Difference between revisions of "BGIOSGA004278"
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Revision as of 18:29, 20 July 2012
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Expression
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Evolution
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Labs working on this gene
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References
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Structured Information
| Gene Name |
BGIOSGA004278 |
|---|---|
| Description |
Putative uncharacterized protein |
| Definition |
Oryza sativa Indica Group BGIOSGA004278, complete gene. |
| LocusTag |
P0421H07.11 |
| Ensembl Transcript ID |
BGIOSGA004278-TA |
| Ensembl Protein ID |
BGIOSGA004278-PA |
| Length |
8652 |
| Source |
Oryza sativa Indica Group ORGANISM Oryza sativa Indica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
| Chromosome | |
| Location |
Chromosome 1:32371367..32380018 |
| Sequence Coding Region |
32371367..32371483,32371572..32371656,32372216..32372318,32372442..32372526,32373057..32373140 |
| Genome Context |
<gbrowseImage1> name=IndicaChromosome01:32371367..32380018 source=RiceIndica01 preset=GeneLocation </gbrowseImage1> |
| Gene Structure |
<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome01:32371367..32380018 source=RiceIndica01 preset=GeneLocation </gbrowseImage2> |
| Coding Sequence |
<cdnaseq>ATGGCTTCGCATTACCAGGCTGCCACCTTGATCGCGTCGCCGTCGTACCCAAATGCAATCGCTTGGTCGACTGAGAACCTGGTGGCTGTTGCCTCTGGTCACCTTATCACTATCCTGAACCCATCTGCACTGGAGGGGCCTCGGGAACTGGTTGTTCTTCGTCCTAGCGACCCATTTCCCATAGGAGTGGTTAACAGAGAAGATCTCTTTGAACCATGTATAATGGCCACTTCCTTAGCACGTGAAACTGAATTATGCGCTCGATCTATTTCATGGTCTCAACAAGGGTTTTCTCCTAACTCCGGTTGTCTGTTGGCTGTTTGTACTGTTGATGGTCATGTAAAGCTTTATCGGTCACCATTTTGTGAATTCTGTGATGAATGGGTTGAGGTTGCAGATATATCTCGATTGCTGTTTAAGTTTTACAAAGGTATAGAATTTGGGGAAAATGATGGTCCTAGTTCACTTCCTCAGGAAAAAGAAAATACTGAACAAAACCAGCAAGTCATGTGTATTGGTAAACTGCAAGAGCCTCTTCTGAGCATGGGTACAGAACGGAGAAAAAGGAAACCAGCAAGATTTGAAGGTTTTGTTTATCATGAGGATAATGGTGGCGTAGATGCTCCAAAGGATGCGGACTTTTTATTGGATCCAATCTCTAATTTAAAGAAAAAAACATTGAAGAAGCGCAGTGTAGATGCTCCAAAGGATGTGGACTTTATATCGGATCCATCTAATTTAAAGAAAAAAACATCGGAGAAGGACGATGTAGATGATCCAAAGGATGCAGACTTTTCATTGGATCCAATCTCTAATTTAAAGAAAAATACACTGAAGAAGGTCACGAGACCTGGACTTGACTATGCTGTCAGAAATGGTCAGGGCAACACTCAAAATATTCAGACACCATCATACTGCAATGGAGAAGACAAATCTCTCCCACTTATTACGGCAAAACAGTATTCATGTCGTGAAGCACTTTTGTCTTCTCTCGTAGTTGCATGGTCTCCAGTTCTACCATCACCTGACAGAAGTTCTTATTTCACGGGAAATTGGTGCATTCTTGCTGTTGGTTGCAAGTCTGGGAGTGTTTCCTTTTGGAAAATACACAAACCTGAATACTACACAATAGACATCGGCATGGTTACTAGAGATCCAATGCTGATCGGGGTTGTTCAAGCTCATTTATCATGGGTCACTGCCATAAGTTGGGAACTTTTTTCCTCAGGCTCTTCAAAACCTTTGTTGCTTTTGGCAACTGGATGCTCAGATGGAAGCTCAAAGATATGGCTGGGTGATATTGAAGGGTTAAATCAATGTACATGCGCAAAAGAAGTGCCCTTGACATTAGTGGCTGAGGTCACTACTGATTCATTAGCACCAGTCTCGTCAATCTCATTATCTGCACCAGCTCAGCATCAAGACTCAGTTAATCTGGCAATTGGAAGAGCATCTGGGTCACTAGAAGCATGGTCGTGGAACATATCTGGTAACAAAATTCAGAAGATTCATGCATGTGACGCTCATGATCAAGTGGTGACAGGTCTGTCATGGGGTTTTCATGGGCATTGTTTATACAGCTGCAGTCAGGATAATTCTGCACATTGTTGGATGTTCAACGAAAAACATCTAGAAGAAATTCCTCTGCACACAGATGGTCCGGAGCTGAAAGAGTCCGTAGATCTCACAGAAGTATCCGATCGATGTTATGGCCTTGCACTAGCACCTGGAGAACTAATGATTGCTGTGGTGCGCAGCTTGGACTCAAACTTGTTAAATCAGATGTATCAGGCCAGGACACAAAAGGCAGTGATTGAGTTCATTTGGATTGGTGGTCAGTTCCTTGGTATTCCATTGGACAATAGCGTTATCCTCAGTCTTCAGTCTGCCGCCTTATCTGAGACTAATTTCTTGTGGTGGGGATCCAACATTTTTTGGTCACTGAAGAAATATGAGAATTGTGAAACAGTGCTTGTCTTATGGGATCTCATTGCTGCACTACAAGGGTTTAAGAAATCTGCACCTACCTTTCTTGAGACATTGATGCATAAATGGGTGTCAGAAAAAGGTAATGATGTAATGGCTGATTTGTGGAACAATCTTCTGGTAAGAAGTGAAAGGGAGCTGCAAGAGAGGCTTGTGGCTTTCACTTTTGCTGCTGTCCTCAACCGAACAGCATATTTGCTCAAGGGTGCCCCTGCTGAAAACAGCTGGTTTCCTGTTGGAGTTGCCCAGATGGACTCTTGGGCATCCATGAACGATGGAGAAGTGAGGGATGAGCTCAAATTTCTTAGAACGAGGATCAATGATCTAGGAGACAGGATCAACTCAGTGTGCGAGTACTCAGTTGAAGAATACTGCACCTACTGCAAGGCACCAGTCCCCTTCGAGTCCGCAGATGTTGCCATGTGCAGTGGTAGCAATCCTGCTACTCCCCCAGCTGAAGCTCACAAATTGTCAAGATGCACAGCGTCGATGCGGCTGTGCCCTGTTCTTCAACCAACATGGCACTGCGCGTGTTGCGGGAGGACGGTCGACAAGCTGCTGCCGGAAATATTCTTCACCATGCCCACATCATTTTGGGATGTCACTCATGGTAACGAATCGCTTGATTTATCAGCGCCGGCCGTCCCATTTTGCCCCTTCTGCGGCATACTGCTGCAGAGGATAAAGCCGGAGTTCCTTCTCTCTGTCTCACCGGTATAG</cdnaseq> |
