Difference between revisions of "BGIOSGA018114"

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Revision as of 16:18, 22 July 2012

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Expression

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Evolution

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Labs working on this gene

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References

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Structured Information

Gene Name

BGIOSGA018114

Description

Putative uncharacterized protein

Definition

Oryza sativa Indica Group BGIOSGA018114, complete gene.

LocusTag

OJ1764_D01.9

Ensembl Transcript ID

BGIOSGA018114-TA

Ensembl Protein ID

BGIOSGA018114-PA

Length

11700

Source

Oryza sativa Indica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Indica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 5

Location

Chromosome 5:20247958..20259657

Sequence Coding Region

20258894..20259657,20256828..20257178,20256521..20256751,20256161..20256286,20255755..20256088
,20255523..20255680,20255116..20255273,20254643..20254764,20254357..20254491
,20253038..20253166,20252679..20252740,20251870..20251974,20251513..20251746
,20250338..20250671,20249614..20249802,20247958..20249511

Genome Context

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Gene Structure

<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome05:20247958..20259657 source=RiceIndica05 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>ATGCGGGTGCCGTGCTGCTCGCTGTGCCACGTGCGGTACGATGAGGAGGAGCGCGCGCCGCTGCTGCTCCACTGCGGCCATGGCTTCTGCCGCGCGTGCCTCGCCCGGATGCTCGCCAACGCCGCGGGCGCCGTGCTGGCGTGCCCGCGGTGCCGCCACCCCACCGCCGTCGGCAACTCCGTCTCCGCGCTGCGGAAGAACTTCCCCATCCTCTCGCTGCTGTCGTCGTCCCCGTCGTCGCCCTCGTTCCTCCACTCCGACTCCGGCGGCTCTTCCTCCGACGGCTCCGACGACGACGACGACGACTTCTTCGGCCGGCCCAGCCGCCGATCCTCCGCCGAGGGGGCGGGGGCGGGGGCGGCGGCGCCGTCGCTGCAGCCCGCGGGCTGCGCCTCGTTCGACCTCGCCTCGCATCCGGACCTCAAGCTCGCCCGCCGCATCGGGAGCGGGCCGCCGGGCCCCGCGGGGCAGGAGGTGTGGTCCGGCACGCTGTCTCGTGGTGGTGGGGGAGGTGGGGCCAAGAGGTGTAAGCATCCGGTGGCGGTGAAGAGGGTGCCCGTGACCGCGGGGGATGTGCTTGAGGGCGTTCAGGAGGAGGTGGAGCGGCTGAGGCGCGCCGCGACGTGGTGCCGGAATGTTACCACGTTCCATGGTGCTGTGAGGGTCGGCGGGCACCTCTGCTTCGTGATGGATCGGTACGCGGGGTCTGTGCAGACAGAAATGCGGCAGAATGGCGGTCGCCTAACGTTGGAGCAGATCCTCAGATATGGAGCAGATATTGCTCGTGGAGTAGCAGAACTCCATGCAGCAGGTATTGTTTGTATGAGTATAAAGCCGTCAAATATCCTTTTGGATACAAATGGGCATGCAGTTGTTTCCGACTATGGTCTTTCGGCCATTCTTAAGAACCTCACTAGTCGTAGAGTGTCTGATGATTCCAACATGGTTGGCTTGGATGCTACACTTCTTAGCCCCAATTATACAGCTCCTGAGGCTTGGGTGCCATTGAAGAAGTCAATGAATCTGTTTTGGGATAGTGCAAATGGAATATTACCAGAGTCAGATGCATGGAGTTTTGGATGTACACTTGTGGAAATGTGTACTGGTGCTGTTCCATGGGCTGGGCTAAGTGCAGAGGAAATTTGTAAGTCTGTTGTAAAAGAGAGGAAGCCACCGCCTCAATATTCAAGGGTAGTCGGTGTAGGACTTCCTGGGGAGCTCTGGAAGATGATTGGTGACTGTTTGCAGTTCAAACCTTCAAGAAGACCATCTTTCCAGGACATGCTAAAAACTTTTCTGAGGCATCTTCTAGATATACCAAGGAGCCCACCTGCAAGTCCTGAAAATGATTTCACAAATGCAAGCATGCCCAACGGTATGGATGTGCCGCCAGCCTCAGTTCTGGACATGGTCCAGGACAATCCAAATGCTTTGCATCATCTTGTATGTGAAGGAGATGCTGCTGGTGTTAGGAATCTTCTTGCAGAAGCTGCCTCAGATGGAAATGGCCGTTTAATTCGTTCGCTCTTGGAAGCACAGAATGCAGATGGATATACTGCCCTACATTTAGCATGCCGAAGAGGCTCAGCAGAAATTGTTGAAGCTATTGTGGCTTATCAAGAGAATGTGGACTTGTTAGATAAGAATGAAAATCCTCCAATAATATTTGCTATGGCTGCTGGCTCTCCACAGTGTGTTCGCGCACTTGTAAGGAGATCTTCTGATGTTAATTCGAGGCTTAGAGAAGGTCTTGGTCCTACTCTTGCTCATGTTTGTGCTCATCATGGCCAACCAGAGTGCATGCGGGAATTGCTCATGGCTGGAGCTGATCCTAATGCAGTAGACGGAGAAGGCGAATCTATCCTGCATATTGCTGTGGCCAAGAGATATACTGATTGTGCTATCGTCTTATTGGAAAATGGTGGTTGCAGGTCTATGGGCATACCAAATTCTGTGAATAAAACGCCATTGCATTTATGTATTGAAACATGGAATGCGGATGTGGTGAAAAGATGGGTTGAAGTTGCATCTGAAGAGGAGATAGCTGAAGCAATTGATGTACCTAGCCCTGTTGGGACTGCTTTGTGCATGGCAGCTGCTCTTAAAAAAGAGCACGAGAAAGAGGGTCGAGAGTTAGTACGGGTATTGCTTTCTGCTGGTGCTGATCCCACAGCACAAGATGACCCACACTGTCGAACTGCACTGCATACTGCAGCAATGATCAATGATGCAGAATTGGTTAAGATTATTTTGGAAGCTGGAGTTGATGTAAATATAAGAAATGCTCAGAACACAACACCACTTCTCGTTGCACTGAACAGAGGTGCAAACTCCTGTGTTGGTTTGCTTTTAGCTGCTGGAGCAAACTGCAATCTACAGGATGACGACGGCGATAACGCTTTCCACATAGCTGCTGATGCGGCTAAAATGATACGTGAAAACCTCTCATGGATTGTTCAAATGTTACAACAGCCATCGCCGGCTGTTGATGTGAGAAACCACAGGCAAGTTTATGATGTATCTGGTGTTAAGCTAAACTTACTTCAATACAACGTGATGCAAAGTAAAAGAGGCTGGACATTGCGAGATTTTCTGGAGAGGCTCCCACGAGAATGGATTTCTGAAGAACTGATGGAAACTTTAGAAGAAAAAGGAGTTCATCTCACCCCAACCATATATGAGTTCGCAGATTGGGTGAAATTTAGAAGAACAGTTACTGAACCAGCTTTTGGCTGGCAAGGTGCAGGACCCAGAAGCATTGGTTTTGTTCAGTCTGTTGTAGACCATGACCACCTTGTTGTGTCATTTTGTTCTGGAGAAGCCCGCGTTTTGACGAGTGAAGTTATCAAAGTCATTCCATTAAATAGGGGCCAACATGTGCAGCTCAAACCTGATGTTTTGGAGCCTAGATTTGGATGGCGTGGTCAGTCACGAGATAGCATTGGGACAGTTCTCTGTGTTGATGATGATGGAATCTTGAGGGTTGGTTTTCCAGGAGCTTCTAGGGGATGGAGAGCTGATCCTGCTGAAATTGTAAGGGTTGAAGAATATAAGGTTGGTAACTGGGTTCGGATTCGTCCCTCATTAACGGTTGCTGTACATGGCATGGAATCTATTACTCCTGGAAGTGTTGGTATTGTCTACTCAATCAGGCCAGACAGCAGTCTTCTATTGGGACTTTGCTATTTGTCAAGTCCATGGCTTTGTGAACCAGAGGAGGTTGAACATGTTGATCCCTTCAAGATTGGTGACCAAGTATGCGTAAAAAGGTCTGTTGCAGAGCCTAGATATGCCTGGGGTGGTGAAACCCATCACAGCGTGGGAAAAATAATTGACATCGAGAGTGATGGGCTACTCATAATTGATATTCCTAACCGGGCTGTACATTGGCAGGCAGATCCATCAGACATGGAAAAGATAGAAAAGTTTAAGGTCGGTGATTGGGTTAGAGTGAAGGCAACAGTACCATCCCCTAAATATGGCTGGGAGGATGTGACTCGTAGCAGTATTGGGGTGGTTCATAGTCTAGAAGAAGATGGAGATATGGGTGTTGCTTTCTGCTTCAGAAGCAAGCCTTTTTCTTGCTCAGTTGCAGATGTGGAGAAGGCACAGCCTTTTGAGGTAGGAGAAAAAATTCATGTGTTACCTTCAATATCTCAGCCTCGCCTTGGATGGTCAAATGAAACTGCAGCAACCATTGGGGCTATCTCAAGGATAGACATGGATGGGACTCTAAATGTCAAGGTGTCTGGCAGAAATAGCTTGTGGAAGGTAGCTCCAGGTGATGCTGAGAGGCTTTCGGCTTTTGAGGTTGGAGACTGGGTGCGGTTGAAATCTAGTATTGGGAGCAGGCCTACTTATGACTGGAGTGTTGGGAAAATAAGTATTGCAGTAGTTCATAGCATTCAAGACTCTGGTTACCTGGAGTTGGCTGGTTGTTTCAGGAAAGGGAAATGGTTAACTCATAACACAGAAATTGATAAAGTAGAGCCTCTCAAGATTGGTCATCATGTTCGGTTCCGTGCTGGAATTACAGAGCCCAGATGGGGATGGAGAGATGCAAAGCCTGATTCCAGGGGCATAATTGCTGGTGTCCATGCTGATGGAGAAGTAAGAGTAGCCTTCTTTGGTGTGCCTGGGCTGTGGAAAGGTGATCCTGCAGATCTTGAGATTGAGCAAGTTTATGAGGTGGGTGAATGGGTTAGGCTGAGAAATAATGCAGATGATTGGAAGTCGCTCAAACCAGGTAGCATTGGCGTGGTACATGGGATTGGATATGAAGATGATGTCTGGGATGGAACCATTCATGTGGCATTTTGTGGTGAGCAGGAAAGGTGGATAGGGCCTTCAAGCCAGCTTGAAGGAGTCAGCAAGTTTGTCGTTGGGCAGCGCGTGCGGGTCAAACTCTGTATCCGCCAGCCAAGATTTGGCTGGTCTAATCATAATCATTCTAGTATAGGGACCATCTCATCTATTGATGCTGATGGGAAGCTTAGGATTCATACACCCGCTGGTGCGAGAGCTTGGTTGATAGACCCAGCGGAGGTTGAAAAGGTGGAGGAAGAGGAAGAAGTCTGTGTCGGGGACTGGGTAAAGGTTAAGGATTGTGTTGCGACCCCCACATATCAGTGGGGTGACGTGAACCATAATAGCATAGGGGTAGTCCACCGGGCCGAGGATGGTGAACTTTGGGTTGCCTTCTGTTTCTGTGAAAGACAATGGTTGTGCAAAAGGTGGGAAGTGGAGAAGGTGAGGCCATTCCGATTAGGGGACAGAGTACGGATACGACCTGGCCTTGTAACCCCACGTTGGGGATGGGGGGAGGAGACATATGAGAGTAAAGGTGAGGTTGTAGGCGTTGATGCAAATGGGAAACTGAGGATCAAGTTCAGATGGAGGGATGGGCTTTGGATTGGAGATCCTGCCGATATCGTTCTTGATGATATCCCATCACTGACAGAGGCTTCTAATGGCTTTTGTTCATAG</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MRVPCCSLCHVRYDEEERAPLLLHCGHGFCRACLARMLANAAGAVLACPRCRHPTAVGNSVSALRKNFPILSLLSSSPSSPSFLHSDSGGSSSDGSDDDDDDFFGRPSRRSSAEGAGAGAAAPSLQPAGCASFDLASHPDLKLARRIGSGPPGPAGQEVWSGTLSRGGGGGGAKRCKHPVAVKRVPVTAGDVLEGVQEEVERLRRAATWCRNVTTFHGAVRVGGHLCFVMDRYAGSVQTEMRQNGGRLTLEQILRYGADIARGVAELHAAGIVCMSIKPSNILLDTNGHAVVSDYGLSAILKNLTSRRVSDDSNMVGLDATLLSPNYTAPEAWVPLKKSMNLFWDSANGILPESDAWSFGCTLVEMCTGAVPWAGLSAEEICKSVVKERKPPPQYSRVVGVGLPGELWKMIGDCLQFKPSRRPSFQDMLKTFLRHLLDIPRSPPASPENDFTNASMPNGMDVPPASVLDMVQDNPNALHHLVCEGDAAGVRNLLAEAASDGNGRLIRSLLEAQNADGYTALHLACRRGSAEIVEAIVAYQENVDLLDKNENPPIIFAMAAGSPQCVRALVRRSSDVNSRLREGLGPTLAHVCAHHGQPECMRELLMAGADPNAVDGEGESILHIAVAKRYTDCAIVLLENGGCRSMGIPNSVNKTPLHLCIETWNADVVKRWVEVASEEEIAEAIDVPSPVGTALCMAAALKKEHEKEGRELVRVLLSAGADPTAQDDPHCRTALHTAAMINDAELVKIILEAGVDVNIRNAQNTTPLLVALNRGANSCVGLLLAAGANCNLQDDDGDNAFHIAADAAKMIRENLSWIVQMLQQPSPAVDVRNHRQVYDVSGVKLNLLQYNVMQSKRGWTLRDFLERLPREWISEELMETLEEKGVHLTPTIYEFADWVKFRRTVTEPAFGWQGAGPRSIGFVQSVVDHDHLVVSFCSGEARVLTSEVIKVIPLNRGQHVQLKPDVLEPRFGWRGQSRDSIGTVLCVDDDGILRVGFPGASRGWRADPAEIVRVEEYKVGNWVRIRPSLTVAVHGMESITPGSVGIVYSIRPDSSLLLGLCYLSSPWLCEPEEVEHVDPFKIGDQVCVKRSVAEPRYAWGGETHHSVGKIIDIESDGLLIIDIPNRAVHWQADPSDMEKIEKFKVGDWVRVKATVPSPKYGWEDVTRSSIGVVHSLEEDGDMGVAFCFRSKPFSCSVADVEKAQPFEVGEKIHVLPSISQPRLGWSNETAATIGAISRIDMDGTLNVKVSGRNSLWKVAPGDAERLSAFEVGDWVRLKSSIGSRPTYDWSVGKISIAVVHSIQDSGYLELAGCFRKGKWLTHNTEIDKVEPLKIGHHVRFRAGITEPRWGWRDAKPDSRGIIAGVHADGEVRVAFFGVPGLWKGDPADLEIEQVYEVGEWVRLRNNADDWKSLKPGSIGVVHGIGYEDDVWDGTIHVAFCGEQERWIGPSSQLEGVSKFVVGQRVRVKLCIRQPRFGWSNHNHSSIGTISSIDADGKLRIHTPAGARAWLIDPAEVEKVEEEEEVCVGDWVKVKDCVATPTYQWGDVNHNSIGVVHRAEDGELWVAFCFCERQWLCKRWEVEKVRPFRLGDRVRIRPGLVTPRWGWGEETYESKGEVVGVDANGKLRIKFRWRDGLWIGDPADIVLDDIPSLTEASNGFCS</aaseq>

Gene Sequence

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