Os03g0571700

From RiceWiki
Revision as of 19:38, 22 July 2012 by 124.16.129.48 (talk)
Jump to: navigation, search

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Function

Please input function information here.

Expression

Please input expression information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this gene

Please input related labs here.

References

Please input cited references here.

Structured Information

Gene Name

Os03g0571700

Description

Similar to TRANSPARENT TESTA 12 protein

Version

NM_001057056.1 GI:115453840 GeneID:4333288

Length

9984 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os03g0571700, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 3

Location

Chromosome 3:21532827..21542810

Sequence Coding Region

21533064..21533135,21533269..21533355,21533451..21533569,21537420..21537658,21538477..21538533
,21538661..21539123,21542690..21542765

Expression

GEO Profiles:Os03g0571700

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008396:21532827..21542810 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008396:21532827..21542810 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgggtacggagagcgatcagtacccggcgcacctgtcgtcgtcggcgactgtcgccgggcatggcgacgacggcgagtccccggagatcgccggtgccgcccgcctctacgtcgtcggcctcatcccgcagatcttcgcctatgccgccaacttcccgatccagaagttcctgcaggcgcagagcatcgtggcgccgagcgcctacatctccgcggccacgctcgccgcgcacgtcgccctgagctggttcgccgtctacaagcttggcctcggcctgctcggcgcctcgctgatcctcagcctcagctggtgggtcatcgtgctggcgcagttcgcgtacatcgtcgtctccgacaggtgcaggctgacgtgggccggattctcgtccaaggcgttctccggcttgccggagttcctccagctgtcggccgcgtcggcggtgatgctttgcctcgagacgtggtacttccaggtcacggtcctcatcgccggcttgctcaaggatccggagatcgccctcgactctcttgcagtgtgcatgtcaatatcaggatgggtgttcatggtgtcggttggcttcaatgcagcagctagcgttagagtgagcaatgagcttggtgcgggcaacccgagggcagcagcgttctccgtgaaggtggtgacaagcctgtcgctgatcgtggcggcaatcatagcagcgattgtcatgtgcctccgtgagtaccttagttacgtgttcacgcagggcgaagaggtcgcccgtgctgtttccagcatgaccccattgctcgctgttaccatcgtcctcaatggaattcagccagtcctgtcaggtgtggcggttggatgtggatggcaagctttcgtggcatatgttaatatcggatgttactacatcatcggtgttccgtttggttgcgttcttggatttcactttgatttgggtgctatggggatatatggtggaatgatcgtcggattgtttgttcaaactctcattcttgtttatgtcacatttcgtacagattggaatagagaggtaggagaagcaaagaagaggctcaacaaatggggtgacatagcgaagccacttctcgctaacgaagattga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MGTESDQYPAHLSSSATVAGHGDDGESPEIAGAARLYVVGLIPQ IFAYAANFPIQKFLQAQSIVAPSAYISAATLAAHVALSWFAVYKLGLGLLGASLILSL SWWVIVLAQFAYIVVSDRCRLTWAGFSSKAFSGLPEFLQLSAASAVMLCLETWYFQVT VLIAGLLKDPEIALDSLAVCMSISGWVFMVSVGFNAAASVRVSNELGAGNPRAAAFSV KVVTSLSLIVAAIIAAIVMCLREYLSYVFTQGEEVARAVSSMTPLLAVTIVLNGIQPV