Difference between revisions of "Os04g0499300"
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| − | + | Rymv1，抗水稻黄斑驳病毒病基因，编码真核翻译起始因子异构体eIF(iso)4G。 | |
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| + | Rymv1 初步定位于水稻第4 染色体上SSR标记RM252 和AFLP标记E-ACG/M-ACA 之间的3.7cM 区间内(Albar et al.,2003)。后通过发掘新标记、构建物理图谱，将Rymv1 定位在BAC克隆OSJNBa0067K08 和OSJNBa0029H02 之间的160kb 区间内，并最终在OSJNBa0029H02 上找到Rymv1 的候选基因(Albar et al., 2006)。 | ||
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| + | Rymv1 定位在水稻第4 染色体上，对应于日本晴测序图谱的位置(5'-3')在24766929 - 24761516 区间(Rice Genome Annotation Project)。 | ||
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| + | 【基因的克隆与生物学功能分析】 | ||
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| + | Rymv1 包含9个外显子和8个内含子，编码真核翻译起始因子异构体eIF(iso)4G。在IR64和Gigante中，Rymv1 cDNA 编码区长2379bp，编码一个793氨基酸组成的蛋白，其中，第208~435 氨基酸区间对应MIF4G 功能域；第628~740 氨基酸区间对应MA3 功能域。与感病亲本的编码产物相比，抗病蛋白在MIF4G 域发生了3氨基酸的缺失或单氨基酸的置换，这些变异位于抗病蛋白三维结构的表面，暗示MIF4G 域可能参与了蛋白与病毒的交互识别作用(Albar et al., 2006)。 | ||
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| + | 在植物中eIF4E 和eIF4G 形成eIF4F 复合体，而eIF(iso)4E 和eIF(iso)4G 形成eIF(iso)4F 复合体，这两个复合体参与了蛋白翻译起始步骤的mRNA 帽子结构的固定和核糖体的招募。 | ||
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| + | 【备注】 | ||
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| + | 水稻黄斑驳病毒病，主要发生在西非和中非的十多个国家，如肯尼亚。主要由叶甲类(Apophylias spp.)、跳甲类(Chaetoenema spp.)、小叶甲(Sesselia passilla)和非洲铁甲虫(Trichispa sericeas)作半持久性传播，亦可通过汁液接种。 | ||
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Revision as of 08:57, 19 May 2014
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Contents
Annotated Information
Function
Rymv1，抗水稻黄斑驳病毒病基因，编码真核翻译起始因子异构体eIF(iso)4G。
【基因的定位】
Rymv1 初步定位于水稻第4 染色体上SSR标记RM252 和AFLP标记E-ACG/M-ACA 之间的3.7cM 区间内(Albar et al.,2003)。后通过发掘新标记、构建物理图谱，将Rymv1 定位在BAC克隆OSJNBa0067K08 和OSJNBa0029H02 之间的160kb 区间内，并最终在OSJNBa0029H02 上找到Rymv1 的候选基因(Albar et al., 2006)。
Rymv1 定位在水稻第4 染色体上，对应于日本晴测序图谱的位置(5'-3')在24766929 - 24761516 区间(Rice Genome Annotation Project)。
【基因的克隆与生物学功能分析】
Rymv1 包含9个外显子和8个内含子，编码真核翻译起始因子异构体eIF(iso)4G。在IR64和Gigante中，Rymv1 cDNA 编码区长2379bp，编码一个793氨基酸组成的蛋白，其中，第208~435 氨基酸区间对应MIF4G 功能域；第628~740 氨基酸区间对应MA3 功能域。与感病亲本的编码产物相比，抗病蛋白在MIF4G 域发生了3氨基酸的缺失或单氨基酸的置换，这些变异位于抗病蛋白三维结构的表面，暗示MIF4G 域可能参与了蛋白与病毒的交互识别作用(Albar et al., 2006)。
在植物中eIF4E 和eIF4G 形成eIF4F 复合体，而eIF(iso)4E 和eIF(iso)4G 形成eIF(iso)4F 复合体，这两个复合体参与了蛋白翻译起始步骤的mRNA 帽子结构的固定和核糖体的招募。
【备注】
水稻黄斑驳病毒病，主要发生在西非和中非的十多个国家，如肯尼亚。主要由叶甲类(Apophylias spp.)、跳甲类(Chaetoenema spp.)、小叶甲(Sesselia passilla)和非洲铁甲虫(Trichispa sericeas)作半持久性传播，亦可通过汁液接种。
Expression
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Evolution
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Labs working on this gene
Please input related labs here.
