Difference between revisions of "BGIOSGA003516"
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Revision as of 18:24, 20 July 2012
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References
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Structured Information
| Gene Name |
BGIOSGA003516 |
|---|---|
| Description |
Putative uncharacterized protein |
| Definition |
Oryza sativa Indica Group BGIOSGA003516, complete gene. |
| LocusTag |
OsI_01918 |
| Ensembl Transcript ID |
BGIOSGA003516-TA |
| Ensembl Protein ID |
BGIOSGA003516-PA |
| Length |
11345 |
| Source |
Oryza sativa Indica Group ORGANISM Oryza sativa Indica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
| Chromosome | |
| Location |
Chromosome 1:16400896..16412240 |
| Sequence Coding Region |
16400896..16401003,16401715..16401816,16402713..16402856,16402962..16403042,16403134..16403203 |
| Genome Context |
<gbrowseImage1> name=IndicaChromosome01:16400896..16412240 source=RiceIndica01 preset=GeneLocation </gbrowseImage1> |
| Gene Structure |
<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome01:16400896..16412240 source=RiceIndica01 preset=GeneLocation </gbrowseImage2> |
| Coding Sequence |
<cdnaseq>ATGGCGGCCGACCCCGCCGTAGCGTCCGCCGTGGCGGCGATCTCCGCCGTGATGGACTGGCGCTCCTCCCCCGACGCCCGCTCCGCCGCCTTCGCGTACCTCGAATCGGTTAAGACAGGAGATGTCCGGGCATTGGCGAACACATCATTTCTATTGGTCCGAAAGGACCAGTCTTCAGAGGTCCGACTGCATGGTTTCAAAATGTTGCAGCACTTGGTGAGATTGAGATGGGAGGAACTCAGTGTTGCAGAACGAAATGAATTTGCTAATTTGACTGTTAATTTGATACCTGAGGTTGTTGGTCCTCATGAGGAGTGGGCTTTGAAGAGTCAAACGGCTGCATTAGTAGCAGAGGTAGTTAGAAGGGAGGGAGTTGCTTTGTGGAATACTTTACTCCCATCTATTGTTTCGTTGTCAAACAATGGTCCTATTGAGGCTGAGTTAGTTGCCATGATTCTGAGGTGGCTTCCAGAGGATATCACTGTTCACAATGAGGATTTAGAAGGTGATAGACGTAGGGCATTGTTACGTGGCCTTACTGAGTCGTTGCCACAAATCCTGCCGCTGTTATATTCTCTACTTGAGAAACACTTTGTAGCTGCTTTGAGCGCGCACACGAATCAGCAAATGGAGTTGGCTAAACAACATGTTGGGACAATAACTGCTGTGCTGAATGCTGCCAATGCATATGCTGAATGGGCTCCTGTGACAGATCTCGCCAAATATGGTTTAATTCATGGATGTGGATCCTTGTTTTCTTACAGTGATTTTCGTCTCCATGCTTGTGAATTCTTTAAAATTATATGCCAGAGGAAACGGCCTTTGGATGTCGCGATTGTGGAGTATGATGCAGCAATGAGCAACATTTTCCAGTTGTTGATGAACATTGCACAAGATTTTTTAGTGAGATCCAAGATGCAGCCCAACGTTATTGATGATAATGAATACGAGTTTGCAATGTGTATTTGTGAGACAATGGTTGCTCTCGGTTCTTCTAATATGCAGTGCATACTAGCTGATGTAGCAAGGACTTTGCACTTCCTACAACAGATGCTGGAATATTATCAACACTACAAGATCACGCTTCATTTCCAATCTTTATTATTTTGGCTGGTGGTCTTGAGAGAACCATCAAAAGCTAAGTCTGTTGCACGTGTTTCTAGTGACACCCCTGCTGCCGGTAATTCTGCATCTACTGGTGGTGGTTCAACTGAAAGGGAGAAGAAAGGGGTGTCAGTATTAATCACTGATGAAATGTACAGTACAATTTTGGATGTTACGTTCAAAAGAATGCTTAAAAAAAGTACGAGTGCATCTTCAGGGCTGTTAGAACTATGGAGTGAAGAGCTAGAGGGGAAGAGTGACTTCTGCAACTACCGTGCCAAGCTGCTGGATCTCATAAAAGTCATTGCATCTCAAAGGCCTGGTATTACAGCAACAAGCATTGTACAGAGAATAAACATTGTATTTGGAGATGCTAATGAAGCAACGAAATCATCCCAGGATCTTGATGCAATGGAAGGTGCGCAGCTGGGGCTGGAAGCAGTTGTTAGTGCTATATTCGATGGCTCATCTGATTATTCAAAGATTGACCAGGACACAAAATTCCAAATTCACAGGATCTTTGAAGGCTTACTTCAGCAGCTTCTTTCTTTAAAGTGGTCACAACCAAATCTTGCTGTTATTCATGGTCACTATTTGGATTCTTTGGGTCCTTTCTTGAGACATTACCCAGATGCAGTTGCCTGTATTGTGAATAAGCTTTTTGAAATATTAACATCTCTCCCCATCACAATTCAGGACCCTTCAAATAATTTCCGTCAAGCTAGACTGCAGATTTGCTCATCATTCATTCGTATATCAAGAGCTGCTGATAAAGCACTTCTGCCTCACATGAAGAACATTGCTGATACAATGGCTTATCTTCAAGGAGAGGGTCGCTTACTACGTGCTGAGCATAACCACCTCTGTGAAGCGTTTCTTGTCATGGCATCCTCTGCAGGGATTCAACAGCAACAGGAAGTCCTGGCTTGGTTACTAGAACCTATCAACAAAATGTGGACGCAAGTGGAATGGCAAAATGCATACTTGTCTGACCCATCTGGCTTGACACACATGTTTGCTGACAGCCAATTTATGTGGTCAATTTATCACAACATCACATTATTTGAGAAGGCACTCAAGAGGGGTGGGTCCAAAAAATCTGCAGCAGCTCCACAAGCACTGGCCACAACAGTGCTGTTGCGATGCATACATATGCTTTGGGCCGAGCCCTTTTCTCAGTCTCTGGCAGGAGAAGTCAAAGCGGCAAAAAGCATGACTGTGGCGGAGCAGACCAGCCTTCTTGGGGAGACAAATAAACTCACCAAAGGCCAGGTTGCATCTGCTGATGGATTGTTGGATGTTCAAAGGGAGGGAGAGTCTAAGGAAAACACCATAAGGAACTGGTTACGCGGGATCCGTGACAGTGGGTACAATGTTATAGGACTATCGGCTAGTCTTGGGGATCCATTTTTCCGATGCATAGAGGGTTCCTCCATCACTGCTGCTCTTATGGAGAACGTGCAAGCTATGGAATTTCGGCATTTGCGCCAACTTATCCACCTTGTTATTATTCCTTTGGTTAAATATTGCCCTCCTGAACTGTGGCGGATGTGGATATCGAACCTTTTACAGCCATTATTTGTCCATTGTCAGCAAGCTCTTGATTTCTCTTGGTCCAGTCTTCTTCGTGAGGGCCGGGCTAAGGTTCCTGATAATTTTGGTAATCTTTCTGGGTCAGATCTGAAGGTAGAGGTAATGGAAGAGAAATTGCTTAGAGACTTGACTCGTGAAGTATGTTCCGTTCTTTGGGTTTTAGCATCACCAGGCTTGAATAGTGGTCTTCCATCCTTAGAACAACTTGGACCTGCCAACCGGATTAATTCTTCTCTTAAGGATCTGGAGTTGTTTGTTTCCAGCTCTATCACTGGATTTCTTATGCTTAATGTCTCCACTGCTGTTCCTGCATTGAGGATAACTGTTGAAGTGTTCAGTTGGACAGATAGTGAAGCAGTCACAAAAATTATTCCTTTTTGTGGTGCATTGATTCACCTTGCTGTTGCAACAAATCGGGCTGAGTTGAGTCAGTTTGTTGCGAAAGATCTATTTTCTTCTATATTACATGGCTTATCTGTTGAGTTGAATTCCATTACGAGTTCAGAACTTGTTGGACTTTGTCGAGAAATATATATCTATCTCTCAGATAGAGAACCCGCACCTAGACAGGTTCTTCTGTCCCTCCCACACATGAAGCAGGAAGATTTGCTAGCCTTTGATGAGTCTTTGAGCAAAACTGCAAGTCCAAAAGATCAAAAGCTACTTATGCGAAGCTTACTTTTGCTTGCTTCAGGGAACAAATTGAGAGCTCTTGTTGGTCAAAAGGCTACTAATGTTATTACCAACGTTACAAGTGAGAACTGA</cdnaseq> |