LSGVAVGCGWQAFVAYVNIGCYYIIGVPFGCVLGFHFDLGAMGIYGGMIVGLFVQTLI LVYVTFRTDWNREVGEAKKRLNKWGDIAKPLLANED</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>9676..9747#9456..9542#9242..9360#5153..5391#4278..4334#3688..4150#46..121#cacacatatcgccgtgacgtgcacgccagctcgccgtcggcgaccatgggtacggagagcgatcagtacccggcgcacctgtcgtcgtcggcgactgtcgccgggcatggcgacgacggcggcagcagcacgaggaggagggaaggggcggcggcgggtggtggtggtgggcatgcggcgagtgccgagctggagcgcatcctggcggacgagtcggtgccgtccgcggcgcggctggcgcgcgcggcgcccgtggagctgcggctgctggtggcgctcgcggcgccggccgtggcggtgtacatgatcaactacgccatgtcgatgtcgacgcggatcatctgcggccagctcggcacgctggagctcgccgccgcctcgctcggcaacgtcggcatccaggtcttcgcctacggcctcatggtacgccatgctaactactatacgtagtagtacatatatattttcagtagttgcatgatcctcctatcatggaagaataacgtaatattggtcgattggggtcagattttatcagattgaatatcaaatcaaatcaaataagaataaagagtaggcccgaacctgaaaaccggcctttatattacaaaaattgattctttcaatttggatttgtattggtgttgccttacacaattttttcttgactttattacctttttatttttgcgattggctttcacaaagtataaaacgtataacgtataactcatagtatcaaatgtttggatatctatttacaagggggttgcataggtgctttgataattcgattagtatgcataataatataactcatatttttaaccactagagcaaatcaacaagctctcaattagacacacatcatgtggctgattcgagaaatgactgattaatattccctccgttttatactataaatcgctttagttcttgaaagtttgaccaaacttataaaaaaaatataacaatatttatagcactagattaattttattaaatataaaattgaatatattttgataacttctttattttatgttgaaaatattgctatatttcttttataaaactaaatcaaagttaaaaaagtttgatttagaaaaaagttaaaaaaaacttatgaaatagagatagtatatttgaatatcgacaaattaaattactagttatttctttcggtgcgaataagatcaaggagtgtcggaagtaaaattttattaaattatcttcacatcaaactgttccttgtattgtgttgttcggttcttgttcctattttgcaagggaccgagaagagagattcctatgggtgcaaccggaataatgctttgcatttaattaacttcttttagccgtcagaccaaattaatgcgaacggataatagcgatcgctgtattagagcaagtttagggccggttcactttaatgctattttcaatcataccattttttaaaaagttataaaaaatgtgacgtttaatttgttaccaaaattggtaaatacataagaaatcatgcttaaattttggcaatattacaatcttgccaaaatttaggcattgacaaaatttggtaaggtttattttagctactatctgaacatgcccttaataatataatgaattactagctccaaaaaatagtaaatcatttataactaacttaatagcctataaatacaatagttaactataaatctgtagaccgcttttcctctctacctcttctctttcctccatataagagcaaggctaataatatagccagctgcttactttatagatctttatagcctatctcttagccaactcatatagtggttagctctcttaactattaatatatggtccacctgtcactctcacagatttttttggttcctgtgccaaagccagctataagcttaccacccgcttttcctttttctcctctcctctctcatccacctcagcattaagccttcttatctcatccacctcagcattaagccttcttatagccttcctcagcattaagccttcttatagccttctattatacttgctctaagcacaaatataacgtggtaacatcaataacctgcttaatgatatcatcttattgtacttgttcttaatattctatctgtaagttaacaacgcggttaacacaacagtatacccaacaaataatactatcaatacagtaaagtggatgcagctctctgctttactactagggctatgtttagatccaaagtttggatccaaacttcagtccttttccatcacatcaacatgtcatacacacacaacttttcagtcacatcatcttcaatttcaaccagaatccaaactttgcgctgaactaaacatagtctacacattattgtcatgagaagggaatatatatacctcccttgaagggacaggttggaaagaaaaaaaaattcctttacactagacccaatcatttaattttttttctagacactacaaatataatatatctcagaatatgagaaaaacataggggaacttctacaagtaagaaacaataaaatcaagaaattaccattaaaatttgcctaaactgaatataatagatggcaatgaaactcagctataaggttttgccagttataaggtgacaacagaagaaaaggaaaacagttaaaaaaatccgcaaagccatcctagtattaataagttcattttaagtttttcttttcttaaatacccttaccaaccctcacctactcactcaataatattattttcctattaataatgggcacattggtttttcgctccatcttgttttcaacatctaaggtacaaggtcaaagattaagttaatttaagacatttgtaacataaaacaaaagaagtcatatggtacacagtattatcacttgaaacttgatggagaaacatgtcatgcgtgaggatcaagggcactcaaagatggagcgagagaatcagacaacaagaagcgtacatattgtcatattgatatgaccagctacagagagcgccacttttctcgttttcagatgcctgcgcagaattctgtttcttgctacagctagccatatataccttacctgttttcagatgcctacgcagaattctgtttcttgctaactatttagatcgtgcatacacgtgaaataaaacgccactcaaaagtcaagtgctctctgttgctaattaagtggtgctaactgctaagcaccatgcatgcacacacataagcttctccatgttctaactttatgcaacaaagtttcaaaaagaaaaactttacataaaaagcgattttagagtccttaagaagtctacggtgacaaagcctagataccaattgccgtcaaaagaaaaaaaaagcctagataccaacctttgtgttataatacatggtatcgatctctttgagttttaagagctggagttgataaatattttactagtaattcaattattttaatataagttttaaaaaaaattatccaataaacaatgcgctgcagcttggcatgggaagcgcggtggagacgctgtgtgggcaggcgtacggagcgcacaagtacgacatgctcggcgtgtacatgcagcgttccaccgtgctgctcaccgccaccgccgtcccgctcgccgtcatctacgtcttctccaaggagatactcatcctcctcggcgagtccccggagatcgccggtgccgcccgcctctacgtcgtcggcctcatcccgcagatcttcgcctatgccgccaacttcccgatccagaagttcctgcaggcgcagagcatcgtggcgccgagcgcctacatctccgcggccacgctcgccgcgcacgtcgccctgagctggttcgccgtctacaagcttggcctcggcctgctcggcgcctcgctgatcctcagcctcagctggtgggtcatcgtgctggcgcagttcgcgtacatcgtcgtctccgacaggtgcaggctgacgtgggccggattctcgtccaaggcgttctccggcttgccggagttcctccagctgtcggccgcgtcggcggtgatgctttgcctcgagacgtggtacttccaggtcacggtcctcatcgccggcttgctcaaggatccggagatcgccctcgactctcttgcagtgtggttagtaaagtacagtatcacattcagttaatcatccaataatgcaacctgatgaggatgaagtgtggtgcgtgatcgatgcttgatcttaatgccactgataatgatcttcaaattattcttccagcatgtcaatatcaggatgggtgttcatggtgtcggttggcttcaatgcagcagctaggtaattgtgtaattctctcttctaaggaccaggcattgacacttaaccaacaacgtgtgtacagtagtggacacatgcatcgtttcaatcataaatagtgaaatcaattacattccatcgagtaagtgagatcgagatgcttttttttatgcatgtgaacatatatccaacaaacttcctaattaatgtcacgtcttactgccatttggaggtctcatcaatccctatagggtcccaagtggttaggtatcgatatggatctgcacgtacattgcattttacccaggtgcatgcaggggtgggtcaggacgatatcccaacaaagcgagatttagtacctccatagtacatgtttatgtacttatggatctgcaaattgatataagcttaaagtgcatcatctcacaatctcaattgtactactaaatggaactcatttatatatattatggccctgtttagatccatttgaaatggcaaatggcaaatgacaaaagttttggtggcaaaagttttggtattgcaaaagtactgattggtgtttagatgtatcctaaacttttgtcattctagcactaaagtgagagagagagaaagagagagggagtggtcccaaaacactttttggcacaatttgctactatggactagcaaatgccaaatgccaaattgccaagttttactactagtatttagatccaaaatggcaaaaagtgctttaaaatggcaaattgctacttttgccatttcgaaggatgtaaacagggtctatgtacttacttcctaagtaataatgtatacggtgtttaattgtgcagcgttagagtgagcaatgagcttggtgcgggcaacccgagggcagcagcgttctccgtgaaggtggtgacaagcctgtcgctgatcgtggcggcaatcatagcagcgattgtcatgtgcctccgtgagtaccttagttacgtgttcacgcagggcgaagaggtcgcccgtgctgtttccagcatgaccccattgctcgctgttaccatcgtcctcaatggaattcagccagtcctgtcaggtacgtatctagtatatatcctcatttctcgcttgtccttaatttaatttgatattgaccggccagctatctaccaccggcacgtgaatgtcgagtttcaatgtgtattgtttttatatatttttagaaactttagtttaattcctgctaaaatggaatatagctagtataacaataaattattgtcttatatatttattgagttagatgtcgacatacaataatctaggagtaaaaaaatatgtatacctcagtccctaaaagacttcttattgaagtatttgttagttcattgcattgtcgcatgcataacaagtaaaagaaaataaatagttagttacttaagcagtcagataatcatatttacaaaatatggactgcatacgacaactaaatgctgataacgaagaaccattcgaataaactaggaaggaagcccgcgcatttgcgcgggcatgtgttgtacgttaagtttgagataagtacaagagcaaaatattaaacggagaacatctgccacgatttgtccatgaattattttcatcagcattaattgctcaatatgttaatttctgacctattagttttacattatatcatatttaagtaatatctataagcaattatttataatcttctttatcatttgaaaataaggtagaccttttttttagaaaacatgtaaacgaaagtaaagtaaggtgtttttttaaattgcatatctattataataattcatttaaggatgaattgggtgggaatgaagcttcactaaatgtatgggtttatataggctaatacgattgatgtagtttgagaggtcatccatctatgaacatttcatgtagggtgggtgagaggctccatacaacccaacatgaatacaataatgatgaaatataattgtgtagtaatattttagaaattttatgtatcatgaatacatgcttaacttttatataagatagatctaatggttataattaatagttcatcgatttaaaaggcataaaagtattccaataacgtagcttaaaaattatgattgttttaataatcaacgttattgcgaagtgagcgcagctcaattaattaggtttcatgtggtggaacttgcccacctggttcaagtcctagacttgacacgggtgcccgtatttacggctaattattctttcagtggtaggtgatgtacctatcgacagcgagacacccgtggtgactcaaaatgtgtcgactcagtttcttggaggtactcaaaggggtgctgtgtttctaaaagaaatccaatattattgattgtttctattttagtttaatagctaagaaatagcaaggagacaacaaaacttatttgcatttgttcttaaaaatatatggattagtgaacaatagctagtccgtataatatatataatccaaagtaatgaattttttaataatatagttaacttgattctttaattttaaattttatagtaaataatctaatttatctcttacttaggctacattcgatctcattggttgagcttatgcagtgcacgaaaaacgatgtaggtcatcaacgcaatattaattaagtattaaatattacaaacatgaaaatagattttttttaaaagtatagaaagtatttgcaaaacatgaacagtttaatagttcggagaatatgctcaagataaggtatagtcaatttgataagcacttaagaattcaaccttaaatttattaattatgtacttaaaaaatatatacaaatcaaaagcgcagattgagtcattaacggctaaaatcctgactgtgttttgttagaaaacaatgcgacatatttttaatttctgacaatatgtcctgagtaatattttaattactcattatttcatcttgaactatcaatgtaggcccattgatgcaaataaaatctatctattctcaacaattgtagtgtgaaatgatacgtttatttgatattttatattatattatagatctatttttggatgtgcatgttttatgaagtaatatatttttcttgtactaccacattcactaaatatatatttgatgttgattaccataaagaaaataaaaaaaatccagaggaattataatagaaaaactagcttaaaatcgttgttttctttcggtagtttcactaaatatttaacgttggctgtcattaaaaaaatacggagaaagtgaaaatccagtttaaaagctatgttttttttccaagtagtacgtatatatgcagtatgctttttttcttttttgttgtatgtcatttcttcttttctcgtttgtggttgttaacttgtacgtacgtatgccttcttggcttattccggccaatattttttaggtaagaattacatggtaaattaggagggatatattactatttataatggatctaatctaacggtgtaaattaataggtccaccaacttaaatgaaaatcgagggctagattagtttccttttctttaaatttctaagattttctctattttattaaagcgccatgtggcaacttgagagcatttttagagcgctatgtggaagcatgagagcgtttgtagaaagtttaatggacttttagtatataatagatagatagatagataatagataatagatagataaccgaaataaaattatatatccagaatagacctaagaaaacatggtcctaagtaataggcattctattaactttgttttaataatgtaatatctattttctctctgtcaaaaaagttagattgccccactcacaatactaaaaaatgattttctggacgagcactccaataggttgtagatgggccataagtgttcgtgtcttcaaaactcgaccaccattttcccatacggctccttaagagatccgcatgcaaaaattattttttccaagcgggtcacttaaaatgttcgcgtgtgggctctttaactcacccgcatgcaaaaatcccccctctcctcttcccactcttttattactgttctccccagctctcttctctctgtctcccaccgcccactatcctctcccggctctctctctctctccccaactcctctcaaactcctctcccctatacctcttctcccggcctcctcctctccccaccttctcgcccctttcctccggtggcgggatccggtggtaggaatgcgtcacggcagcatatctggcggtgtcgagatgcggcggtggcagatccagtggtggggaggcacaggagagacggatcaggctccccctcccatgcggcgacagcaacgacgacttgcggtggtggcaagcggtggacccagccacccctactcccgcaagatgacgaggacaaggacaaggatggggacggtgacaagatgacgacgacgacgacgacggcttcgagcaacgatggcgacaatgacccggcggcttcgagcaatgaaggcggcgacgagtagggcggcggggtcttctagggttagagtttcgtgatttttggattttattttattttttctttttatttttgtgtgtggatgacgtaagcatctggactatttccatgtgcgggtgcgccacccacacgcaaaaaaaaaagattttcgcagaccccttggtgcatgtgggtcgcccagccgcctacgaaaaatggattcaaccttatggaaaaatgcatttggtagtagtggatcacttcaacctctccgggtgcagtttcaacacatttgttgatggctatatatttctctgcatatatgtaatattcggcttttccataaaataatatggttaactaagcatgtcgggaaattgtacctaaatccttataacactattctataggtgtggcggttggatgtggatggcaagctttcgtggcatatgttaatatcggatgttactacatcatcggtgttccgtttggttgcgttcttggatttcactttgatttgggtgctatggtaatgtcttattctacaacataagtgttattccatgtcatttatattactgtaattaaatgtaagcaataattatttttatgtttgacatgaaggggatatatggtggaatgatcgtcggattgtttgttcaaactctcattcttgtttatgtcacatttcgtacagattggaatagagaggtagttggaatctgttcaaatttctccaatttaaatctacattgaattttcggtatttatggttctttgatccatcttttccatatgtaagtgagataatgcttccttaccttcaatataatgtttcttacaggtaggagaagcaaagaagaggctcaacaaatggggtgacatagcgaagccacttctcgctaacgaagattgaacaaaatggcatatttagagtgccaagttgatttgatatgatgctatatatgggaagctggatgtacgtttctagtttgagacattatgccgtatatgtgtatagggccaaattaatctacgtaccagccgaaatttgatgtttcttctgaatgtactcttttgatttgttattaatctttcgtactggctaatgtaaccaaaatgcccaaattaatctagacatcttgttccctgt</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os03g0571700, RefSeq:Os03g0571700