References
Please input cited references here.
Structured Information
| Gene Name |
Os04g0499300 |
|---|---|
| Description |
Initiation factor eIF-4 gamma, middle domain containing protein |
| Version |
NM_001059754.2 GI:297602993 GeneID:4336300 |
| Length |
2548 bp |
| Definition |
Oryza sativa Japonica Group Os04g0499300, complete gene. |
| Source |
Oryza sativa Japonica Group ORGANISM Oryza sativa Japonica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
| Chromosome | |
| Location |
Chromosome 4:25344788..25347335 |
| Sequence Coding Region |
25345201..25346256,25346777..25347043,25347116..25347235 |
| Expression | |
| Genome Context |
<gbrowseImage1> name=NC_008397:25344788..25347335 source=RiceChromosome04 preset=GeneLocation </gbrowseImage1> |
| Gene Structure |
<gbrowseImage2> name=NC_008397:25344788..25347335 source=RiceChromosome04 preset=GeneLocation </gbrowseImage2> |
| Coding Sequence |
<cdnaseq>atggagagaagggacaaagaaaggattgtcaaactaagaacacttggaaatatccgtctaattggtgagctacttaagcaaaagatggtacctgaaaagatagttcatcacattgttcaggaactcttggggtctggacctgataaaaaggcttgccctgaagaggaaaacgttgaggctatttgtcagttcttcaatacaattggtaaacagcttgacgagaacccaaaatctcgtcgaattaatgatacctacttcattcagatgaaggagttaacaacaaaccttcagttggcaccacgtctgaggtttatggttcgtgatgtggttgatcttcgttcaaacaattgggtgcctcgacgtgaagaggtaaataaaatcaccctaattaaggccaagacaatcagtgaaattcatgatgaggctatgaagacacttggactacggccaggggcaacaggactcacgaggaatggccgtaatgcaccaggtggtcctctttcccctggtggattcccaatgaatcgaccaggaacaggagggatgatgcctgggatgcctggaacacctggtatgcctggatcaagaaagatgcctggaatgcctgggttagataatgataactgggaagttccacgttctaaatcaatgccaagaggcgactctcttcgtaaccagggtccgttgcttaataagccatcatctattaacaagccatcatctattaactccaggcttcttcctcatggaagtggagcactaattggtaagagtgctcttttgggcagtggtggtccaccatctcgcccttccagccttatggctagtctcactcatacaccagctcaaactgcaccatcaccaaaacctgtaagtgcagctccagctgttgtgcctgtcacagacaaagcagccggttcttcccatgagatgccagctgcagttcagaagaagacggtatcccttcttgaagagtattttggcatacgtattctggatgaagcacaacaatgtatcgaggagcttcagtgtcctgagtactactctgagattgtgaaagaagctatcaatcttgctttggataagggtcccaacttcattgatcctcttgttaggctgctggagcatctgcacgccaagaaaattttcaagactgaggacctgaaaactggatgcttactgtatgcagccctgctggaagatattggtattgaccttcctctagctccagccttgtttggtgaagttgttgcacgactgagtttgtcgtgtggcttgagctttgaagttgttgaggagattctaaaagcagtggaggatacatacttccgcaaaggaatttttgatgctgtcatgaaaaccatgggcggaaactcttcaggtcaggctatattgagctcgcatgctgtggtaatcgacgcctgcaacaaacttttgaaataa</cdnaseq> |
| Protein Sequence |
<aaseq>MERRDKERIVKLRTLGNIRLIGELLKQKMVPEKIVHHIVQELLG SGPDKKACPEEENVEAICQFFNTIGKQLDENPKSRRINDTYFIQMKELTTNLQLAPRL RFMVRDVVDLRSNNWVPRREEVNKITLIKAKTISEIHDEAMKTLGLRPGATGLTRNGR NAPGGPLSPGGFPMNRPGTGGMMPGMPGTPGMPGSRKMPGMPGLDNDNWEVPRSKSMP RGDSLRNQGPLLNKPSSINKPSSINSRLLPHGSGALIGKSALLGSGGPPSRPSSLMAS LTHTPAQTAPSPKPVSAAPAVVPVTDKAAGSSHEMPAAVQKKTVSLLEEYFGIRILDE AQQCIEELQCPEYYSEIVKEAINLALDKGPNFIDPLVRLLEHLHAKKIFKTEDLKTGC LLYAALLEDIGIDLPLAPALFGEVVARLSLSCGLSFEVVEEILKAVEDTYFRKGIFDA VMKTMGGNSSGQAILSSHAVVIDACNKLLK</aaseq> |
