Os03g0454100

From RiceWiki
Revision as of 19:37, 22 July 2012 by 124.16.129.48 (talk)
Jump to: navigation, search

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Function

Please input function information here.

Expression

Please input expression information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this gene

Please input related labs here.

References

Please input cited references here.

Structured Information

Gene Name

Os03g0454100

Description

TMS membrane protein/tumour differentially expressed protein family protein

Version

NM_001057011.1 GI:115453750 GeneID:4333235

Length

7004 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os03g0454100, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 3

Location

Chromosome 3:20154837..20161840

Sequence Coding Region

20155038..20155339,20155419..20155659,20156600..20156774,20156861..20156972,20158306..20158545
,20161618..20161801

Expression

GEO Profiles:Os03g0454100

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008396:20154837..20161840 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008396:20154837..20161840 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgtggtgcgcctcgtgcctggcgtccgcctgcgcgggctgcacctgcaacctgtgcgcgtcggcgttgtccgccatctcccgccgctccgctcgcctcgcctattgcggcctcttcgcggcctccctaatactctccttcctcatgcgccagttcgccacgcctctcctcaagcaaatcccatggataaatacgtttgattatacacaaccggatgaatggtttcaaatgaatgctgttcttcgtgtcagccttgggaacttcttgttttttgcaatatttgctctgatgatgattggtgtcaaagaccaaaatgaccggcgtgatgcatggcaccatggtggctggattgcaaaaattgttgtctgggttgttctcatcgttcttatgttctgtgtgccgaacgttgttattactatttatgaggtactgtcaaaatttggatccggcttgtttcttctggtgcaggtcgtgatgcttttagacttcacaaacaattggaatgactcatggattgagaaggatgagcaaaagtgggaaattgctttgttggtagtaactgtggtttgctatctctctacatttgccttctctggtttgctcttcacgtggttcaatccctctggtcatgattgtggtctcaatgtgttcttcattaccatgaccattattcttgcttttgcattcgccataattgcgttgcacccccaggtcaatggaagtgttatgcctgcttctgttatttcagtttactgtgcatacctgtgttacactagtctctcgagtgaaccagatgactatgcatgcaacggacttcacagacactctaagcaggtttcaatgagcgctcttatactcgggatgctcacaactgttctctctgtcgtgtactctgctgttcgtgctggatcttccactacatttctttcgccaccatcatctcctagatctggaatcaagaatcctttacttggtgatgataacgtggaggcggggaaaagcaacagtaaagaaattgatgcgcgccccgtgagctattcatatacattttttcacgttatctttgctcttgcaagtatgtattcagccatgcttctgactggctggacgagcgctgcttcagacagctcggagctgatggatgttggatggacaactgtttgggttcgcatctgcactgagtgggctacggctgcattgtacatctggacccttgttgctcccctgctatttccagaccgggacttctcatag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MWCASCLASACAGCTCNLCASALSAISRRSARLAYCGLFAASLI LSFLMRQFATPLLKQIPWINTFDYTQPDEWFQMNAVLRVSLGNFLFFAIFALMMIGVK DQNDRRDAWHHGGWIAKIVVWVVLIVLMFCVPNVVITIYEVLSKFGSGLFLLVQVVML LDFTNNWNDSWIEKDEQKWEIALLVVTVVCYLSTFAFSGLLFTWFNPSGHDCGLNVFF ITMTIILAFAFAIIALHPQVNGSVMPASVISVYCAYLCYTSLSSEPDDYACNGLHRHS KQVSMSALILGMLTTVLSVVYSAVRAGSSTTFLSPPSSPRSGIKNPLLGDDNVEAGKS NSKEIDARPVSYSYTFFHVIFALASMYSAMLLTGWTSAASDSSELMDVGWTTVWVRIC