTCGGGACCCCAGAAGATTTAAAGTCATTGATTGATAAAGCTCATGAGCTTGGTTTAGTTGTGCTCATGGATGTTGTTCACAGCCATGCGTCAAATAATACACTAGATGGGTTGAACGGTTTTGATGGTACAGATACGCATTACTTTCATAGTGGTTCACGCGGCCATCATTGGATGTGGGATTCTCGCCTGTTCAACTATGGGAATTGGGAAGTTCTAAGATTTCTACTATCCAATGCAAGATGGTGGCTCGAGGAGTATAAGTTTGATGGTTTCAGATTTGACGGTGTAACCTCAATGATGTACACTCATCATGGATTACAAGTAGCATTTACGGGGAACTACAGTGAATACTTTGGATTTGCCACTGATGCTGATGCAGTAGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATTTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCCATAACCATCGGTGAAGATGTCAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCAAGATGGTGGGGTTGGTTTTGATTATCGCCTTCATATGGCTGTTCCTGACAAATGGATTGAACTCCTCAAGCAAAGTGATGAATCTTGGAAGATGGGTGATATTGTGCACACACTGACTAACAGAAGGTGGTCAGAGAAGTGTGTTACTTATGCTGAAAGTCATGATCAAGCACTAGTTGGTGACAAAACTATTGCATTCTGGTTGATGGACAAGGATATGTATGATTTTATGGCTCTGGACAGACCGGCAACACCTAGCATTGATCGTGGAATAGCATTGCATAAAATGATTAGACTTATCACAATGGGGTTAGGAGGAGAAGGCTATCTTAACTTTATGGGAAATGAGTTCGGACATCCTGAATGGATTGATTTTCCAAGAGCTCCACAAGTACTTCCAAATGGTAAATTCATCCCAGGGAATAACAACAGTTATGATAAATGCCGTCGAAGATTTGACCTGGGTGATGCGGACTATCTTAGGTATCGTGGCATGCTAGAGTTTGACCGCGCGATGCAGTCTCTCGAGGAAAAATATGGGTTCATGACATCAGACCACCAGTACATATCTCGAAAGCATGAAGAGGATAAGATGATTATATTTGAGAAGGGAGATCTGGTATTTGTGTTCAACTTCCATTGGAGTAACAGCTATTTTGACTACCGTGTTGGTTGTTTAAAGCCAGGGAAATATAAGGTGGTCTTGGACTCAGATGCTGGACTCTTTGGTGGATTTGGCAGGATCCATCACACTGCAGAGCACTTCACTGCCGATTGTTCACATGACAACAGGCCCTACTCGTTCTCAGTTTATTCTCCTAGCAGAACCTGCGTTGTCTATGCTCCAGCGGAATGA</cdnaseq> |
| Protein Sequence |
<aaseq>MAAPASAVPGSAAGLRAGAVRFPVPAGARSWRAAAELPTSRSLLSGRRFPGAVRVGGSGGRVAVRAAGASGEVMIPEGESDGMPVSAGSDDLQVPALDDELSTEVGAEVEIESSGASDVEGVKRVVEELAAEQKPRVVPPTGDGQKIFQMDSMLNGYKYHLEYRYSLYRRLRSDIDQYEGGLETFSRGYEKFGFNRSAEGVTYREWAPGAHSAALVGDFNNWNPNADRMSKNEFGVWEIFLPNNADGSSPIPHGSRVKVRMETPSGIKDSIPAWIKYSVQAAGEIPYNGIYYDPPEEEKYIFKHPQPKRPKSLRIYETHVGMSSTEPKINTYANFRDEVLPRIKKLGYNAVQIMAIQEHAYYGSFGYHVTNFFAPSSRFGTPEDLKSLIDKAHELGLVVLMDVVHSHASNNTLDGLNGFDGTDTHYFHSGSRGHHWMWDSRLFNYGNWEVLRFLLSNARWWLEEYKFDGFRFDGVTSMMYTHHGLQVAFTGNYSEYFGFATDADAVVYLMLVNDLIHGLYPEAITIGEDVSGMPTFALPVQDGGVGFDYRLHMAVPDKWIELLKQSDESWKMGDIVHTLTNRRWSEKCVTYAESHDQALVGDKTIAFWLMDKDMYDFMALDRPATPSIDRGIALHKMIRLITMGLGGEGYLNFMGNEFGHPEWIDFPRAPQVLPNGKFIPGNNNSYDKCRRRFDLGDADYLRYRGMLEFDRAMQSLEEKYGFMTSDHQYISRKHEEDKMIIFEKGDLVFVFNFHWSNSYFDYRVGCLKPGKYKVVLDSDAGLFGGFGRIHHTAEHFTADCSHDNRPYSFSVYSPSRTCVVYAPAE</aaseq> |
| Gene Sequence |