| Gene Sequence |
<dnaseqindica>1080..2135#293..559#101..220#tacattcaagcgtgtgctgttgaacaattgtcaggaagcatttgaaggtgctgagagcctaagggctgaaatagcaaaattgactggccctgaccaagagatggagagaagggacaaagaaaggattgtcaaactaagaacacttggaaatatccgtctaattggtgagctacttaagcaaaagatggtacctgaaaagatagttcatcacattgttcaggtatgcattagcaaattggtaataaagttattattattcaggggtagcttgtctaatctgttctatatgcaggaactcttggggtctggacctgataaaaaggcttgccctgaagaggaaaacgttgaggctatttgtcagttcttcaatacaattggtaaacagcttgacgagaacccaaaatctcgtcgaattaatgatacctacttcattcagatgaaggagttaacaacaaaccttcagttggcaccacgtctgaggtttatggttcgtgatgtggttgatcttcgttcaaacaattgggtgcctcgacgtgaagaggtaaataaaatcaccctagtgttttattttagttatcttttatacatgcattgtctttctttcataatgacgttagtctcttggttgtaccgaggtgctgctatgagtactttggtcaatggctaccaaattctagcaccatagttatctgtagtggctctttaactgtgagcttattagataaacatgcatgctcatgtgggaatggcaagcaatcgccagtgctatgaaattgcatatatttatttagaatcaacgggtttgtctattgctttgtacacccctatattaataagagaatggccatgtttataatccatatttgaaataattcatcagttcaccgttttgactatacattgaagcattctgtttggtaccataatgttgtttctggcttacactaaatttaatgccaagtatggcttcaatgtttttgttcccactcttagtttgctgtttgtattagcaatcactggttagctggatttataaatttattatccattctgagttttgtgatgcttgcaatcttcagattaaggccaagacaatcagtgaaattcatgatgaggctatgaagacacttggactacggccaggggcaacaggactcacgaggaatggccgtaatgcaccaggtggtcctctttcccctggtggattcccaatgaatcgaccaggaacaggagggatgatgcctgggatgcctggaacacctggtatgcctggatcaagaaagatgcctggaatgcctgggttagataatgataactgggaagttccacgttctaaatcaatgccaagaggcgactctcttcgtaaccagggtccgttgcttaataagccatcatctattaacaagccatcatctattaactccaggcttcttcctcatggaagtggagcactaattggtaagagtgctcttttgggcagtggtggtccaccatctcgcccttccagccttatggctagtctcactcatacaccagctcaaactgcaccatcaccaaaacctgtaagtgcagctccagctgttgtgcctgtcacagacaaagcagccggttcttcccatgagatgccagctgcagttcagaagaagacggtatcccttcttgaagagtattttggcatacgtattctggatgaagcacaacaatgtatcgaggagcttcagtgtcctgagtactactctgagattgtgaaagaagctatcaatcttgctttggataagggtcccaacttcattgatcctcttgttaggctgctggagcatctgcacgccaagaaaattttcaagactgaggacctgaaaactggatgcttactgtatgcagccctgctggaagatattggtattgaccttcctctagctccagccttgtttggtgaagttgttgcacgactgagtttgtcgtgtggcttgagctttgaagttgttgaggagattctaaaagcagtggaggatacatacttccgcaaaggaatttttgatgctgtcatgaaaaccatgggcggaaactcttcaggtcaggctatattgagctcgcatgctgtggtaatcgacgcctgcaacaaacttttgaaataatagccccttggcagccttggcatatcaaccttttggatgctgtgcctagccaaaacagcatcgtgtattctctatagcttaggtgtttcaccccagaggaactctcgtactggagatgtgagcaacagccagttttgtgctgtatatttttgcaaggtcagatgagtgttcattattgtttcgacaacgaaggaaagaaagaagccatggattttgctatcgggtgacagcttaattcgctggagcctgagatgaacaaggcttaatgtggtatttttgtgtccctttattagttcttttctgtgcgtacacattttgtaacaatgtactatggttttggagtattctgttggtttacaatatatcgtgtcattgtagcggtcaaattttgatacctaattctgaggtttgct</dnaseqindica> |
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