TEWATAALYIWTLVAPLLFPDRDFS</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>6502..6803#6182..6422#5067..5241#4869..4980#3296..3535#40..223#tagcggaagagccgccggggcaccggagattaggaggacatgtggtgcgcctcgtgcctggcgtccgcctgcgcgggctgcacctgcaacctgtgcgcgtcggcgttgtccgccatctcccgccgctccgctcgcctcgcctattgcggcctcttcgcggcctccctaatactctccttcctcatgcgccagttcgccacgcctctcctcaagcaaatcccatgtacgtgcccaccaccactcccctcccacatatcccatccccttccttatcttgttagtaatctggtcctgattcctcttgatttcaagggttccccttctctaattgtgactgcatgttgtaattgatgtttttttaatgtagttgtaataggaggctttggctattttacactactgatttgatttggggaattctcgggtgcttcacagtcattttgctttctgatggcatgcaattctgaaaacaaattgaggatccatttttgggacagccatgtgtatggaatagtgaatttgttcttgttaccagcgtcgtgtaaacttaaaatgggagaggagttgccaacatgtcataacgttttataaattgaaactgaggtatccacatgttattgtcatttgtaactagaatgatacggatctatgttagcccccctagtagagtgaattctagaaaatcccaggtattatagtctaagttgcataaaactagaaatgttttggcatgtgacacataaccctaggtattatggttttagtttcacaaaacctcacttttaactaatttgagttgctactataacaaaataaagaatgcttaactaggtggctaattgatcaaaagaatacataaattccatatttgattttagaactcataagtatggtggtcaaagatcaattggtcaaaggtgtggttttatgaaacactagaaccataatacccagggttatatgccatgtgctccttgtgattttgtgtaactatgacataatacaaggggtatgtgaattttgctctagaaactctgaagcatctgtgcttgaacataaacagttgataggtcaaatggacatattcacaaggattatgtgaaacccttatgtttgttactacctccgtcccaaaatatagagtttgggttatacctctacgttttgtaaccaagacacgggtaaattctccaattggtggtcaaggacagtgaatggcttgcagaaaagcaaggggctcaactcgttgattattttggtcacttgggagatttggaatcatagaaacatttgtgttttcaatggagcaaaccctagtgtggtgaatgtgctccatgctgtgtccagtgaggccacgctttggtgtttggcgggagctttgaacttcgaagctccaagacctgttgtctaaggcttgtagttcttgcaccctaggcaggttggcatgtgttatctttgttcttagagtgggcgtgtgttgtgttcctataagactttcaattgatgggtgttggggtttgtttaaatcctacatcccagccttcctttctatcttttaatgaaacgatgcgcagatctcctctgcgtgttcgaaaaaaataagagttcgacacgggtattaagaaagtatgtggaattaattggggagatattgtgattggttgagaagaggaattatgaagataatttaaatggtggaaggttgtgattggttgattggttgagaagaggatgtatgagagagattgttatattttgggacaagttttgaatgctataagttgttatattttgtgatggagggagtagcttttagtgcatttcttactttgatatactaaataagaggttctcttccaatattattctttgacaaaactcagatgcagatgcaaaggtgaatttccaatcctatccccgcttatgggattagttttcatacctccctctgtagagaggtacttcccaagtagtgggagactgggatgtataataccttccttccaaggaaaggagaacacatacatgaatagcagttttcttaatccagttctttacaaaaatggatcacaacagccaacttcacatataaaatgaatataaaatttcgaccatcagatgtgataaacttgaactttactcacaaccttctggacagaagaattatatatattcataataagttaatatatataaaatcacgatgcgatggacctctgtaatatcaaaagaaaattagtttacttttcttagaataaaacgagcagtcgttgtttactcattttgtctaatatgaaggaaaaggggaaggttgttttgttatgcaccgagggctgcaatctgtggattttctcaaataaccacaaagattgagaagctatgagttggcatgatatcttttctttcagttagcttgtaaatgcttttgtagtaacattgaatttattattgtgtgcacagcaaaggcataattgcggagtgctagaatggacatacatgtttctagttcattattcagtagtcttgtttaaatttaggcatgtccagtggatacttagggatatttggatggatataaacaagtcatgtagcagtgaactgaggaataatggctctagaatccttcctatataggatacggattttagttttagaggatttggggtcccctactacccaagaattgtatttgtcgatgtgttttcttatcttaatagtaaacaacattttactgtaatgtatttactgcactggatttgtatttctgtgtaatattaatagtaatattctcatattactagtaattcaggagtatttgtgctttatggccctaaacttgtgccggaatttcacatgggtctctgaagttgagaattgcatatttagggcactaaatttgtaggtataaatcttatgttctggtagccagaactcatgggctatagtaagtgaaatctcttctattgtttacctatattcgacattattgccatccgctgaaattctttcgagacggtaggtagctctagttacaacatgccaaaacaataaatcattggcattgaccaaatattttcatcaatgtgaataacattgcttatttatgtagctgggtgctatattgtgatatggggaatgtgttttgtgtttaaaactattgaagtttcaagagttcttttggtcaattttaccattgagtcttggacttgtagcaattaaaaggaaccattgatgcattgattttcagtatcatataagcgggctaaaatttgaagtgaattgcactgtattgcagggataaatacgtttgattatacacaaccggatgaatggtttcaaatgaatgctgttcttcgtgtcagccttgggaacttcttgttttttgcaatatttgctctgatgatgattggtgtcaaagaccaaaatgaccggcgtgatgcatggcaccatggtggctggattgcaaaaattgttgtctgggttgttctcatcgttcttatgttctgtgtgccgaacgttgttattactatttatggtaagctttttatttgctaatcatctatacgtgtgatttactgtacacccattattctttcccctttctctgttggcgtgctactattaatgtaaagaaagttctggttgggtgagcgatggcaatggttttggccttttggtgcgggtaagtaagttgttaggtgggcagtgtgggtgactgggaaaatattgcagaaggaaatgcacctgttttccctataaccagattttggaaaaggaaatcttgttaaattgagttacttagttttaactaagccagtaacgagctggtggtgagctctggtcccaatgctaaaattgcatggagagagtgcctatttacccaaaatagaaaggtatatgcagacttgtttttgaataatgttagatacatatgtaatttttttagttggctattactttcatgcatatgcaacagtagttcttgtaccctggattaaaaccatccaacagacagcagtccatgtcatgatggaagattatctaaactctagaatttagaatttttaattaaatcgtaagcaccgtatataatcttttttgcctcactatacacctggttttggcaatgctttcgttttgcaaccctcgactgttattgcagtttaaaccacccgaaacaaattaggggtaaggtctggtccaactcagtccagccagacacatgttatgcgatatggccaatcttctctagaatgcatctgcaagcaaaattaggtatggctgattactcctagtgtgcttgagcaagcgtacagtgcaatgctcagtgaaatgtggaacaaagtgaaatacaaggcacaatgcttggagcatcagcaaattgcaatttactccaagaattttaattgttcggtaggtaacaaggtccaataattgttgaaagctaatgcattgaaaccctgaaacaagcctaaatttgcatggttgttattcttctagtaacaaaaggatgccaagataattacacagtgcagtgttgattagctttagttctaatctatttctatttaagaatttgaattatattagtttgttaggcctctgtttggtacaactccaacttcaactatttgggggttggatatctctatctcaaagaaaatcttcgagtttagctgggactataatagggttgttagggtaagacatgttaaccttgttgcagttaattgttggttcacacaacatgaacctcctttttatattcccagatattagtaccacgttttcattggttcttatgaaccagttatcaacttatcatcatgcctcttgtgtttctctaatttgaagattgtccattgcagaggtactgtcaaaatttggatccggcttgtttcttctggtgcaggtcgtgatgcttttagacttcacaaacaattggaatgactcatggattgagaaggatgagcaaaagtggtgtgcacgctagtcaccatccaatgattcttgaaccaaaaaatttctttcctatcactaattctggtatgttaatcttcatgtagggaaattgctttgttggtagtaactgtggtttgctatctctctacatttgccttctctggtttgctcttcacgtggttcaatccctctggtcatgattgtggtctcaatgtgttcttcattaccatgaccattattcttgcttttgcattcgccataattgcgttgcacccccaggtgacacttctacccacttcaagtattctcatgatgcgctctaattgtattttttggtttaactagctataaatgcccgtgcttgcaacataaattaagtaattacttagatcatgatatgttttagagcctcaaaagcaaaagaaaatcattcttgctgatcataagctcgcatttataaaataatttgtacatgtatgtggagctaaacattaaactacaccgttgcttctaataatagaaaatgaatctaaattattcatattctactaatgtcatattttattgtagttttattttcccaccatttggttcaaataaatactctacccattttttctaacttgctacggcacccctccccactattcccaggccccaaacgacggcaatggtggtggtggtggtggtggtggcagaacgataaccaccactactctcttttgaacgtagtatagacattgagcatgcaccattccttatgggtatactaggacaaagtatgaagaatattcacatatgtgttttggtaaccatcacctattagtaatagctgccaagcagataaatttatttaaacaacacaatataaaaatgtttagtaatgttgctcagatgtacttcctatccatatttgtaactcgatgacagtctgctgtattcagtcttgtcagtttgcatagtgaacctgaactgcatttagttcattcctgttgatattttgtgattctaataatcctatcaccaactatggatctgctgggtccactcatatttttctactgggtcataatattgattacgcttatgtttacatttataacagacgtgggattgaattgaatgcctctgatgaaacaaatatcaaatacattagttatctcctgctttcgttggttcctgaagaaataatgtgaacttgtaatgtttccttgcccaggtcaatggaagtgttatgcctgcttctgttatttcagtttactgtgcatacctgtgttacactagtctctcgagtgaaccagatgactatgcatgcaacggacttcacagacactctaagcaggtttcaatgagcgctcttatactcgggatgctcacaactgttctctctgtcgtgtactctgctgttcgtgctggatcttccactacatttctttcgccaccatcatctcctagatctggtacgtaactgccaattaccaaatacccagtctccatctgtgtgcatgctggctatcttgctaatcaacaatgcaataggaatcaagaatcctttacttggtgatgataacgtggaggcggggaaaagcaacagtaaagaaattgatgcgcgccccgtgagctattcatatacattttttcacgttatctttgctcttgcaagtatgtattcagccatgcttctgactggctggacgagcgctgcttcagacagctcggagctgatggatgttggatggacaactgtttgggttcgcatctgcactgagtgggctacggctgcattgtacatctggacccttgttgctcccctgctatttccagaccgggacttctcataggcatgtcaagcattgttaaaaacgtggttaaaccatgaaattatatatatatatatgtttgtgtgtgtgtatgtacgtacgtacgtacgtacgtacgtacgtacgttattcgttgtgggaagccagtagttatgtataaagtccttattgacatgtacgccctcccgtttttttaaatatttaatgcaatttgatttttgg</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os03g0454100, RefSeq:Os03g0454100