<dnaseqindica>1..151#306..433#833..1044#1770..1868#1956..1998#2199..2258#2930..3010#3095..3211#3401..3484#3976..4097#4419..4538#5589..5718#5816..5926#6067..6195#7546..7649#8135..8279#8734..8881#9023..9123#9358..9435#9937..10092#10720..10794#10874..10957#ATGGCGGCGCCGGCGTCTGCGGTTCCCGGGAGCGCGGCGGGGCTACGGGCGGGGGCCGTGCGGTTCCCCGTGCCAGCCGGGGCCCGGAGCTGGCGTGCGGCGGCGGAGCTCCCGACGTCGCGGTCGCTGCTCTCCGGCCGGAGATTCCCCGGTAATGATCCCGCGCCACCTTGTTGTTCTCGTCCGCCGCGACGCGCCACGCGTGCGCCTCGGCTCGACCAGGTGGCGTGCCGTGTCGCATCGCGCCGCGGGTGCGGTAAATCGTCGTGATCTTCATTTTGGTTTTGCCTGCGTCTCGTGTCCAGGTGCCGTTCGCGTGGGGGGTTCCGGGGGGCGCGTGGCCGTGCGCGCGGCGGGCGCGTCAGGGGAGGTGATGATCCCCGAGGGCGAGAGCGACGGGATGCCGGTTTCAGCAGGTTCAGACGATCTGCAGGTGCGTGATCATGATTCATCCTGCCTTGACAATACTATTGCTACATATCTAACAGCATTTTGCATGTCATGTTTGAAAATGGAGACATGTTCTTGTGCAGTGCTACCTTACGAGATCATATACATTTCACGCAGTCCACGTCTTGAGACGTGTTGATTTCTGTTTGTGACGGGATTATGATATATTCAGTGATTCAGTCCTTTTTTATGTACTTAGTCCATACTAGTTGTCTGCGTGCATAATGATAATATGATCTAGGTCTAGAGCACCCTATATGAGGCCTCAAAGGGCACACCATATGCGTAGGATTGATCTAGAGTCTTGCTTGTTGTCGCTCATTCCGTTCAGTTGTCATTATGTTTTACTTCTGAACATTTTATCTCTTGTACATTGTTGTAGGTGCCAGCCTTAGATGATGAATTAAGCACGGAGGTTGGAGCTGAAGTTGAGATTGAGTCATCTGGAGCAAGTGACGTTGAAGGCGTGAAGAGAGTGGTTGAAGAATTAGCTGCTGAGCAGAAACCACGAGTTGTCCCACCAACAGGAGATGGGCAAAAAATATTCCAGATGGACTCTATGCTTAATGGCTATAAGTACCATCTTGAATATCGGTATGGCTTTCCGCCCTTCTTTATAGATCACATAGTTTCATTAGGTTATGTTTTTATTATTCTCCATCTGTTCAGTCTTTCACAAGATGTATGCAAATAACTACTTACGTGTCACAGCTGATGAGACTCTTGAAGTTTTATCTTTAGTCCTGCATATATACTCTGATCTGTTCTCAAATGGAAGTTGTTTTAGAAATCATTCAGTCATGCTTTAAAATTTAACAAGAGTCCTAAACTACTAATGTGCGAAAAAAAAATAGATTTACCATTATAAGAATTTTTAAGTCAACATATAGTTAGAAAAAAAAGTTAATGGTCAAATGAGTATATTGGACATACATAGTAAATAGTACTAATAATACATAGATAGTACTCTTCACAGTGGTTCTGGGTTGGGGCGGTACTGCAAACCAAACAAAAGAGTGATAGGATGGCGTCAGAACTAAGAAATGCAATATTAATTTTGCAAATATTTAATCTGAAAGTTATCTATGATGTAAAATACATAATGGGTTTTAGACCTTGCTGACGTCTGTCAACTGGACAACAACTTTATTTCCTTTCTTTTATATCATTGTTATACTCCCTCTGTCCTAGAAAAAACAACTTTCGTACGTGAACTTGGAAAGTTGATTTATTTTATGATGGAGGGAGCATAGATGAAGTCAATATGCCCATGCTAACTCTACTAGAAACCTGATTATGCTTTAATTGATTGAATACAGATATAGCCTATATAGGAGACTGCGTTCAGACATTGATCAGTATGAAGGAGGACTGGAAACATTTTCTCGCGGTTATGAGAAGTTTGGATTTAATCGCAGGTATAGTTTCTTTTACATTGTAACCGCACATCACTTCTCTGGGTGTAACAAAATAACTCAGTGATATTCATCCTTCTTCCCATGTAGTGCTGAAGGTGTCACTTATCGAGAATGGGCTCCCGGGGCACATGTATGTTCTTTTGATAGTCTCACCATTTACCTAAAATGCTACATTATTAGTTCCATATTTCTAGTACATGTAGATATAATTACCATGCCATATATTCTGAGATATTCCAGATTGTATGGAATTTATAATTCTCAGATGAACAACTTGTCAATGTACTTGACTAGACGTTGTTAAGAACTAATTTTTGCTTCCAATTGCAGTCTGCAGCATTAGTAGGTGACTTCAACAATTGGAATCCAAATGCAGACCGCATGAGCAAAGTAAGCCCACAGGCTCACAAATATGCCCTTCCTTTCTTCAAAAATATTTTGTTTACATTTCTTTAACTAATTTATTTGGTTATAGCATTGGTTTCATCTATACTCTAGAGTTGAGCTAGTGATATATCATGCGAACGCATGTATAGCGCAGTGGTAAACCTGACTCGAACCTGGATTTTCGCACAAAAAAAATTAAATCCCTCCTTGCAAATGCTGGCAGAAGCGTGCTCCCCATGTGAGGTTGAGCAATCCCGGTTGTGCGATGCGTTCAGGGGTGGGGTTCTCAACTTAGCTTCATGCTGCGGGCCATCTTAACCCGCCGATTGAGTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCATGCACACTCTTATATGTTATTGGCTGTTGCCATGAGTTAACTGTTAGTTATCGGTTTTGATGCTACTGTAGTGGTAGTACATTAATGTTGTGTATGTTACATGTACATTCTTTAGTACCTAGATGTATTTTGCAGTTTTTGTGGACTTGATAGGAGAAGATGAGTAGCTTGAGGTTGTAACTAATAATGCATGGACCTAGTGTTGTAATTCCATATGATTGGTAAGTTGGTAGTTACCGATGCTCATATCTAATGCAACTGTTTCCAGAATGAGTTTGGTGTTTGGGAGATTTTTCTGCCTAACAATGCTGATGGCTCATCTCCTATTCCACATGGCTCACGTGTAAAGGTAATTCCTTATCCTGCTTGGCCAGTGTTTTAGCTCTGGGCCTGTGAGCATCTCCCTGTATCAAGCATGCCTTTTGTCATCTAGGTGCGAATGGAAACTCCATCTGGTATAAAGGATTCAATTCCTGCCTGGATCAAGTACTCTGTGCAGGCCGCAGGAGAAATCCCATACAATGGAATATATTATGATCCTCCTGAAGAGGTACCTCCCCCCCCCCCCAACACGTGCACACGCCATTTGAATATGTTCTTGTTCCTTGAAAAAAGTGCTTCATTTGTACTTGTGAATACTTCTGTAATGTCCTTGGACTCTTGGAAATTTCTCTTTTTGTTGGCATCTTTAGATTGTTCTTTTTATCTAGTTATTAAAATGTTTTATATGACTATGCAGGAGAAGTACATATTCAAGCATCCTCAACCTAAAAGACCAAAGTCATTGCGGATATACGAAACTCATGTTGGAATGAGTAGCACGGTAATGCATCTTTTCTTTTAATTACTAGCCATATACAGTTCAAGTTAACTTACATTCTAGAATTATATTAAAGTACTGTTAGCCTTAATTTTTATAACTGTCTACTTCTAAGCAGTGATAAGTTGTTACAAGTTTCCTCTGTAATAATATATAATATATTAATACAATCAGCACATTTTTTGCACATTCGTCAACAATTAGCCGTTTATATAACCTTTGCTGGATGGTTGATTCAAATATGATGTTTTGAAACAAATTACTGATATTTGCACTGATATAATTTTTGATTTATGTTTTCTGCTAACATAGGGTATATTTAATTAATCTAATGTTTGTATTTCTTACAAACGGGTACGGTTATTATTACATAATAAAAAATAGCGAATAACACCATGCCTACCATTTGTATACATTTTTTTTTGGGCGTCTGTTGGTAATTTATGATTTTCCTGTACTATGCTGGCTGGTATTAATTTTAATATTGCAATCAGGAGCCAAAGATCAACACGTATGCAAACTTTAGGGATGAGGTGCTTCCAAGAATCAAAAAGCTTGGATACAATGCAGTGCAAATAATGGCAATTCAAGAGCATGCATATTATGGAAGCTTTGGGTGATCAAATTACATATTGCTGGATTTATTTCTTGTCTTTGCAGTTTACATATATATGCTTTTAGACTTTATCTTTCATCTTCCTTGTTCCCTTTGTATAATGTGATAAACTGCTTCATCTTATCATCTTTAACTTCCTTTTATACTCATGAAACAATGCTGTTACTGACCCCTTTTGTTTCCCCTTTTGTTTTGGTACAATTGAACTGTAACAAATGACATTCGCCACCTTTTGAATGAATGGCTATTGAGATAATTTTCAATTGTCAATTAAGACTTTTATTATGGGTGAGCAATGCAGATTTTTTACTTTTGTTTCAGGTACCATGTCACCAATTTCTTTGCACCAAGTAGTCGTTTCGGGACCCCAGAAGATTTAAAGTCATTGATTGATAAAGCTCATGAGCTTGGTTTAGTTGTGCTCATGGATGTTGTTCACAGGTAATTAATTACTCCCTCTGCTCATTTTTATAAGGCATATTTTAATTTTAGAAAGTATTTATGACTGAAATTTGACAATTAATTTCTCATAAAATATATTTATCATAGCTATAAAACCAATATAATGTGAAAATACTTTGAGGTATGAATCTAGTGGTATATGTTTTATACTCTAAATATACTTGTATATCAACTAATTATTGGTCAA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