Difference between revisions of "Os06g0483900"

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Revision as of 20:23, 22 July 2012

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Function

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Expression

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Evolution

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Labs working on this gene

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References

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Structured Information

Gene Name

Os06g0483900

Description

Homeodomain-like containing protein

Version

NM_001064192.1 GI:115468115 GeneID:4341060

Length

10108 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os06g0483900, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 6

Location

Chromosome 6:17348615..17358722

Sequence Coding Region

17348866..17348988,17350223..17350342,17350899..17351042,17352409..17352460,17354903..17354978
,17355932..17356375,17356757..17356790

Expression

GEO Profiles:Os06g0483900

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008399:17348615..17358722 source=RiceChromosome06 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

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Coding Sequence

<cdnaseq>ttcagaagattaagtgaagaccgattattgcaagacgcgcggcgtcgttgcgttgtaggatcgaggaggagtagcggggatggggcggccaccaatgccaagcacggggggcccgggtttccggttcacgcaggaggaggtggccgagatggagtcgctcctgcggcatctcaacaacggcatcccggacggctccttgatccagtccctcgccgacaggttcaccgcctccgccgcgcgcgccggcaaggtcggcgtccggtccaagcaggtaatagcccgtgtgtctcctttccggtggggaattcgatcgcttatgtccttaattctgacacgttgatccgggccggggttggtgttgcgcgggaggtgtggtactggttccagaaccggaagtactcgcagcgctctaggaactcgaccaagatgctaccggcggcgtctggcgaccacaagtcggccttcgctcgctcctcagttcaaaaatcagtaaagaattctttggagggtggccagctcgagtttgaggcaaagtccgttagagatggtgcatggtatgatgttgctgccttcctttcccatagattgtcccagtctggtgaactggaagtatgggttcgattttctggatttggagctagggacgacgaatggattgatgtccgtacatgtgtgcggcaacgttctcatccatgtgtgtcaaccgaatgtgccgctgttcttcctggggaccaaattctttgcttccaggaaggcaaacatcaggctctgtattttgatgctcatgtccttgatgctcaaaagcgtaggcatgatgcaagaggttgtcgttgcagatttcttgtttgctatgatcatgatgactctgaggaaattgttccactgaggaagatgtgtcgtcggccagaaactgactacagacttgagattctacatgctgctggagcagcaaatgctgctaaagaggctgtggttgattcggtgattgcttag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>FRRLSEDRLLQDARRRCVVGSRRSSGDGAATNAKHGGPGFPVHA GGGGRDGVAPAASQQRHPGRLLDPVPRRQVHRLRRARRQGRRPVQAGNSPCVSFPVGN SIAYVLNSDTLIRAGVGVAREVWYWFQNRKYSQRSRNSTKMLPAASGDHKSAFARSSV QKSVKNSLEGGQLEFEAKSVRDGAWYDVAAFLSHRLSQSGELEVWVRFSGFGARDDEW IDVRTCVRQRSHPCVSTECAAVLPGDQILCFQEGKHQALYFDAHVLDAQKRRHDARGC RCRFLVCYDHDDSEEIVPLRKMCRRPETDYRLEILHAAGAANAAKEAVVDSVIA</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>9735..9857#8381..8500#7681..7824#6263..6314#3745..3820#2348..2791#1933..1966#ttcccgataccgccgcccctctcaccaaattcggtctcctcgttgctcctcctcacaaattagttgcgggaacggattcccctcgatctcctccaagaaaccccttgaatgccgaatcaaatcgtgtggaatcaacgcggttttgagttattattttacggcgaaccttaaccaatccaccgccaaatcctctctggtccgagccgatttcctcaacctttgcctataaatagcagcccctggacctcctcttccgtttccctcttcttcccgagcttttccctaaccctagccgtctccccgcagtcgccttctctctccaactccggccgccgctccagccggtagtagccgtcgcctccgccatctccggtcagtgccgccacctccctccgctccgcaaggttgatctccaccccggccaccggtttccctccgccaaatcccgccggaaggttgccgtcaccgtgaaccagtgggttgttgccacggtttggtctccagccgcgccgttcgtcgtcgtccatcgtcgccttgggtcgccgccgcctccattggattcacagagacgagctctaccccgtccacccctccgttgccaccgctcgtcgccggaaagctgtcgctgccgttgaccagtacctcgccgtcgtcccgatctcgtcgccggccatctcctttgccgctcatcgctgcgtaagtgttggtaaggatcgttgcgtcctcctcttcctccccgtgctatcggtttccgctgtcgtgctgccattcaccggtgtaggtttttccttagggtcttaatccaatctaacataatccattgtctgtctagcgtcgtcgtcatctccgtgtgttgccgccaggtcgttgtcgccgtctctccctctccgatcgctttggtttggtgagacttctatccgtgtaccttcggtttaggttttaatctttcgtttgtgtcgtcgagtagtcgctgccgtgccgcgcttagttgttgtattagcgtcgccgctgcgctagccgtctagccgccattgtgccgctccctgctacagctgtgctgctgctcgtgcgtgccaaattactgccgtcccgctaccgcagccaccgtcttttgtcgctgctgtgccgtgtcgcaacaatatgccgcttaagcctagccgccgctttagcccggtgctcggtagtcgagttgtctagccgtaggtgcatctctaaattcctacagacctatcgtttgccgtatcggggctttgccgtgaatcgtgtctagctcactggtttagtcgcagccgttgttgagtcgttcgcttgttcgttcgaatgaggtgtccccgtgctttgttcgttcgttcgtccgtcctgagtagtcctttagtttagagccgttcggagccgctggttcggttcgccggtttcagttgatcatttgggtgatcccgtgtcacgtagaattaactcgttgagtcggtatcacgtgaggctcgcttgccagatcagtccaagccatccgatcttggtcgacttggtcaagattaatctcagccatccaaaattaatataaatccggttatcccttttcaatggcatattagttctttttactatatgtcgtctactaaattcgttccaataatttccggaggatgctttagtcttatctcagttataaattatttgtaaattgtttaattaatttggaatagtcttttctttaataggtttatttgaattaaatcttgtaaaattcataactaattcatatgaagtcggaattaagtggttcaagtttctaaatttatctaaaatcatgatctacatgtttgtttgctttttatgtactgtttatttggtttttattagtctttttcttcgttttgcgtgttagcttgtcgtttccgtcgttgcgaaggttcgtgagtgcgttggaagtgattcagaagattaagtgaagaccgattattgcaaggcaagtcacacagatcccaaacacaattcctttgagcatgttgatcctatatttaaattctctatttatttcaactgtacatttattttcgaatgtcaccgggtggtgtgaacttattcctttgttatggccaatttgcattgcttaccttattccttgataccttgggttataatttgactagttggacttatataatggttcaattagatattagtataatggcttagatatgcttagaaacattagcacgctattgggatgattaatgctttactatcacttatgattatatttaatagtagctcgcaatgttttcctcggtcgtcatcgtccccgacgccgccgatccaataatcttctcgatctcccttgctgcagacgcgcggcgtcgttgcgttgtaggatcgaggaggagtagcggggatggggcggccaccaatgccaagcacggggggcccgggtttccggttcacgcaggaggaggtggccgagatggagtcgctcctgcggcatctcaacaacggcatcccggacggctccttgatccagtccctcgccgacaggttcaccgcctccgccgcgcgcgccggcaaggtcggcgtccggtccaagcaggtaatagcccgtgtgtctcctttccggtggggaattcgatcgcttatgtccttaattctgacacgttgatccgggccggggttggtgttgcgcgggaggtgtggtactggttccagaaccggaagtactcgcagcgctctaggaactcgaccaagatgctaccggcggcgtctggcgaccacaagtcggccttcgctcgctcctcaggtgacttttcaattgctaataacttgggtgttacttgcgctgtgtacattgtgctactatagttaattagtattgtaaatattcattcgggcattcacgatgttacatgcaaagtaaccttcagaaataaaatattatttttgttctacctttatgtattaggagaagagaaagcaagaaatattgctatggctgactttaagcttaaggcaagagcataagaaatagaaaaattagttcatgtctttaacaacatgcatggtgctctttcatccatgttaaatagagtttttttcatgagtgagtcccagtttaagatcaagaaaagacaataacataaggctgtaggttctatcttatttctctagtgaccttaaatattgaggttgcccttcgcatacttagcactgtttaggggtttagagcgatgaaaaatgcctttgccgtatgtaagattaatttgtgcaatgattcatggcgcgtacgacccttagcatagaaaggggttggttctggacttctggttgtgggtgttaccatgatattatatactagtacgtgttttgctcgtccgtgcaaggtttcttctgcatctgtgttgggctttgcaagctgtgttgttacgctaaagcttgatctgccacaccttttttttcaatctcgaatatcagaagtcagtaatgcatcttaatataactacttatttaaataagattcaacatctttcccgtgatttgttttttcttagtttttgtgtctccttccggagtttgttcttatgattttaaagcgctagtttctatttgcctggagatctttcctaaaaataaaatccctggagatgcaaggttagaaatttcctatgaattatttccctgtatcggttttcccctctccgttgcctcctccaatcttcagcattcttctttatcctgtgattgtttattttgaagttcaaaaatcagtaaagaattctttggagggtggccagctcgagtttgaggcaaagtccgttagagatggtgcatggtacgtacatatatccccttgttcaaaaaaatgattggtattttacattggttcgtgtaattttgctgatagtaccgtacacataattatcaaacctgtgaaagggcacatagcatagtggttgcagtgacatgagtagcaccccaacgttctgagttcaaatctccataagagcgaatttcagattggtttatttgagagctaagttccctatctagtaggctaagagcatcaccaagagcttccttattctattccctatccttaaatttagaaaattttagtcaaaaattacatccaacagattttctaacctatctcccaataatctaggttcccaagtttggatatcttgttacccacattcagggagcgattttttcttcccaatcgccgtcttcgctatctcgcgcgcgcaggggaaaaatattcccgcgctccttttctcgctcttggtcttcctcgcaggcgttagcgacatggtaggggaaggagaagctggcggagaggggaatcaggggagatcaacaaccaacaggcggctctgacagatcgagatggggagatcagcgatcaagagagataggagatcggcttctggcgcgcgtacgggaggagagaaaaaactgatttttttttgttgctgttggttaaaggatggcccacttttaattataggaaatcaattttaggctatctcttcgaaagaatagttttctcacttcctatattcagtttaggatatccaaaaaccataggtttgggaatgaaatattaggatactcttggtgatgctcttaagttcctaatttaagaggctgcatatatccagttggatgtacaggtcgggtaaaaatactcttctctagaaaaaacataattatcaaaaccgagccagaatggcggtatgactgcaataaaccggacataaggttttgattgggccaagccaatctaatcactctataagtttagcacttatagcactactaaggaattgatttttttttcacaagatcccctccaagctccaagcgagccataattatattcacgtgcacaaatatttgaatgcggttcggttaaggc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External Link(s)

NCBI Gene:Os06g0483900, RefSeq:Os06g0483900