| Protein Sequence |
<aaseq>MASHYQAATLIASPSYPNAIAWSTENLVAVASGHLITILNPSALEGPRELVVLRPSDPFPIGVVNREDLFEPCIMATSLARETELCARSISWSQQGFSPNSGCLLAVCTVDGHVKLYRSPFCEFCDEWVEVADISRLLFKFYKGIEFGENDGPSSLPQEKENTEQNQQVMCIGKLQEPLLSMGTERRKRKPARFEGFVYHEDNGGVDAPKDADFLLDPISNLKKKTLKKRSVDAPKDVDFISDPSNLKKKTSEKDDVDDPKDADFSLDPISNLKKNTLKKVTRPGLDYAVRNGQGNTQNIQTPSYCNGEDKSLPLITAKQYSCREALLSSLVVAWSPVLPSPDRSSYFTGNWCILAVGCKSGSVSFWKIHKPEYYTIDIGMVTRDPMLIGVVQAHLSWVTAISWELFSSGSSKPLLLLATGCSDGSSKIWLGDIEGLNQCTCAKEVPLTLVAEVTTDSLAPVSSISLSAPAQHQDSVNLAIGRASGSLEAWSWNISGNKIQKIHACDAHDQVVTGLSWGFHGHCLYSCSQDNSAHCWMFNEKHLEEIPLHTDGPELKESVDLTEVSDRCYGLALAPGELMIAVVRSLDSNLLNQMYQARTQKAVIEFIWIGGQFLGIPLDNSVILSLQSAALSETNFLWWGSNIFWSLKKYENCETVLVLWDLIAALQGFKKSAPTFLETLMHKWVSEKGNDVMADLWNNLLVRSERELQERLVAFTFAAVLNRTAYLLKGAPAENSWFPVGVAQMDSWASMNDGEVRDELKFLRTRINDLGDRINSVCEYSVEEYCTYCKAPVPFESADVAMCSGSNPATPPAEAHKLSRCTASMRLCPVLQPTWHCACCGRTVDKLLPEIFFTMPTSFWDVTHGNESLDLSAPAVPFCPFCGILLQRIKPEFLLSVSPV</aaseq> |
| Gene Sequence |
<dnaseqindica>1..117#206..290#850..952#1076..1160#1691..1774#1903..2006#2798..3059#3254..3690#3911..3992#6189..6365#6436..6489#6916..7008#7088..7153#7268..7314#7441..7706#7863..8121#8268..8652#ATGGCTTCGCATTACCAGGCTGCCACCTTGATCGCGTCGCCGTCGTACCCAAATGCAATCGCTTGGTCGACTGAGAACCTGGTGGCTGTTGCCTCTGGTCACCTTATCACTATCCTGGTATGTGTGGTTTCATTGCATTAGTGTATTCGAACCATGTTGTCCTCCTCAGGAGTTATGACTGTTCATCTTGTGTTTTTGATTCTAGAACCCATCTGCACTGGAGGGGCCTCGGGAACTGGTTGTTCTTCGTCCTAGCGACCCATTTCCCATAGGAGTGGTTAACAGAGAAGGTACGGTTTCCAGTGAAACACATGAATTTGTGCTGCATTCCTTTTGCTTTTCACGTGTTATCAGTTTAGACGGATAATATGATTGCCGAAGTGGAGTGGAAGAGATGCTCGGTGTTAAGTTTCTTTATGTTAGCACTGCATAGTAAGAAAAAATGATTGGGACAGCTTGAGTTTAGCAGTTTCTTTAGAGTTCTGTCAACAACTTAAATGTTATGGGTGGCTGTTGTGCTTGAGATCACGGTGGACAACTCCAAATGATGATAAATATCATCAATATGTACACTTTGCTTTCTTTAAAAATTATTAAGCAATGCCTTAGGCTAATTGCATGTGAAGATGCAATTCAACAATATGCATCCAGAAGTTACGCTTTCTTAAACATCAATTCAGCAGTGTGGATTTGAGTTCCTACAAAAATAAAATTGTAATTTTAATATGTAATTATCTTGATTACATGAAATTTTTGGCAGTCAACTTCTCTTGTGACAAACTGAAAAGTAACACTGGACATCGATAGAAGGTGCGCACCAGGAATCAGTTTTTATTGCTTATTTTGCAGATCTCTTTGAACCATGTATAATGGCCACTTCCTTAGCACGTGAAACTGAATTATGCGCTCGATCTATTTCATGGTCTCAACAAGGGTTTTCTCCTAACTCCGGGTATGTCTTTTTTTAAGTCGTTTCATCACATCATTTTTGTCTCTCTCTAGATTTATTCTTCAGCACTACTAGGTTCATTTGCTTATCTGGCCTCTGTACTTTTTTTTCCCTATATGGATTCAGTTGTCTGTTGGCTGTTTGTACTGTTGATGGTCATGTAAAGCTTTATCGGTCACCATTTTGTGAATTCTGTGATGAATGGGTTGAGGTAAGCATGTTCACCTAATGTATTATTAATTTAGTTTATTGACTAACTTAATTTGTATAAACATTGATAGCTGGGCAGCTTGATTGGCCTGCCAAATTCCTGTTATGCAACAGTAATTTGTTCCATGTAGGTCCAATTTGCCATGTCCCATGCAACCATGCAGCCCCCTACATTATTTTTTCACTATCTAAGAATTTGAAAACATATTGGACAGGCAATGCAGTTAAAATAAGCTTAACAATCACTGCACCACCTAGTAGACATTCAACCGTTTGTTCAGTACTACTTCTGACTTCGATTACAGACAAAAGAAGATATTCTTTTTGGCAGTTTTGTTTGTATTTCTCTGTGTTTTTCTTGCTGTTTGTCATGTCCCTTCCTTTTCCTTTTGCCATTAGATAAAATATTTATTTTCATTCACCACTTGTAATCATTTGAACCTATCAGTTACATATGCTTAGGATATCTCAGGGTGTATGTGTTCTTTAGTTTTCTCATATTCTGCCTGTCAACTTAATCTATTGGTCTAGGTTGCAGATATATCTCGATTGCTGTTTAAGTTTTACAAAGGTATAGAATTTGGGGAAAATGATGGTCCTAGTTCACTTCCTCAGGTATTCTCCCATCCATCCACTCTATCACCAGTGTCTCCCTTTCATTGGTTGCCTCAGAAATTTTTTTTTTGTGAGGCAGAAATATATGTTATTGAGTTAACTTACAGAAAGTTTGTCTTCTGTGTCAGGAAAAAGAAAATACTGAACAAAACCAGCAAGTCATGTGTATTGGTAAACTGCAAGAGCCTCTTCTGAGCATGGGTACAGAACGGAGAAAAAGGAAACCAGCAAGGTGAGTCACACTCTTCTGTTTGCTGGCCATCAAAGTTTAAGATAACAAGATGGTCCAAAGGGGTTAGTTCAAGAAATAAGATGATGGGTTCTATGCTTACAATTTGATGTATGATAATGAGTGCCTAGAGTCGTTCAAAAAAAGATAATGAGTGCCTAGAAGTATAAAATGTATTTACCAGAGAAAGATCTATGCTTAACACTGGCAGACTGGCCTAGTGCACTTACTTGGTTTCTCTGGTGGTACATTGTCAATGGGTAAATATTCTGCATGTGCTATTTGAATCAGGTTTAATTTTAGCCAGGGAAAATTGAAGATAATCTCCAACAAACTGAAAATGGCAATGATAGCAACTCAGTTTCCCCTTTCCTGACAGTCTTTGACTTAGACGAGCAGACAAATGTGTCAAGGATTGCAAAAAGGCCATTTTATTTTCTATCATTAGCTGGCGAGAGGCTGCTTATAATGTGGTTGTATAAAGTAATTCTTTTTTCGTTTGGCACGACACACTTGCCATGTGTGGTTTTGGAATAAGATTGATAATTTAGAGGCTCTTGTTTGCTAAATTTTACGGTTGAAGTACTGAATTACTGACGATTACTGGTAGAAAAACTGTAGTAAGTATTTGCTATGGGTTGTTGCTAAGCTTATTATAGGATGCCAATTGTTCATATGTCAACCTATCCGCCACTGACTAATGCCTTCCTTTTCGCACTAACTTTATTTTGCAAGAAGCTATTTTTGGCCTATAATCGTATGTTAGGTCTGAATTATTTTGTTTCATTTTTTAGATTTGAAGGTTTTGTTTATCATGAGGATAATGGTGGCGTAGATGCTCCAAAGGATGCGGACTTTTTATTGGATCCAATCTCTAATTTAAAGAAAAAAACATTGAAGAAGCGCAGTGTAGATGCTCCAAAGGATGTGGACTTTATATCGGATCCATCTAATTTAAAGAAAAAAACATCGGAGAAGGACGATGTAGATGATCCAAAGGATGCAGACTTTTCATTGGATCCAATCTCTAATTTAAAGAAAAATACACTGAAGAAGGTAGGATTTACATGTTCACATTTAGGTTAAAGTCCCCAGTGTATGCCCATTAGTTGTTAACATTAAAAGGTAAACCTTGTTTCATAACTAAGGAGAGAACTATTTGTGCTGTTAAATCACACTTGCACATAGCCTATTTTATATGATTTTTTTTTCTTTGGCATCCTGTATCTTTTACCTGGTTGTGATTGTAGGTCACGAGACCTGGACTTGACTATGCTGTCAGAAATGGTCAGGGCAACACTCAAAATATTCAGACACCATCATACTGCAATGGAGAAGACAAATCTCTCCCACTTATTACGGCAAAACAGTATTCATGTCGTGAAGCACTTTTGTCTTCTCTCGTAGTTGCATGGTCTCCAGTTCTACCATCACCTGACAGAAGTTCTTATTTCACGGGAAATTGGTGCATTCTTGCTGTTGGTTGCAAGTCTGGGAGTGTTTCCTTTTGGAAAATACACAAACCTGAATACTACACAATAGACATCGGCATGGTTACTAGAGATCCAATGCTGATCGGGGTTGTTCAAGCTCATTTATCATGGGTCACTGCCATAAGTTGGGAACTTTTTTCCTCAGGCTCTTCAAAACCTTTGTTGCTTTTGGCAACTGGATGCTCAGATGGAAGGTCAGTACAACTTCCGTCACCACTGTAAAGGATTTTACATTTTTGTCATACTATGTGACAGCTAACTTTTGAATTTGCTCTTCCATGGTTCCATCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCGACAATTTAAGCATAAACCACTAAAATTGTGATGCTTCCTTAATCCTCCCAAATACCTGTTTTACTCAAAACCTTTCAAATTCGTTTTCTGGGGTTTTTTCAGCTCAAAGATATGGCTGGGTGATATTGAAGGGTTAAATCAATGTACATGCGCAAAAGAAGTGCCCTTGACATTAGTGGCTGAGGTACATAATTACCATTACCCTGTGTTGTCTATTGATATACATATTTGATTCGATATATGACTAATATCCAATATTCTATTAATAAAACTAGCTGGGTAGCCCGCGCAATTGCGCAGGTATCTAGTTGTCTTAAGATTTTGAAAACCAAACTTTATTGTCCCCTTGTTTCTATATTATTTTTATAGTTTTTTAAAATCACACCAGTTGCCACCCTTACTTGTGTCATCCCCTTCTTTATTTGCTTGCTCGATCTACCACTATTTCTATTCATTCTCTCAGAACCTTTAAAAATTAAGCCTTATAATTTCTAGAGTTTATTGTCTCATTGGTTCCATTTTTATAATTTTTAGAAGTCCCGTCAAATGCTGCCATTATACTATTCTGCGGCCCGTCCGTTGCCTCCGCTTTTATTGTCATTGGGATTTTTAAAAATCAAACATAATTATTGTTTGGGTTTATTTTTTTTACTTTATAGAAGTCCAGCCAAACCGCCAGCGGCTTTGTCACAGTACTCCTCTACGGCTCGCCCGCTGCCTCTCCTCTTTATTGTGATTGAGATTTTAAATCGAACATTATCATCATTGTTTTTTTTTTTACTTTTTAGAAGTTCCGAACCTACTTTTTAGAGTTTATTATCTCGTTGGGTTTTATTTTTATAATTTTTAAAGTCCCGTCAAATACTGACACTATACTCCTCCGCAGCCTGTCCGCTGCTTTCTCTCTTTATTGTCACATTGGGATTTTAAAAATAGAACATAATTATCATTTGGATTCTTTTACATTCTAGAAATTCTGTCAAACCATAAGTGACTTTG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