| Protein Sequence |
<aaseq>MAADPAVASAVAAISAVMDWRSSPDARSAAFAYLESVKTGDVRALANTSFLLVRKDQSSEVRLHGFKMLQHLVRLRWEELSVAERNEFANLTVNLIPEVVGPHEEWALKSQTAALVAEVVRREGVALWNTLLPSIVSLSNNGPIEAELVAMILRWLPEDITVHNEDLEGDRRRALLRGLTESLPQILPLLYSLLEKHFVAALSAHTNQQMELAKQHVGTITAVLNAANAYAEWAPVTDLAKYGLIHGCGSLFSYSDFRLHACEFFKIICQRKRPLDVAIVEYDAAMSNIFQLLMNIAQDFLVRSKMQPNVIDDNEYEFAMCICETMVALGSSNMQCILADVARTLHFLQQMLEYYQHYKITLHFQSLLFWLVVLREPSKAKSVARVSSDTPAAGNSASTGGGSTEREKKGVSVLITDEMYSTILDVTFKRMLKKSTSASSGLLELWSEELEGKSDFCNYRAKLLDLIKVIASQRPGITATSIVQRINIVFGDANEATKSSQDLDAMEGAQLGLEAVVSAIFDGSSDYSKIDQDTKFQIHRIFEGLLQQLLSLKWSQPNLAVIHGHYLDSLGPFLRHYPDAVACIVNKLFEILTSLPITIQDPSNNFRQARLQICSSFIRISRAADKALLPHMKNIADTMAYLQGEGRLLRAEHNHLCEAFLVMASSAGIQQQQEVLAWLLEPINKMWTQVEWQNAYLSDPSGLTHMFADSQFMWSIYHNITLFEKALKRGGSKKSAAAPQALATTVLLRCIHMLWAEPFSQSLAGEVKAAKSMTVAEQTSLLGETNKLTKGQVASADGLLDVQREGESKENTIRNWLRGIRDSGYNVIGLSASLGDPFFRCIEGSSITAALMENVQAMEFRHLRQLIHLVIIPLVKYCPPELWRMWISNLLQPLFVHCQQALDFSWSSLLREGRAKVPDNFGNLSGSDLKVEVMEEKLLRDLTREVCSVLWVLASPGLNSGLPSLEQLGPANRINSSLKDLELFVSSSITGFLMLNVSTAVPALRITVEVFSWTDSEAVTKIIPFCGALIHLAVATNRAELSQFVAKDLFSSILHGLSVELNSITSSELVGLCREIYIYLSDREPAPRQVLLSLPHMKQEDLLAFDESLSKTASPKDQKLLMRSLLLLASGNKLRALVGQKATNVITNVTSEN</aaseq> |
| Gene Sequence |
<dnaseqindica>1..108#820..921#1818..1961#2067..2147#2239..2308#2428..2498#2588..2751#2830..2901#2998..3235#3610..3672#3755..4030#5019..5132#5260..5386#5475..5644#5903..6001#8904..9007#9115..9349#9539..9771#10008..10508#10584..10878#11151..11345#ATGGCGGCCGACCCCGCCGTAGCGTCCGCCGTGGCGGCGATCTCCGCCGTGATGGACTGGCGCTCCTCCCCCGACGCCCGCTCCGCCGCCTTCGCGTACCTCGAATCGGTCCGTGTGCCGCCACCCCCTCCCTTTCTCGTCTCAACTGCTGTGGATGCTCTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAATGGTAGGGTGGGGAGCGCTTTGGTGATGCTTCGCTAGGATGCTTGTTGTTTAGCTTTTTCCTAATTTTGTGTTCTACTATTTGTTTTTACGGGTTGATGGGAATATTGATGCAACACGGCCATTTTTTCTGTTGATTGTATATGTATTCAACAATCACGAGCTTTCACGAGTTTTGATCTTCGTCAATTTGCACACGATTGGTCTATAAGTGAACTGCCCACACTTTTCCATTTGCTGAAGCATTCAACTCAATATGATTTTAGAATACTGAAGCATGCAAGAGGTCTCCACTTGGAATGCTGGCTGACGAAATTAAATGAAAGGTTGCAGTTCACTTCTTTTCCATATCTGAGGTCTGAGGGAACCTCTATGTGAGAGCGATTGTTAGAAGTATTAAGTGAATTCTTCGCCCTTCTCTAATCAGCTTAAGCTCTTTGGTGAACTAACTGGTGCATTCAACTCAATATTCTAATCTCTACTCTTTCAGTTATAGTGTGTAACCGTTACTGCTCTGATTAGTTAGTTCATTTCATGGATAATGTTTTTGCACATTTTCGCTGGTATAAGAAAAATCCTGTGTTGCCTCCTTGTCCCAAATGTAATGCCATTGTTTGACAATGAGACTTTTGAAATGCAGGTTAAGACAGGAGATGTCCGGGCATTGGCGAACACATCATTTCTATTGGTCCGAAAGGACCAGTCTTCAGAGGTCCGACTGCATGGTTTCAAAATGTTGCAGGTGCGCTTGTTGTAGCTTGCTATGCCAAACAGTATCGGCATACCAGTTAATTGCCAAAAGCTACACCACACAATTGAATATGATCTGAAATCCAGAAGTTCTTTTTTTCTAGTGATCAGCATGCTGTTTTGACTTCCTTACTAGAATCAATCACATGGCCAATCGAACATATGATTGACCATATGGTCTAAACTCCTTGTTTCTAGTAAATCATGTACATTTGGTATGCACTTTTCCTTGTAGGAACATGATTCTTCTTATCACTAATAAATTGCTCCATCTTGCTTTTGTTACTAATATCTACAGCAGCTCATTTTTACCATTGGTGTGTTAGTGCTTTTTCTCACTTCTACTACTCAACTTTTAACCAATTTCAGCCTCCTTCGACCTACACCATCTGACCCCCTTCCTCGAACCAGTTGATCTATTTTCATGGTGAACGTGACTAGGATATCCTTCCAGGCTGAGACCTTTTTAGGATGAATGACCATTCTCAAAAGAAAAGGGCCAGTCATTATTTACCCTCGTAAACATGACACCTCATTTCCATAGCAGTACACATCTACAATTGTTAGTGCATCGCAGAAAGTATTTTCTATAAAAAGAAAAACCACTAGTATGGTCAACTTGATTTTCCACTGTTAAAAAAAAAATCTTACATACGACGTGAGTTTTCCATTTAGAACCGTTTTATCAATCTCACAGTCATTGCCTCAGCAATGCTTGTATTGTAATTCTCTTAGAGCTCTAAACTTGATATCCTGTGATGACTGTGGCCATAATGCATTATTTACTGCTATTTCGGTGTATGAAAAATATTTTTCTCTATTAGGAGCTATTATCTTCTTGTATTTTAGTATGGTCATAACTAATGGTTCTGTTGGTAACTTTTACAGCACTTGGTGAGATTGAGATGGGAGGAACTCAGTGTTGCAGAACGAAATGAATTTGCTAATTTGACTGTTAATTTGATACCTGAGGTTGTTGGTCCTCATGAGGAGTGGGCTTTGAAGAGTCAAACGGCTGCATTAGTAGCAGAGGTCCCTTACATGGCTATTCTCATATACTTTTGTTGAAACCTTTGTACTGCGACAATATTTGTTTCTTTTGGTACATTCTTTTTTAGTGACCGTCTTATCTTGTAGGTAGTTAGAAGGGAGGGAGTTGCTTTGTGGAATACTTTACTCCCATCTATTGTTTCGTTGTCAAACAATGGTCCTATTGAGGTATGCTCCTTGCAGCTTTGCAGCTTTTTTCTGTACCTCTACCAGTCGATATATTAAATTGCATTTTATTTTCCTTCCCTATAACTGTTAGGCTGAGTTAGTTGCCATGATTCTGAGGTGGCTTCCAGAGGATATCACTGTTCACAATGAGGATTTAGAAGGTAAATTCTATTTGCTTACTTCTCTGTCCTGATCACTTGAAACTGTATTCACTTGAAGTGTCAAACTCCAAATAGAAACTTTGTCTTTCTCCTGTTAAATTGTTAATTACATGCAACAGGTGATAGACGTAGGGCATTGTTACGTGGCCTTACTGAGTCGTTGCCACAAATCCTGCCGCTGTTATATTCTGTAAGTTTTTCCTTTATTTGTCGAAAAACGGAGGCTCGTCATTTTTACAACATACTAATGTAAGCATCTTGTAATGTCTCATTTTGTAGCTACTTGAGAAACACTTTGTAGCTGCTTTGAGCGCGCACACGAATCAGCAAATGGAGTTGGCTAAACAACATGTTGGGACAATAACTGCTGTGCTGAATGCTGCCAATGCATATGCTGAATGGGCTCCTGTGACAGATCTCGCCAAATATGGTTTAATTCATGGGTCTGTTTGCTTGAATTTTTCTTCCATGTTTGGATGGCTTTCTTTCCCCTTTATTTTACCAGCAATTCCATTTTGCAGATGTGGATCCTTGTTTTCTTACAGTGATTTTCGTCTCCATGCTTGTGAATTCTTTAAAATTATATGCCAGAGGTACTGAGAGGCTGATGCATTTTTCTTAACCTATATTTCATTCTGTCGGCACCTTTTCTGATATGTTATTGGCTTGTCCAATGCAACCTAGCTCAGGAAACGGCCTTTGGATGTCGCGATTGTGGAGTATGATGCAGCAATGAGCAACATTTTCCAGTTGTTGATGAACATTGCACAAGATTTTTTAGTGAGATCCAAGATGCAGCCCAACGTTATTGATGATAATGAATACGAGTTTGCAATGTGTATTTGTGAGACAATGGTTGCTCTCGGTTCTTCTAATATGCAGTGCATACTAGCTGATGTAGCAAGGACTTTGCACTTCCTACAACAGGTGCGCAGTTCAAAATACACTTCTCCATATATTTCTTACACGAGATTAATGCTTAATGCTGCTGTGCAGCACCTTCTCCTCTAACTATTTAGTAACATAAAGTTTAGTTACTACTACCTCCATTCCACATTATAAGACATTTTGGCCTCTCCATCACTCGTCTAGATTCACTAAAGTACATATGAATTTGGACACATATATGAAGCACATACATGGATCCATGCACTGATCTATTGAAAACCCAAAACATCTTATAATATGAAATGGAAGAATTAACTGATTCACGTGTGCATGCCTAAAATTTCATAACACCATAGTTTGTCGTGTCTACATGTTGCATCATTCTAATGTTAATTTATTTTGTTTCCTCATAGATGCTGGAATATTATCAACACTACAAGATCACGCTTCATTTCCAATCTTTATTATTTTGGCTGGTATACCTCTGGTCTCTTCTTGCATAGTTAACATCAATGCAATACCATTTTTACTTAGAATGTTAACATGAGCTATGTGTAGGTGGTCTTGAGAGAACCATCAAAAGCTAAGTCTGTTGCACGTGTTTCTAGTGACACCCCTGCTGCCGGTAATTCTGCATCTACTGGTGGTGGTTCAACTGAAAGGGAGAAGAAAGGGGTGTCAGTATTAATCACTGATGAAATGTACAGTACAATTTTGGATGTTACGTTCAAAAGAATGCTTAAAAAAAGTACGAGTGCATCTTCAGGGCTGTTAGAACTATGGAGTGAAGAGCTAGAGGGGAAGAGTGACTTCTGCAACTACCGTGCCAAGCTGGTAGGTCTTGTTTTCTCCTGACATGTAAAAACTGTAGTTGCTGTTGCCTCTTGCTTAACATTCAACAATTTCATGAAGTTGCCTCATTCAGTCGTTATATCCTTGGAAAAAATTAAGAAAAACTACTGACACTTATTTTGGCATGCAAACCTGATGTATCACAACACAAATATCAGTCCAATTGCACTCAACTTTTCTGGAATAGCCTCGCAAACACCATCTGACATCTACAGCTTTAGTCCTTGGGTTGTGTTCTACATTTGGTTGGTCCCTTGGTTGATGTGTATGTTAGACAAGGATATTGAGAGAGTTCAGACACACATGTTGTTGATCAACATCCACATAATTTCAGCTGTTTAGGAGCCAAGGGACACGGGACATCGTGAGTGCCTGCCTGCCTGCTACTTGGAGAGTTTGCCTGTTATCATAGAGCTTGTTTAGGTTCTTAAACTATTTATCAACTAGAGCAAGCAAACTGCCAATCTGCTTGGTCAGTTTGTTACCAATTGCAATCAGCATGTTCTTTGTTTGACGCAGAGCAGCAAATTCTCTGGCATTCATCAAGTTCTATGCTGCAATTTGTTTTAGTTCAAAGTGCAAATTTTCCTCAGTCGAATCTGATTTTACTTTAAGTGCAAGTTATTTGTTGAGGCACTGGAGCAGTGCTGCTCACCGAGGCAGCCACATAAGTTCATGGGTATGCCTATTAGGTATTCTAGCTGAAT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